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减免税审计是指对税务机关减税、免税的正确性、合规性、合法性所进行的审计。
审查的主要内容是：
(1)征税对象的起征点、免征额的核定是否符合规定，有无擅自提高起征点和扩大免征额的问题。
(2)批准减税、免税是否符合管理权限，有无超过权限批准减税、免税的问题。
(3)减税、免税期限是否符合规定．有无擅自延长减税、免税期限的问题。
(4)减税、免税的范围是否符合规定，有无扩大减免税税种范围的问题：有无扩大减税、免税产品范围的问题。
(5)减税、免税的幅度是否正确，有无擅自提高减税、免税幅度的问题。
(6)减税、免税批准手续是否齐全、完备，有无以报代批或口头批准减免的问题。
(7)减免税款是否返还到纳税单位，有无挪用和贪污减免税款的问题。
1、应进行必要的延伸审计。在实施减免税审计过程中，要根据税务部门提供的资料审核减免税档案、企业财务决算等。必要时对重点企业进行延伸审计。
2、区分责任。在减免税审计过程中，对查出的违纪问题，一定要区分税务机关和企业各自应负的责任。目前在减免税上存在三个方面的问题：一是企业弄虚作假骗取减免税；二是本级税务部门对减免税审查不严；三是上级税务机关违背税收管理制度审批减免税。税务机关在减免税上的违纪问题主要是越权减免和违规减免税，即虽在权限范围之内，但违反国家规定批准减免税。
3、要关注对外商企业的减免税，我国加入WTO以来，外商投资企业越来越多，其投资额越来越大。为了符合国际惯例，改善投资环境，防止国际避税，维护我国经济权益和企业利益，要把税收审计范围扩大到外资企业，注意对外资企业的减免税是否符合我国税法规定。
4、对税务部门做出准确的评价，通过审计应根据发现的问题，分析存在的原因，并提出有价值的建议，同时，也应正确评价税务部门运用减免税这一经济杠杆，在扶持企业开辟财源，促进经济发展方面发挥的重要作用。