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综合限额抵免亦称“综合限额法”，“分国限额抵免”的对称。所谓综合限额抵免是指，对于纳税人就其来源于不同国家的所得分别在来源国缴纳的税款，不是分别计算而是加总在一起，就其总额计算抵免限额，低于或等于抵免限额的那部分税额在应向居民国缴纳的居民所得税款中扣除，对高于抵免限额的部分则不予抵免。
在多国直接抵免条件下，居住国政府允许其居民纳税人将全部外国来源所得，不分国别汇总在一起，统一计算抵免限额的方法。其计算公式如下：
在居住国所得税税率为比例税率的情况下，上述公式可简化为：
综合限额抵免的计算方法比较简便。按上述公式计算出纳税人所有来自外国所得的税收抵免限额，与其在国外缴纳的全部所得税额进行比较，确定允许抵免额，在向居住国缴纳的税额中抵扣。
举例：假设P为A国居民公司，某纳税年度内有来源于居住国境内所得500万美元，来源于B国所得50万美元和C国所得100万美元。A国税率为40%，B国税率为50%，C国税率为30%。P基于如上所得向B国缴纳所得税25万美元，向C国缴纳所得税30万美元。在A国实行综合限额抵免法的情形下，计算P公司应纳税额如下：
综合限额抵免 = （50万美元+100万美元）×40% = 60万美元
P公司共在外国缴纳税款 = 25万美元+30万美元 =55万美元
由于P公司已向外国政府缴纳的税款数额低于计算出的抵免限额，因而可以在其向A国的应纳税额中得到全部扣除，即：
P公司向A国实际应缴纳的税款 = （500万美元+50万美元+100万美元）×40%-55万美元 = 205万美元
从而P公司总共实际承担的税额 = 205万美元+55万美元 = 260万美元
综合限额抵免在不同条件下对跨国纳税人和居住国利益有不同的影响。当跨国纳税人在国外经营普遍盈利且各外国税率高低不等时，采用综合限额抵免对纳税人有利。因为这种方法把来源于不同国家的所得汇总计算，使高税率国出现的超限额与低税率国出现的不足限额互相冲抵，可以增加纳税人获得抵免的税额。
但如果跨国纳税人对外投资所在国全是高税国或全是低税国，则各国同时发生超限额或不足限额，就不会出现超限额和不足限额的互相冲抵。因此当跨国纳税人国外经营活动盈亏并存时，即在有些国家盈利，在有些国家亏损，采用综合限额抵免，因盈亏互抵，计算抵免限额的基数减少，抵免限额变小，这对跨国纳税人不利，但对居住国是有利的。由于综合限额抵免能给本国居民带来一定的税收优惠，所以常被一些资本过剩的国家作为鼓励对外投资的一种手段。