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补偿原则把薪酬视为对个人资源投入组织机构后的一种补偿。个人资源，如时间、知识、技术和能力，投入组织之后，就不能再投入其他的机构，这也可以称为机会成本。
补偿原则主要考虑外部公平性，指同一水平的个人资源，所获得的补偿不应该低于社会平均水平。补偿原则的工资有计时工资、学历工资、经历工资、职称工资、技能工资等等。
补偿原则是总体原则，不能单独成为薪酬设计的原则。假如在某地区，本科毕业生的月平均工资是2000元，低于这个水平的薪酬就不足以吸引平均水平的人才，还会造成较高的人员流失。2000元应该是该类人员的平均工资，但没必要是固定工资，绩效高于平均水平，工资总收入就应该超过2000元，低于平均水平，就不应该有2000元。工资结构的安排可以多样化，但实际收入应该是2000元上下。
有些企业的薪酬按学历来设计，企业薪酬变成社会薪酬，弱化了薪酬与工作、组织和团队的关系，会降低员工的忠诚度和个人绩效，有奖懒罚勤的倾向。长期按补偿原则来设计薪酬，企业会吸引和保留高标志低能力的人员，企业也会失去人员与工作适合度的判断分析能力。
有些跨国公司招聘时采用“N－1”原则，指在相同测试结果之下，优先社会标志低的求职者。例如两个求职者，学历是硕士和本科，面试和测试的结果一样，就优先本科生，因为在同样的薪酬之下，本科生所得到的补偿高，企业在不增加工资成本的前提之下，实现了相对高薪，忠诚度、主动性和归属感要高于社会标志高的求职者。社会标志是企业用人时在概率上的参考指标，硕士生整体的知识、技能、能力高于本科生，但不代表某个具体的硕士生一定比本科生优秀。