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结算业务审计是指对金融机构在组织结算，完成转帐结算任务、执行结算纪律方面所进行的审计。结算审计的对象，是金融部门组织结算的全过程及其结果，包括开立帐户、结算方式的选择和结算凭证的提出、审查，传递和处理、装订，保管等整个过程及结果。审计部门通过对结算制度和结算纪律执行情况、结算质量的监督，促进金融部门认真贯彻国家金融法规，执行结算规章制度，维护结算纪律的严肃性，不断加速结算过程，充分发挥金融部门的职能作用。
结算业务的审计主要包括：
(1)结算帐户的审计。主要审查金融部门茌开立帐户时是否按《银行帐户管理办法》的规定办理，有无利用开户权力谋取私利的问题；审查金融部门是否经常检查帐户使用情况，对资金收付是否进行经常性监督检查和核对余额数字，有无出租帐户问题；检查金融部门帐户的记载是否符合制度要求，帐簿的格式、会计科目、帐簿记载是否符合规定；检查金融部门是否及时与各存款单位对帐，对结清帐户的处理是否符合规定，是否在将全部帐务核对无误后才办理清户手续；审查金融部门对帐簿的装订和保管是否符合制度规定。
(2)对结算原则的审计。钱货两清。原则着重审查银行对钱货不清问题是否认真分析原因，搞清责任，是否根据商品交易的不同交货方式和不同情况帮助企业选择合适的结算方式；维护收付双方的正当权益原则。主要审查银行是否严格掌握结算方式的使用范围，是否监督销贷方按合同发运商品，是否督促购货方及时支付货款，是否坚持制度、根据合同正确办理拒付；银行不予垫款原则，着重审查银行在办理结算过程中，是否坚持先付后收，收妥抵用的做法，银行对空头支票和远期支票是否采取了处理措施，即建立《空头支票和远期支票登记簿》、执行罚款制度、对严重违反者制止其使用支票结算方式。
(3)结算方式的审计。着重审查各种结算方式是否在规定的范围内使用，结算单位有无擅自扩大，结算款项是否符合规定的内容；审查背书转让的各种票据签发的内容是否符合规定，印章是否清晰，有无匝数机压印的金额，背书是否连续，是否加盖预留银行印章；审查贴现票据、转贴现、再贴现以及贴现利率是否按有关规定进行。
(4)联行往来资金结算的审计。即银行办理结算过程中的在途资金审查。主要审查银行是否正确使用了联行报单，是否及时发送报单，收到对方寄来的报单后是否详细核对并及时入帐；审查银行是否及时对帐和销帐，在接到全国联行计算中心对帐单后是否及时对帐，如发现不符是否及时查询、分析原因、改进银行结算工作；审查银行在收到联行报单时，若发现有错误，是否及时向对方查询，有无发出查询书或查询通知，对方银行接到查询书后是否立即查找原因，进行查复，及时通知对方。
(5)国际结算业务审计。主要包括：
①收汇业务审计。着重审查银行是否按规定将国内机构应当收取的外汇及时结汇，有无以收抵支、私存外汇等非法现象；银行是否对出口商汇来的单据进行了认真的审核，并及时予以办理；银行是否及时清理暂收暂付款，并定期结汇；对企业单位出口收汇有关的赔款、罚款、退货款和降价退款，银行是否根据外汇管理部门批准的文件办理，冲减了出口收汇；检查银行对企业超过规定幅度支付出口佣金、回扣时，是否进行了认真的审核、对无批件的是否拒绝付款。
②进口付汇业务审计。着重审查银行办理进口付汇是否符合批准的用汇计划和用途，企事业单位办理进口开证时是否让其提供外汇管理部门批准的外汇额度、用汇指标和配套人民币；检查银行对我驻外机构的预付进货款和其他单位的预付进口货款，是否按有关合同批件处理；检查银行对发生的索赔、保险和运输赔款、减退货款及佣金、回扣等外汇收入，是否及时调回；检查“以出顶进”的用汇是否严格按有关部门的批件办理。