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行政法院是专门审理行政诉讼的法院。行政法院是大陆法系地区特有，例如法国、德国、台湾地区等，与处理民事、刑事诉讼的普通法院属两个体系。包括有自己的地方行政法院、高等行政法院、最高行政法院。在普通法地区中，公民控告政府行政部门的程序和普通民事诉讼无大分别，只是被告换成政府，亦无行政法院之设。
行政法院理论构想来自于孟德斯鸠的三权分立学说，该制度起源于法国，是大陆法系国家所特有的，专门审理行政诉讼案件的法院，为当今世界上大多数大陆法系国家和地区所采用，如法国、德国、我国台湾地区等。行政法院与审理民事和刑事的普通法院相分离，是一个独立的系统，有自己的层级设计，比较典型的有法国模式和德国模式。法国采行行政法院与普通法院并行的双轨制，将行政法院的独立性和与行政机关的联结较好地杂糅到了一起，使得行政法院在与行政机关保持联系的同时还能保证审理案件时的独立性，可谓是有很强的制度设计色彩；德国模式是实行三级三审制，在宪法法院和普通法院两个大的分类之下，又将普通法院分为一般法院、行政法院、劳动法院、财政法院和社会法院五类，各个法院分工明确、各司其职、相互独立，行政法院隶属于司法系统，是完全独立的司法机关。
在行政法院制度下，法官及其工作人员都是曾经有过行政管理经验的人员，对于行政争议的产生和内涵有着更为透彻的理解，在解决行政争议的过程中就更具专业判断的能力，法官的专业性是行政法院区别于普通法院的一大特色。与普通法院大多依赖成文法的观念不同，行政法院的行政判决主要依赖判例法制度，这是因为行政判决属于行政活动之一种，具有极强的行政活动的动态特征，无法事先做出全面、细致的规则设计和制度安排，因而行政法院不得不努力摆脱传统的“传送带”模式和专家知识模式j，而主要依靠法官的工作经验和实践先例，结合现实情况灵活地处理和解决争议。
行政法院的理论来源首先是盂德斯鸠的三权分立学说，三权分立学说认为国家的立法、行政、司法权应由不同的部门享有和行使，主要目的在于让三者相互制衡，互相监督，这样就更能保证权力行使的公正性与合理性；其次是源于现代社会对于分工的本质要求，社会化大生产伴随着分工，分工明确可以保证专业性和效率，社会大分工要求各部门各司其职、精益求精，这就引出了三大诉讼分离的要求，设置不同的审判机关可以实现司法领域的分工，在解决相应领域争议的方面就更能实现精专。
(1)行政法院具有极强的独立性，有利于实现司法独立和统一。首先是组织形式上的独立性，行政法院不仅独立于立法和司法，而且独立于行政机关，与普通法院实际上受制于地方不同，行政法院的设置有自己的层级结构，摆脱了普通法院内部的行政层级结构和与行政机关的附属关系，能保证自己最大程度上远离各种社会关系网，不但体现了三权分立的制度要求，而且保证了司法独立不受行政机关的干扰。其次是法官的独立性，实体法从各个方面对法官的职能、待遇有具体和直接的规定，法官的基本权利得到保障，不再是依附于行政的工作人员，法官只服从法律，而不为潜在的行政压力所束缚，能够更加独立判案不受干扰，保证了司法在法律指导之下的统一与公正。
(2)行政法院具有很强的专业性和技术性，有助于快速、有效地解决行政争议。行政法院对于解决行政争议具有极大的优越性，行政诉讼争议的解决有很强的技术性和专业性要求，相比我国现行的行政诉讼制度，行政法院更能满足以上要求。行政诉讼争议往往涉及行政指导、行政合同以及行政强制执行等专属于行政领域的诉讼因子，具有极强的特殊性，程序也更为繁琐。行政法院的机构设置具有极强的针对性，法官及其工作人员可以集中精力对这些案件进行专攻，从而快速地抓住案件的实质和重要内涵，准确地进行判断和处理。
(3)行政法院实现了诉讼分离，分工明确有利于减少诉讼成本。当今社会是经济的社会，行政诉讼又是对时效要求很强的诉讼，效率与经济是除了公正以外司法应该努力追求的目标，按照经济学的原理，分工越细越有利于提高效率、降低成本，行政法院的设立实现了审判机关的分离，有助于在行政诉讼的领域内实现业务的专业性和准确性，更能为当事人提供明确的指引，便于当事人立案和诉讼，从而减少不必要的诉讼成本，节约社会资源。
