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粮食收储企业是指承担国家定购粮、保护价粮、议购粮、中央和地方储备粮的购进、储存、调拨和粮食进出口业务的国有粮食企业。
(一)库存商品盘点的特殊性
在审计过程中，对库存商品的盘点是必不可少的重要环节。库存商品流动性大、变现能力强，也最容易出现问题，因此，盘点非常重要。在一般商业企业库存商品的盘点中，只需要对其中金额大、数量多的商品进行抽查，基本就可以达到预期目的。但对于粮食收储企业则不然，因为其库存商品品种比较单一，一般只有小麦、玉米等几种商品，同时相同品种的粮食又往往与其他性质的粮食，如代农储粮、代农加工粮等存放在一起，所以要使盘点全面真实，必须对占库存商品比重大的粮食品种进行盘点，才能分清该品种粮食粮权的归属，也才能确定该品种粮食是盈余还是短少，否则无法确认是粮食收储企业的粮食盈亏，还是其他代农储粮、代农加工粮的盈亏，达不到准确盘点库存商品的目的。这与一般商业企业库存商品的盘点是显然不同的。
(二)粮食补贴核算的特殊性
粮食补贴是粮食收储企业有别于一般商业企业独有的特殊内容，补贴的种类、标准和是否及时到位，都是审计的重点。补贴的种类不同、具体标准也不一样，如：计算和拨补的是中央补贴、地方补贴，还是共享补贴；是超储费用补贴、利息费用补贴，还是建仓费用补贴；是顺价销售补贴，还是其他补贴等，都需要按照粮食政策规定的标准，分项目、分种类进行计算，并按照权责发生制的要求计入企业的损益，以准确核算粮食收储企业的经营成果。
(三)增值税进项税计算的特殊性
对于一般商业企业，经营商品的增值税进项税是以买价为含税价，按照规定的税率(一般是17％或13％)换算为不含税价，以此作为基数，乘以规定的税率求得增值税进项税额，并按税法的规定进行抵扣。但对于粮食收储企业则不尽相同，一是税率不同。粮食企业的税率是10％，而一般商业企业是17％或13％ ；二是计算增值税进项税的基数不同。粮食是直接以买价作为计算增值税进项税的基数，而一般商业企业是按照规定的税率(一般是17％或13％)换算为不含税价作为进价成本。
(四)违规问题界定的特殊性
一方面，有些与一般商业企业违规问题相同的事项，对粮食收储企业相对来说要宽一些。如用不规范票据列支费用，要求就不是那么严。因为粮食收储企业特别是乡(镇)粮管所，直接同基层单位和农民发生业务往来，接受不规范票据较一般商业企业要多一些，但只要票据的金额不大，又有两个以上人员签字，就可以作为合规票据进行列支。另一方面，对一般商业企业来说不是违规问题的，而对于粮食收储企业却是违规问题，甚至是比较严重的违规问题。如在政策性粮食销售方面，如果不是顺价(保本微利)进行销售就是违规，若因此又得到了政策性补贴或奖励，则会造成严重的违规，要进行严肃的处理和处罚。但对于一般商业企业是不存在这些问题的，不论商品的销售是赚钱还是赔钱，只要符合国家政策并缴纳了税金，就不会发生违规问题。
(五)审计处理依据的特殊性
对粮食收储企业的审计处理，除运用一般商业企业的共性处理政策、法规外，更重要的要运用粮食收储企业的特殊政策和法规。这就要求认真对照适用的政策法规和条款，充分考虑处理依据的主体、内容、时限，结合财政、金融、审计等方面的政策和规定．客观公正地处理。如在运用《粮食收购条例》、《粮食购销违法行为处罚办法》时，要充分考虑它的执法主体是政府、粮食等部门，不是审计部门，具体运用时要紧密结合《中华人民共和国审计法》、《中华人民共和国审计法实施条例》等有关法规进行处理，才能取得客观公正和比较适当的执法效果。
一、粮食收储企业建立内部控制制度的必要性
近年来，随着经济体制的变革，国家粮食政策多次做出了重大调整，粮食收储企业的内控建设也随之不断更新。在市场剧变中，特别是在应对2008年开始的全球金融风暴中，健全的内部控制制度确实充当了企业的稳定器，大大提高了粮食收储企业的抗风险能力，维护了国家粮食安全。
1.内部控制制度是粮食收储企业贯彻执行国家法律法规、财经纪律的需要。
《会计法》规定，企业必须建立健全内部会计控制制度，确保企业生产经营的合法合规性。通过健全的内部控制所形成的企业内部部门及人员之间相互协调、相互制约的机制，能够及时地反映、揭示和纠正经营管理中的违法、违规行为，从而有效地保证党和国家的方针政策与法规制度在企业内部较好地贯彻执行。
