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电子政务运行机制是政府信息化相关基本职能的活动方式和运行关系，是引导和制约信息化相关各项活动的基本准则及相应制度，是决定政务信息化发展的内外因素及相互关系的总称。
电子政务的运行机制是由政府的职能定位、职能发挥、职能服务和管理水平所形成的。从宏观上讲, 政府的职能分为统筹规划、调节经济、依法行政、稳定社会、公共服务, 而电子政务的实施是对这些政务的分解和具体化, 一是政务包括职能、法规、程序、时限等公开二是网上办公, 即在网上申报、审批、备案、年检、注册, 以达到无纸化办公；三是网上监管, 即在网上建立投诉、举报机制, 建立信誉查询系统等四是与其他有关部门互联互通, 达到网上数据库资源共享,从而实现真正意义上的机制创新和职能转变。
目前学术界有关电子政务目标的分析，无论是从技术的角度，还是从理论的角度，都十分不足。现有的关于电子政务目标的分析，有的是从电子政务系统角度提出的，有的是从电子政务建设角度提出的，有的提出了单个的目标，有的则提出了电子政务发展的目标群，但多数论述仅局限于提出电子政务目标，深入分析过少。
电子政务宏观目标指电子政务发展的导向性目标。电子政务宏观目标的主要功能不在于为电子政务的建设提供可供操作的标准或模板，而在于为电子政务的建设提供航向或路标，为电子政务中观、微观目标的制定提供总的指导思想。我们可以从电子政务发展的终极目标、根本目标两个层面探讨电子政务宏观目标。
一方面，电子政务发展终极目标的选择。
我们知道，在信息资源成为人类社会经济发展的核心要素之一后，围绕着信息资源的开发与应用而迅猛进步的传播技术的普及，使政府存在与发展的核心意义集中地表现为对信息所进行的搜集、整理及传播方式的选择，对信息的价值论释及其意义创造的界定，以及由此而引发的关于信息化过程的哲学人类学反思。这样，政府信息化的过程也就是政府以信息为根本资源来实现对社会及自身进行管理的过程。因此，要分析电子政务对生产力的提升这一终极目标，就需要从信息社会最重要的资源—信息资源的功能、价值及其实现的条件谈起。
在信息社会里，电子政务将对信息的增值和有效利用起到基础性的作用。
这主要是由于:①政府既是社会的管理者又是服务者。每个人、每个企业及社会团体都不可避免地要和政府打交道。只有政府首先实现了电子化、信息化，才会有全社会的信息化。全社会的信息化，为信息资源的整合提供了极大的便利。信息资源的整合，使得信息资源的分布与利用得到最大的优化配置，从而促进了信息资源的最大增值。②政府部门是最大的信息收集者和处理者，政府部门在实施电子政务的过程中，必将产生大量的政府信息，这些信息经过严格的分类、加工、处理后，一方面自身己经实现了增值，另一方面零碎信息的聚合，可能产生大于两者之和的价值，从而实现信息的极大增值。③政府部门的信息具有权威性和指导性，通过实施电子政务，使信息得以及时公开和发布，将对社会生产和生活起到基础性的作用。可见电子政务的实施对于信息社会里信息的生产和传播起着非常重要的作用。
另一方面，电子政务发展根本目标的选择。
2002年11月8日，在中国共产党第十六次全国代表大会上，江泽民作《全面建设小康社会，开创中国特色社会主义事业新局面》报告，在报告中强调，“进一步转变政府职能，改进管理方式，推行电子政务，提高行政效率，降低行政成本，形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制。”显然，“提高行政效率，降低行政成本，形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制”就是电子政务发展的根本目标。
电子政务的根本目标在于优化政治上层建筑，促进现代政府制度的建立，该制度又由一系列相互联系、相互作用的子制度构成，从而充分体现该制度的活力与效率。电子政务的进一步发展必须超越单纯的客户服务，以市民权利委任改革为中心的社会各阶层与组织的广泛合作是建立现代政府制度必须考虑的关键问题。政府机构需要彻底改变几十年来业已形成的传统体制，确立新的信息时代的政务模式，其根本目标在于优化政治上层建筑，促进现代政府制度的建立，而现代政府制度又通过行政职能的服务化、行政组织的扁平化、行政程序的规范化、行政运作的民主化、行政结果的高效化得以体现。