(4)独立的行政法院的设立提高了行政诉讼的地位，能够更加有效地对抗不断扩大的行政权力。
法国是最早建立行政法院的国家，其主要特点是第一，在审判组织设置上，行政法院和普通法院两大系统互不隶属，前者审理行政案件，后者审理普通案件民事和刑事案件。第二，法国行政法院审理行政案件，在法律适用上奉行以适用行政法特别法为原则适用普通法为例外。法国行政法院在人事管理上强调法官对解决复杂的行政纠纷和争议的专业性要求，行政法官一般必须具备行政管理的专业背景，保证其对行政职业的充分认识，以达到对行政争议有效合理科学的解决。
德国行政法与制度深受法国的影响，但是在建立行政法院时也作了本土化的改革，产生出一些差异的地方。与法国及其他国家相比德国的行政审判制度主要有以下特点：
1．行政法院非行政化。德国的司法系统由宪法法院和普通法院两大类组成，而普通法院又包括一般法院、行政法院、劳动法院、财政法院和社会法院。所以，德国的行政法院是普通法院中的一种，属于司法机关而不是行政机关。
2．实行审级不封顶。德国的行政法院分为三级初等行政法院、高等行政法院和联邦行政法院。初等行政法院是基层行政法院，只作为一审法院而存在，而高等行政法院和联邦行政法院既有初审管辖权，又有上诉管辖权。德国行政审判的审级比较特殊，实行不封顶原则，当事人如果不服下级法院的判决可向上一级法院上诉。直至最高级为止。
3．行政法院的受案范围较宽。在德国，与行政法院并列的有一般法院、劳动法院、财政法院和社会法院，此外还有宪法法院。因此，行政诉讼范围的确定，既要划清行政案件同一般民、刑事案件的界限，又要划清行政案件同宪法案件的界限。根据德国《基本法》、《行政法院法》和其他有关法律的规定，凡是控告行政机关违法或向其主张权利的，都属于行政诉讼的受案范围。行政赔偿案件由普通法院管辖，适用民事诉讼程序。法、德两国的行政法院制度虽存在以上诸多不同之处，但是实践证明这两种行政法院制度均有其优势，在我国试图建立行政法院之际，有必要对两种制度进行比较研究，取其精华，去其糟粕。
就行政法院制度能否成为我国行政审判制度的改革方向，行政法学界有两种观点，反对派认为行政法院制度在我国没有可行性。支持派认为行政法院制度是我国行政改革的切实可行的正确方向。
反对派的观点是：
1．法律制度的移植不易成活无论是法国行政法院模式，还是德国行政法院模式，它们制度的建立都依附于本国特定的法律理念、法律传统以及历史事件的偶然性。我国不仅没有三权分立的理论支撑和制度设计，更不可能出现法国当时的政治环境。何况我国目前的体制下，司法权与行政权相比，更是处于下风。建立行政法院制度要求以公正独立的司法理念作为后盾，显然我国的法治土壤无法培植出行政法院制度。
2．行政权强大长期以来我国行政权受到过去封建行政与司法合一以及行政权独大的影响，在现实社会中，行政权强大，司法机关无法与之抗衡。再者，本就弱小的司法权，从中把行政司法权分离出来单独设立行政法院，势必会使司法权在国家权力体系中的地位又降一级，更无法实现制约与监督行政权。
3．改革成本高重新设置一个相对独立的行政法院系统，必然要为法院的日常管理和运作，基础设施设备，法院和工作人员的工资福利里等准备大量的经费。再者，行政案件数量不多，案件的审理也尚未专业到普通法院的法官难以审理的地步，大费周章的建立行政法院系统收效不高。
支持派的观点是：
1．我国本土并不排斥行政法院制度清末，改良派就曾研究论证对行政诉讼是否采取行政法院二元司法体制，北洋政府时期，南京国民政府时期均设立了行政法院，法律法规、系统设备及行政法院制度也较为完善。我国在制定行政诉讼制度时，也曾就行政法院制进行过讨论，虽最后并未通过，但是可以看出行政法院制的构想不是当下才有，更不是心血来潮。
2．行政法院具有现实作用我国行政诉讼的诸多弊病，从根本上说都是因为司法不独立，司法严重依附于行政，司法无法摆脱行政的强势干预。行政法院的独立设置，不仅会受到社会民众的广泛关注与重视，也在一定程度上能克制行政官员(尤其是领导干部)对法院与法官的干预，还会增强行政法院自身的权威，从而赢得民众的信任。
