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自行申报纳税制度是建立在纳税人自核、自填、自缴方式基础上的一种纳税申报制度。所谓自核、自填、自缴，是指纳税人在法律、行政法规规定或税务机关依法确定的纳税期限内，按照税收法律、行政法规的规定，自行计算应纳税额，自行填开税收缴款书，自行向国库缴纳税款的一种纳税方式。
自行申报纳税制度是税收征管机关根据我国税收征管法的规定颁布的程序性规范，是现代税收征管的基础，也是提供优质服务、实施有效征管监控和税务稽查的前提。建立这项制度是我国自1994年以来税收征管改革的主要内容。它是相对于过去实行的查账征收、查定征收、查验征收等税收征收方式，主要依靠纳税人独立完成的纳税申报程序。
与之相配套的主要工作有：
1、确立科学简便的申报纳税程序。有三种选择：
1）在法定的纳税申报期内，由纳税人自行计算、自行填开缴款书并向银行（国库经收处）缴纳税款，然后持纳税申报表和有关资料，并附盖有经收银行收讫税款印戳的缴款书报查联，向税务机关办理申报。
2）纳税人在税务机关指定的银行开设“税款预储账户”，按期提前储人当期应纳税款，并在法定的申报纳税期内向税务机关报送纳税申报表和有关资料，由税务机关通知指定银行划款人库。
3）在法定的申报纳税期内，纳税人持纳税申报表和有关资料并附上应付税款等额支票，报送税务机关；税款的人库由税务机关归集报缴数字清单、支票，统一交由作为同城票据交换参与单位的国库办理。对于未在银行开立账户的纳税人，可按现行办法在办理纳税申报时以现金结算税款，提倡并逐步推行使用信用卡。
2、规范纳税表格、规范统一纳税表格，既要考虑纳税人填写使用的方便，又要顾及应用计算机处理的便捷。规范表格将分两步进行：第一步，统一分税种的纳税申报表、税款缴款书格式，并规范其内容；第二步，简化、合并有关表格，包括相关税种纳税申报表的合并和表列内容的合理化；并将纳税申报表和缴款书一体化。
3、统一申报方式。纳税申报可采用三种方式：
1）直接申报即由纳税人将纳税申报表及有关资料送达税务机关。
2）邮寄申报。即纳税人将纳税申报表及有关资料装人专用信封寄达税务机关。
3）电子申报，在有条件的地方，纳税人可以通过计算机网络将纳税申报表列信息及有关资料传输给税务机关。第2）、3）种申报方式的采用，必须经过税务机关批准。纳税人依法委托社会中介组织代理申报的，可以采取上述任何一种方式。
4、合理设置申报受理点。纳税申报的受理地点要相对集中，提高层次。城市一般应以区局、分局为单位设立；中小城市有条件的可一个城市统一设1—2个；县城原则上只设一个；农村根据不同情况，集中与分散相结合，并逐步相对集中。