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电子报检是指报检人使用电子报检软件，通过检验检疫电子业务服务平台将报检数据以电子方式传输给检验检疫机构，经检验检疫业务管理系统和检务人员处理后，将受理报检信息反馈报检人，实现远程办理出入境检验检疫报检的行为。
目前能够进行电子报检的业务包括出入境货物的报检、出境运输包装和进出境包装食品的报检、进出境木质包装、集装箱的报检等。
1、申请电子报检的报检企业应具备下列条件：
(1)遵守报检的有关管理规定;
(2)已在检验检疫机构办理报检企业备案或注册登记手续;
(3)具有经检验检疫机构注册的报检员;
(4)具备开展电子报检的软硬件条件;
(5)在国家质检总局指定的机构办理电子业务开户手续。
2、报检企业申请电子报检时应提供的资料：
(1)报检单位备案或注册登记证明复印件;
(2)《电子报检登记申请表》;
(3)《电子业务开户登记表》。
3、检验检疫机构对申请开展电子报检业务的报检企业进行审查，经审查合格的同意其开通电子报检业务。
1、报检企业应使用经国家质检总局评测合格并认可的电子报检软件进行电子报检。
2、电子报检软件有两种：有企业端安装版和浏览器版两种。
1、报检环节
（1）对报检数据的审核采取“先机审，后人审”的程序进行。企业发送电子报检数据，电子审单中心按计算机系统数据规范和有关要求对数据进行自动审核，对不符合要求的，反馈错误信息；符合要求的，将报检住处传输给受理报检人员，受理报检人员人工进行再次审核，符合规定的将成功受理报检住处同时反馈报检单位和施检部门，并提示报检企业与相应的施检部门联系检验检疫事宜。
（2）出境货物受理电子报检后，报检人应按受理报检信息要求，在检验检疫机构施检时，提交报检单和随附单据。
（3）入境货物受理电子报检后，报检人应按受理报检住处的要求，在领取《入境货物通关单》时，提交报检单和随附单据。
（4）电子报检人对已发送的报检申请需更改或撤消报检时，应发更改或撤消报检申请。检验检疫机构按有关规定办理。
2、施检环节
报检企业接到报检成功信息后，按信息中的提示与施检部门联系检验检疫。在现场检验检疫时，持报检软件打印的报检单和全套随附单据交施人员审核，不符合要求的，施检人员通知报检企业立即理发，并将不符合情况反馈受理报检部门。
3、计收费
计费由电子审单系统自动完成，接到施检部门转来的全套单据后，对照单据进行计费复核。报检单位逐票或按月缴纳检验检疫等有关费用。
4、签证放行
签证部门按规定办理。
1、电子报检人应确保电子报检信息真实、准确，不得发送无效报检信息。报检人发送的电子报检信息与提供的报检单及随附单据有关内容保持一致。
2、电子报检人须在规定的报检时限内将相关出入境地货物的报检数据发送至报检地检验检疫机构。
3、对于合同或食用证中涉及检验检疫特殊条款和特殊要求的，电子报检人须在电子报检早班中同进提出。
4、实行电子报检的报检人的名称、法定代表人、经营范围、经营地址等变更进，应及进缶当地检验检疫机构办理变更登记手续。
电子报检是检验检疫实施“电子申报、电子监管、电子放行”新“三电”工程中的重要组成部分。报检单位通过安装企业端电子申报软件将报检数据经互联网进入检验检疫综合管理系统，检验检疫机构对报检数据的审核是采取“先机审，后人审”的程序进行,对报检数据企业发送电子报检数据，电子审单中心按计算机系统数据规范和有关要求对数据进行自动审核，对不符合要求的，反馈错误信息；符合要求的，将报检信息传输给受理报检人员，受理报检人员人工进行再次审核，符合规定的将成功受理报检信息同时反馈报检单位和施检部门，并提示报检企业与相应的施检部门联系检验检疫事宜。
1. 出境货物受理电子报检后，报检人应按受理报检回执的要求，在检验检疫机构施检时，提交报检单和随附单据。
2. 入境货物电子申报后，报检人应按受理报检信息的要求，在报检时提交报检单和随附单据。对口岸已报检通关再到货物到货地检验检疫的，应在报检时提交《入境货物通关单》副本（入境货物调离通知单）或复印件，不必再进行电子申报。
3. 电子报检人对已发送的报检申请需要更改或撤消报检时，应到检验检疫机构申请，检验检疫机构按有关规定办理。
4. 报检企业接到报检成功的信息后，按信息中心的提示与施检部门联系检验检疫。在现场检验检疫时，持报检软件打印的报检单和全套随附单据交施检人员审核，不符合要求的，施检人员通知报检企业立即更改，并将不符合情况反馈受理报检部门。