电子政务中观目标是电子政务建设的主要目标，是中观层面的、可具体操作的目标。与电子政务宏观目标相比，电子政务中观目标在导向性方面趋于削弱，然而在可操作性方面大幅度提高。在《我国电子政务建设指导意见》中明确提出我国电子政务发展的中观目标，即标准统一、功能完善、安全可靠的政务信息网络平台发挥支持作用;重点业务系统建设取得显著成效;基础性、战略性政务信息库建设取得重大进展，信息资源共享程度明显提高;初步形成电子政务网络与信息安全保障体系，建立规范的培训制度，与电子政务相关的法规和标准逐步完善。针对中观层面的、可具体操作的我国电子政务建设的各项主要目标，我们来逐一分析要实现这些目标，在电子政务发展过程中需要考察哪些具体因素:标准统一、功能完善、安全可靠的政务信息网络平台发挥支持作用;重点业务系统建设取得显著成效;基础性、战略性政务信息库建设取得重大进展，信息资源共享程度明显提高;初步形成电子政务网络与信息安全保障体系，建立规范的培训制度，与电子政务相关的法规和标准逐步完善。
电子政务微观目标是具体政府部门发展电子政务时所要达到的目标。与电子政务宏观目标相比，这种目标有两个鲜明的特点:第一，电子政务宏观目标主要是一种定性的、模糊的目标，因而这些目标实现的程度如何，测量起来要困难得多。电子政务微观目标一般都可以化为具体指标或要求，因而它是定量的、明确的，这些目标达到的情况可以清楚地测量出来。第二，电子政务微观目标具有更强烈的政策性与政治性。从某种意义上讲，电子政务微观目标总是与政策相关。
根据国家结构的组织形式，电子政务目标整体上可以分为中央政府电子政务目标、省政府电子政务目标、地市政府电子政务目标、县乡政府电子政务目标四类。不同部门政府组织进行电子政务的目标选择时，必须考虑各自不同的背景及现实情况，并且根据各自的职能确立电子政务发展的具体目标。
由于各主体利益的不完全一致，从更理性的角度看，现实中各国电子政务发展也凸现出政府多级目标的冲突问题。表现如下:第一，电子政务发展中，中央政府与各级地方政府行为的冲突。第二，电子政务发展中，地方各级政府行为的冲突。第三，电子政务发展中，政府内部各部门之间的冲突。第四，电子政务发展中，政府与官员各自行为的冲突。
电子政务的发展，得益于许多复杂因素的交互推动。研究电子政务发展的动力，主要功能在于更好理解电子政务发展的一般机制与规律，从而更理性地投入电子政务的建设事业之中。本章首先对电子政务动力机制进行了一般理论分析，随后依次对电子政务发展中来自社会一般系统的动力、来自政治系统的动力、来自科技系统的动力及来自学术研究系统的动力进行研究。
随着信息技术的发展，特别是互联网技术的普遍应用，电子政务建设已成为提升一个国家或地区综合竞争力的重要因素，是提高应对加入世贸组织挑战能力的基础工程。经过几年的发展，电子政务建设逐渐摆脱“无主题变奏〔，侧”的缺陷，于纷繁复杂中有一条主线在各地各级政府部门的实践中日渐明朗。以民为本、为民服务，资金供给型的技术系统建设行为，正在转变为需求驱动型的体制变革行为。在这一过程中，我们除了要考体制变革的目标选择机制之外，还要考虑体制变革的内在动力机制，才能理解电子政务发展背后的推动主体、电子政务发展的源泉及提高电子政务发展水平的根本措施。
总的说来，电子政务发展的历史，很多是由内部逻辑和外部压力对抗谱写的。电子政务的形成与发展，决不是一夜之间的事，而是由许多复杂的因素综合作用才形成的，是公共管理组织内外部双重因素的合力造就的。这个合力既有来自每个政府部门在规模、结构、质量、速度等方面寻求自我发展的内在冲力，也有来自全球化竞争的驱动和互联网的发展等外在冲力。研究推动电子政务发展的内在、外在动力，主要功能在于更好理解电子政务发展的一般机制与规律，从而更理性地投入电子政务的建设事业之中。
社会实践的需要是推动电子政务兴起与发展的重要源动力。恩格斯说过，社会一旦有技术上的需要，则这种需要就会比十所大学更能把科学推向前进。
以美国为例，电子政务对美国来说也是新一轮革命。自因特网从军用转向民用后，美国并没有一开始就关注电子政务问题。相反，由于企业竞争的需要，电子商务成了第一大热点。但在联网世界的发展过程中，人们很快发现，只有实施电子政务，才会全面改变政府、企业、公民三者之间的互动关系，把这种关系推进到一个新阶段，达到用电子手段实现公共目标的目的。
由于社会系统中电子政务发展所涉及的相关主体主要包括政府部门、企业、居民、国外竞争者，而政府部门既是电子政务领导者，也是电子政务建设者，因此将政府部门放在政治系统研究。