2.内部控制制度是粮食收储企业健康发展的需要。
内部控制制度是建立健全内部科学管理制度的重要组成部分，加强内控对于提高企业经营效益，促进企业健康有序发展具有重要意义。具体表现在：（1）有利于管理层改善经营方式，实现经营目标；（2）保护企业各项资产的安全和完整，防止资产流失或损害；（3）保证业务经营信息和财务会计资料的真实性和完整性；（4）保证企业财务活动的合法性。
3.内部控制制度是粮食收储企业深化内部改革的需要。
国有粮食企业一直在进行改革转制，推行内部控制制度，这是企业深化内部体制改革，谋求管理创新、制度创新，明确部门职责和权限，防止管理漏洞和效益流失，提升企业经营管理水平，从而全面提高企业整体经济效益的需要。
4.内部控制制度有利于粮食收储企业提高经营管理效率。
科学的内部控制制度，能够合理地对内部各个职能部门和人员进行分工控制、协调和考核，促使各部门及人员履行职责、明确目标，保证企业的生产经营活动有序、高效地进行，不断提高营运活动的盈利能力和管理效率。
二、粮食收储企业在建立内部控制制度方面存在的问题
目前，内部管理松弛、控制弱化、内部控制意识薄弱等情况具有一定的普遍性，同时这也是我国粮食收储企业内部存在的主要问题，具体表现在以下几个方面：
1.观念陈旧，不重视内部控制制度建设。
一是认为建设内部控制制度会复杂化，增人增环节，影响效益；二是认为建设内部控制制度是形式主义，无法真正地起到加强内部管理的作用；三是认为建设内部控制制度会束缚企业发展手脚，自找麻烦。由于企业内部的片面认识，致使大部分企业没有建立有效的内部会计控制制度，或虽然已经建立，但其内部会制制度形同虚设。
2.执行力不足，内部控制制度未能达到期望效能。
内部控制不仅仅是核算控制和人员职能控制，它应该涵盖相应的检查与考核制度。没有建立或者虽然建立了相应的考核制度，但存在监督体系的缺失，都会导致内部控制制度不能达到预期的目的。
3.控制对象为员工，管理层或者决策层不受约束。
在有些企业，内部控制制度是对下属职员的行为控制，而对管理层或决策层没有任何约束力。这些行为不仅破坏了内控制度效力的完整性，而且给下属员工一个不好的示范效应，使得整个单位都没有形成一种遵守制度的良好氛围，管理层要高度重视，坚定建立内部控制制度的决心，同时要做好宣传，使全员意识深入人心，使各岗位员工明确知道干什么、如何干、干的时候要注意什么、干的效果如何，只有这样才能进一步提高企业上下的主动性、自觉性、可预见性和可控制性。
(一)认真盘点库存商品
在对粮食这一特殊商品的盘点中，要尽可能地对主要粮食品种全部进行盘点，做到不重不漏：一要把握主要粮食品种的全部库存情况；二要把握存放在外储仓库的粮食数量和合同；三要把握代农储粮和代农加工粮的全部情况。
(二)正确计算补贴和税金
在对粮食补贴的计算中，一要弄清粮食补贴的种类、内容和标准；二要掌握提取粮食补贴的基数和是否符合粮食的特殊政策，如销售粮食是否顺价等；三要按权责发生制把粮食补贴计入当年的损益。对于粮食增值税进项税，一要把握提取基数；二要把握适用税率；三要把握库存商品粮食的进价成本。值得注意的是，从1999年8月起不再对粮食收储企业征收增值税，粮食收储企业增值税进项税也将不再提取和抵扣。
(三)恰当运用政策法规
粮食收储企业政策的特殊性，决定了无论在违规问题的界定上，还是处理处罚上都要慎之又慎。具体来说：一要准确把握与粮食收储企业相关的各项政策法规；二要恰当运用各项政策法规，要充分考虑粮食收储企业当时的背景、条件和情况，不能用现在的政策法规去处理处罚当时发生的问题，做到具体问题具体分析。
(四)提出针对性的审计建议
由于粮食收储企业问题界定和处理处罚的特殊性，如《粮食收购条例》、《粮食购销违法行为处罚办法》等，不仅政策性强，而且有明显的行业特点；同时，这些政策法规的执法主体又不是审计部门。为此，对审计出的问题要恰当地进行充分披露，并有针对性地向财政、税务、粮食、农发行等有关部门提出审计意见和建议，发送审计文书，把不能处理处罚的问题提出来，移交出去，以最大限度地减少审计风险。