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二级稽查是指市、县设税务稽查局，征收分局内设稽查科，各自负责管辖范围内的税务稽查与稽查的管理工作。市、县稽查局与征收分局稽查科没有领导被领导关系。[1]
具体地，这种模式分两个层次：即在县局建稽查局、在征收单位设稽查组，使征管部门兼有征管、监督职能，稽查部门以监督职能为主，兼有收入任务职能。稽查局按二级局设置，依选案、检查、审理、执行四个环节设综合选案股、审理股、执行股和直属稽查队。县局稽查局负责本县(市、区)境内所辖纳税人的专项稽查，实行队长领导下的项目主任负责制。稽查组隶属于征收单位，在稽查业务上接受稽查局指导和考核，主要负责所在征收单位辖区内各类经济性质业户的日常检查，并按时、按质、按量完成稽查局下达的指令性稽查计划和任务，不得越权。实行大规模检查时，稽查组服从全局统一调动，参加稽查局召开的工作汇报、典型安全分析会和稽查业务培训。[2]
第一，正确处理集权与分权的关系。赋予稽查部门相对独立的执法权，确实充分体现县稽查局、税务所是一级执法主体。尽量减少权力过于集中、中间环节多、多头请示报告而影响稽查效率的问题。
第二，实行队长领导下的项目主任制。每一个涉税案件被看作一个项目，项目主任是承担每个项目的负责人，负责此项稽查案件的整体工作，享受股级待遇(指津贴)，同时也在规范稽查行为、提高稽查质量、培养锻炼稽查骨干方面发挥了良好的激励作用。
第三，做好选案和项目分配工作。合理选案以及项目的合理分配是调动稽查人员主观能动性，发挥稽查应有作用不容忽视的环节。选案是税务稽查的重要环节，稽查对象的选择直接关系到税务稽查工作的质量和效益。在条件成熟情况下，理应适度加快计算机选案的步伐。另一方面，稽查案件有大有小、有难有易，在处理案件与项目组之间的关系上要尽力克服主观倾向性，按照随机原则，合理分派项目，充分调动项目组全体稽查人员的积极性。
第四，搞好执法监察工作。“二级稽查”内部合理分工，但如何保持其正常运转，执法监察工作是必不可少的，这也是外部制约稽查执法体系必要手段之一。在方法上建立聘请特邀监察员制度，实施“三簿三卡”及廉政卡片回收制度等。
第五，推进电算化进程，提高微机利用率，使稽查“四个环节”实行局域网络管理。加强稽查装备的机械化、现代化是充分发挥稽查作用、提高稽查质量的基本条件。综上所述，“二级稽查”管理模式即县局稽查局与征收单位设稽查组是适应目前主客观环境的必然选择。当然，随着办税行为的不断规范，公民纳税意识的不断增强，在合乡并镇取得实质效果后，以经济区域建所、集中征收、属地管理、重点稽查新的征管模式也将真正实现。那个时候，税务管理将再次深化，税务部门块块管理的“二级稽查”模式将变成条条管理的“一级稽查”模式。