第一，各级政府部门内部自我发展的需要构成政府部门电子政务发展的源动力之一。首先，由于政府部门工作业绩是考核当地政府官员的主要依据，特别是政府官员干部考核制度的建立，既是政府官员发展当地经济的动力，同时也形成了工作上的压力，促使地方官员不得不考虑如何推动政府部门各方面工作的进展，努力改善政府部门的面貌等问题。其次，政府部门内电子政务的开展也会带动整个政府部门效率的提高、公共决策水平的改善、行政成本的减少等，从而为公共管理体制的改革和发展提供强有力支撑。最后，政府部门强大了，公共管理水平提高了，就可以更好、更优质的服务;政府部门失去了活力，公共管理水平下降了，所提供的服务质量就会下降。因此，在政府部门实行主要领导干部选举制度后，民众会通过选票制度来敦促政府官员不断提高公共管理水平，完善政府服务体制，振兴社会经济。
第二，政府部门高层官员的政治战略决策也推动着电子政务的发展。其一，源于高层官员对传统政府体制与模式进行改革，实现政府转型的推动。其二，源于高层官员提高应对危机能力的推动。其三，源于高层官员的新型战略谋划的推动。
第三，政府官员认知范式的持续整合是电子政务发展的内在动力。电子政务发展中政府官员认知范式的持续整合，主要表现为政府官员对电子政务带来政府体制变革的持续的认知调节，通常是指政府官员在认知范式的基础上，对新旧政府管理模式和手段进行比较评估,进而调整自己的认知水平。
第一，信息技术引致的传统政府体制的失衡是电子政务发展的前提。
信息时代在日益取代工业时代的同时，也在无情地冲击着适应工业时代而产生、发展起来的各种社会、政治、文化生活的制度化框架，更使以工业时代活动原则和特征为基础的科层化政府因其根基的丧失和生存环境的瓦解而受到日益严重的挑战。其表现主要包括如下几个方面:国际化、交互化问题的出现;全球性政府效能竞争的危机;认知格局的局限;技术文明的本土化问题。
第二，信息生产力提升引致政治上层建筑的调整与重构是电子政务发展的根本动力。在信息技术发展、用和社会生产力、生产效率的提升之间，有着历史性的促动关系。生产力生产关系之间的所有整体、局部关系，都正在而且必须因为信息技术、矢识系统的不断创新而不断重构。在虚拟社会中关注公力利益、公民社会与公共领域的存在，处理好它们与生产力发展的互动关牙是信息社会值得注意的一个新课题。
第三，信息技术的开发、应用及其产业化，是电子政务发展的主要动力之一。
作为促进电子政务发展的技术动力表现在三个方面:信息技术及其产业化是电子政务发展的核心动力;互联网和信息基础设施的建设加速了电子政务的发展;电子商务的兴起也促进了电子政务的发展。
电子政务的发展，包括电子政务实践的发展与电子政务理论研究的进展。
电子政务学术研究的盛行，一方面促使了电子政务理论研究的进展，另一方面电子政务理论在实践中的运用，也促使了电子政务实践的发展。学科分类研究的发展促使了电子政务理论研究的进展当前，学术界对电子政务问题的研究，十分火爆并有升温的趋势。仅以2004年为例，在2004年1月到12月，中国期刊网刊登的以“电子政务”为关键词的学术论文共835篇，涉及从计算机科学到经济学、法学、信息学等多个学科领域。随着电子政务实践的发展，术界对电子政务理论的研究也取得不断进展，既有力促使了电子政务整体理论研究的进展，同时理论与实践的结合，也带动了电子政务实践的快速发展。
第一，政治学领域对电子政务的研究，主要涉及三个基本问题:首要的问题是民众参与与效率的问题。第二个问题是民主主体精神的培育问题。第三个问题是电子监督的问题。
第二，技术应用学派主要从技术发展与应用的进程出发，将电子政务发展过程看成是技术主导的政务变革过程。电子政务的发展主要分四个阶段实施:第一个阶段，政府各部门和机构通过政府网站发布和公告政府信息，以便利公民和法人;第二阶段，这些网站变成“双向沟通”的工具，允许公民在网上向政府提供自己的信息;第三阶段，人们可以在政府网站上从事一些正式的、可以计量的价值变换活动。
第三，法学派主要从电子政务法律体系的创设、修订与完善的程序出发探讨电子政务的发展问题。他们认为为了减少电子政府自主作为的空间，也为政府行为提供合法性依据，必须为电子政务创设全面、系统的法律体系。完善的法律体系应该涵盖以下两方面的规范:一是实体法上权利和义务的规定，二是行政程序法上严格规范。
第四，经济学派研究电子政务的发展，主要基于两个基本问题:首要的问题是电子政务行政成本问题。另一个问题是基于行政成本的电子政务发展效益评估问题。行政成本是衡量行政绩效的一个重要指标。