3．设立行政法院推进司法改革在司法改革的大背景下，先从行政审判体制从手，不失为推进司法改革的策略突破口。全面落实依法行政，建立行政法院提高了行政合法性，以行政合法带动整个法院系统的独立改革，从而实现司法改革的目标。
1．经济条件前文提到担心经济问题无法满足我国的行政体制大改革。但是近些年我国经济迅猛发展，GDP不断增长，财政收入也节节攀升，这为行政法院的建立和有效运行提供了长足的保障。
2．行政改革的迫切要求社会主义法治不断发展，人民群众的现代法治意识不断增强，对自身权利的保护认识日益强烈，对法院的定纷止争的需求普遍提高，面对强大的行政权力拿起法律武器捍卫自己的意识开始深入人心。在如此环境下，独立设立行政法院容易得到民众的接受和认同。
3．理论实践条件行政法学不论是理论界还是实务界在二十余年的发展和研究过程中都积累了丰富的理论成果和实践经验，对行政法的核心价值有了深刻的认识。在对行政法院制度的建设过程中，这些理论实践经验成为论证我国设立行政法院制的有力理论支撑。
4．制度条件我国实属大陆法系国家，而行政法院制度在大陆法系国家发展的较为成熟，已成为通用的行政诉讼模式，并如前文所说我国近代就有行政法院式的诉讼体制，说明我国有建立行政法院的制度土壤。《宪法》第124条第一款“中华人民共和国设立最高人民法院、地方各级人民法院和军事法院等专门人民法院。”《人民法院组织法》第2条第一款第二项“军事法院等专门人民法院”都有关于“专门人民法院”的明确规定。这就为设立行政法院留有足够的设立空间和制度保障。
第一部分就法、德两国的行政法院制度作了一下比较研究，在吸取两者的有点基础上，对我国行政法院做一下制度设计。1．行政法院是专门法院在现行宪法下设置的行政法院应属于专门法院，是最高行政法院内设性法院。最高行政法院即是行政案件的最高审级，又是最高人民法院的组成部分。在行政纠纷领域最高人民法院对最高行政法院的判决予以尊重不得过问。地方的行政法院与普通人民法院没有业务和人事上的关系，建立一种类似于德国的行政法院。
2．行政法院的三级二审制行政法院的组织系统分为最高行政法院、高级行政法院和中等行政法院三级。之所以没有采取与现行的四级法院体制是因为：一是要有意提高行政法院的审理级别，有助于排除地方行政机关对行政案件的不良干预；二是提高审级要求保障行政法官的专业性。
3．行政法院的设立与行政管辖区域分离跟民事案件和刑事案件相比，行政案件可谓是极少的，若按照行政区域按级设立行政法院，可能会造成法律资源的浪费。以目前的状况来看，可以根据经济发展和人口分布的综合情况，并秉承方便诉讼的原则，在相邻的两三个省、自治区或者直辖市设立高等法院，全国共设立l0个左右；在相邻的几个设去的市、自治州、地区等设立中等法院，全国共设100个左右。具体的设立规模还要在进行必要考察的基础上综合分析、科学分配。
4．法官的任免行政法院是专门法院，是一种从上到下的垂直管理模式，最高行政法院隶属于最高人民法院，其院长、付院长以及行政法官应均有全国人民代表大会及其常委会产生，受其监督。这样可以保证行政法院和行政法院的地位和级别需要。高级行政法院和中级行政法院的人事任免应由上一级行政法院负责考察，具体是：高级行政法院的院长和法官的任免，由最高行政法院院长负责提名，中级行政法官由高级行政法院院长负责提名，由全国人民代表大会常委设专门机构考核，考核结构交予同级人民代表大会常委会表决通过。
5．行政法院的内部设置借鉴法国行政法院的设置模式，可以考虑设置普通行政法庭与特别行政法庭。如根据实际受理案件的性质和数量，设立一下特别行政法庭：交通管理庭、工商管理庭、财政征收庭、拆迂补偿庭等。这种模式是针对行政权的不断扩张，行政管理分工的不断细化、专业化应对方法。
6．法院经费管理为了确保行政法院的独立性，在财政方面，行政法院的经费应独立于地方政府财政，由中央财政部门单独立项，并由中央财政同一负担和管理。行政法院的财政预算可以采取逐级上报式，由最高行政法院将各级行政法院的预算集中，制作审计表向国务院财政部门提交，待全国人民代表大会及其常委会审查通过，向全国各级行政法院拨付。
以上行政法院制度的预设只是就核心、重大方面做了设计，如受案范围、审判程序、证据责任及证明标准等具体规则还需进一步研究讨论，制定符合我国行政环境的行政诉讼法律规则。