推进电子政务发展的一个重要工作就是要通过设定目标为电子政务发展去谋划未来。但在电子政务实际的发展过程中，必然会发生实际工作绩效与预定目标出现偏差、脱节这样的问题。因此，确保预定目标的实现，防止电子政务发展过程中重大失误的出现，电子政务的控制活动就显得十分重要了。
实际上，控制广泛地存在于自然界和人类生活中。例如，人体本身就存在一个生物控制调节系统，以保持自身的代谢平衡;现代机械的应用也处处体现控制的原理。事实上，控制论和信息论的形成和发展，就是从生物和机器中控制过程的研究起步的。控制理论中有3点基本原理:任何系统都是由因果关系联结在一起的元素的集合，元素之间的这种关系就叫藕合，控制论就是研究祸合运行系统的控制和调节的;为了控制祸合系统的运行，必须确定系统的控制标准Z，控制标准z的值是不断变化的某个参数的函数，即Z=f(s);可以通过对系统的调节来纠正系统输出与标准值Z之间的偏差，从而实现对系统的控制。
但在电子政务实际的发展过程中，由于受环境变化的影响，受决策人员主观认识变化的影响，受电子政务发展过程中工作失误的影响，必然会发生实际工作绩效与预定目标出现偏差、脱节这样的问题，因此，确保预定目标的实现，防止电子政务发展过程中重大失误的出现，做出因环境变化对预定目标的必要的调整，电子政务的控制活动就显得十分重要了。电子政务控制活动涉及到电子政务发展的各个层面，无论是基层的工作人员，还是部门的经营管理人员，以及高层的战略制定人员，都应当承担控制的职责。一个有效的控制系统可以保证电子政务的各项变革朝着预定的目标前进。控制系统越是完善，电子政务决策者实现预定的目标就越是容易。
必须给予电子政务适度的控制。不仅对工程项目的控制，还有对战略目标的控制、对人员的控制、对信息的控制等等。否则电子政务建设带来的将不仅仅是资源的浪费，更可怕的还是信息化进程的耽搁，国家与社会转型的受阻等。
美国在这方面做的比较好，比如美国行政管理预算局对电子政务项目承包商进行了清理，凡是随意提高建设费用或项目建设未能考虑其使用者实际需求的承包商将被停止资助，除非他们能够向当局证明该项目的实际效用或给出证据说明该项目实现了电子政务发展所确定的某个目标。
具体而言，电子政务控制原则包含两个基本内容:第一，控制，必须从细节做起;第二，电子政务的发展必须与各地的实际情况结合，确保个性化，避免盲目移植。
无论是从理论上讲，还是从实践上看，电子政务的发展还很不够成熟，电子政务作为一种新公共管理，它的基本规律是什么，人们还在探讨之中。因此，对电子政务进行控制，主要还处于摸索阶段，并没有成熟的控制理念与体系。
此情况下，越来越多的电子政务建设者认识到，电子政务控制，必须从每一个细节做起，切忌好高务远。
电子政务是对公共行政的一次变革，公共行政既然是执行国家政策优越的工具，各方面的因素当然都得考虑。凡是想孤立地改革行政体制，必然归于失败。行政革新，不论是局部的还是全面的，都要看各个行政部门的具体条件。
因此，任何行政改革，都得考虑全局，都得考虑众多因素，包括社会文化因素，考虑行政体系内部多种多样的关系，考虑行政体系与公民社会之间的关系。
同时，一个国家在推进电子政务时，各级政府往往任命一个专门委员会，在一位杰出人物领导下从事研究、思考，制定电子政务发展目标与战略，并提出应该采取的具体措施。专门委员会研究电子政务实施中高级技术问题，但其见解视野有限，看到的不过是时代中的一点。而数字化政府不是一簇而蹄的事情，而是一项长期战略的一部分。因此，电子政务的推进必须在全面的、进化的、长期的计划范围内合理前进。
电子政务控制体系的基本要素由控制的关键点对应的控制技术组成。控制技术是将控制的职能运用实施的具体手段，它是实现控制目标的工具。在任何系统中，人、物、人的活动、活动的环境、人活动作用的信息，都是构成系统运转的最主要元素，也是对系统进行控制所寻求的关键点。电子政务也不例外，电子政务是技术、人与政府实体的有机组合。在该体系中，上述关键点分别对应于由电子政务建设利益相关者、电子政务系统、电子政务项目的开展、电子政务开展的环境、电子政务运行中产生的政府电子数据。
在对电子政务进行控制时，针对上述关键点可以采取如下关键措施:基于内部导向的控制与基于外部导向的控制联动的双重控制;电子政务系统的控制。基于内部导向的控制包括人员控制、安全控制、成本控制、信息控制等;基于外部导向的控制包括适度的绩效考核、社会评估、社会举报。电子政务系统的控制则立足电子政务项目建设的角度，进行具体控制。
按照分析视角的不同，上述三类控制又可以笼统分为基于整体的控制(基于内部导向的控制、基于外部导向的控制)、基于个体的控制(电子政务系统的控制)。