5. 计费由电子审单系统自动完成，接到施检部门转来的全套单据后，对照单据进行计费复核。报检单位逐票或按检验检疫规定的时间缴纳检验检疫等有关费用。
6. 签证放行由签证部门按规定办理。
7. 电子报检人应确保电子报检信息真实、准确，不得发送无效报检信息。报检人发送的电子报检信息应与提供的报检单及随附单据有关内容保持一致。在规定的报检时限内将相关出入境货物的报检数据发送至报检地检验检疫机构。对合同或信用证中涉及检验检疫特殊条款和特殊要求的，电子报检人须在电子报检申请中同时提出。
8. 实行电子报检的报检人的名称、法定代表人、经营范围、经营地址等变更时，应及时向当地检验检疫机构办理变更登记手续。
(1)提高企业申报的成功率。实行“电子报检”后，企业在电子申报时企业端软件有必要的提示，如果所附的单据不齐全，返回的信息会明确告知所缺证单，这就有效地保证了企业一次性申报的成功率；企业明显减少了往返检验检疫机构的次数。
(2)便于企业建立业务档案。企业可以利用企业端软件的辅助功能，完善其原始资料的保存，以利于建立完整的业务档案；同时提升了企业管理水平和业务员的素质，促进了企业的信息化建设；特别是对冰、冻水产品类的产品出口，以电子转单的方式为企业赢得了宝贵的时间，极大地促进了出口，也提高了产地检验检疫率。
(3)为“大通关”创造条件。实行“电子报检”后，促使企业提前报检，为提前进行风险分析、出口检验检疫前移、入境检验检疫后延、实现口岸“大通关”创造了条件。
(4)各地检验部门把推行“电子报检”作为检验检疫信息化建设的重要组成部分来抓。自实施“电子报检”以来，运行平稳，减少了工作交叉，提高了工作效率，方便了出口企业。
(5)推行“电子报检”后，检验检疫部门集中电子审单，企业就近或自愿选择交单地点，加快了报检速度。
(6)在未实行“电子报检”前，办理报检企业在手续齐全的情况下，检验检疫要经过9个环节，需要派专人跑2～3次才能办完。在实行“电子报检”后，减少了近一半环节，企业只一次就可完成所有业务程序。与传统报检方式相比，货物报检平均每批节省了1．2小时，节约费用50元；电子签证平均每份节省0．5天，节约费用80元；电子转单平均每批节省1．5天，节约费用500元。
随着“大通关”和“三电工程”进程的不断推进，检验检疫系统对初始电子数据的要求越来越高。电子申报的质量将直接影响到全部数据的申报。但是，由于从事企业电子申报的人员流动性较大，因此他们往往不能及时掌握企业的报检要求和信息，这样一来，错报或退单的情况就时有出现了。电子报检常见的一些问题及其处理对策如下：
(1)企业流水号重号。由于大多数报检企业习惯于用报检日期或者生产批号作为流水号申报，所以就经常出现流水号重复不能申报的情况，因此企业在申报的过程中应注意，尽量在编流水号时加上有别于其他企业的标识，例如企业简称等。
(2)货物拼箱申报或混装。在报检过程中，经常出现货物拼箱或混装的情况，即将几个不同品名的货物装入一箱。这使得企业在申报包装种类及数量时无法对应品名进填写。此时，大多数企业在申报时会将包装种类及数量填零或不填，而这会造成系统单。正确的申报应该是将拼装总箱数填报在拼箱的第一条品名所对应的包装种类及量栏中，而第二或第三等品名栏在对应的包装种类中填入包装种类，数量留空。
(3)保税区及加工区贸易申报。通常企业遇到保税区及加工区贸易时，在申报的过程中都会按照预检来申报，即不显示运输方式、启运口岸、输往国家，最终出具出境货物换证凭条，不做电子转单。但自从CIQ2000系统升级至2．3版后，货物贸易方式中增加了“保税区及加工区贸易”项目，故保税区及加工区贸易也能当作一般申报出具转单凭条，但在电子申报时应注意贸易方式与输往国家的对应一致。例如：贸易方式为保税区进出区货物，输往国家应对应为保税区，加工区进出区货物则对应的输往国家应为加工区。而起运口岸则为相应的保税区所在口岸，如上海外高桥保税区，则起运口岸应填上海口岸或外高桥口岸。另外应特别注意：
此类贸易方式申报时，到达口岸应留空。如果起运口岸在CIQ2000系统中未被列入一类口岸，即在CIQ2000系统起运口岸中显示不出的，如苏州口岸、无锡口岸等，在申报时会遭遇退单，应及时与电子审单人员取得联系，说明情况，以便进行手工审单受理。
(4)运输方式为联运的申报。由于CIQ2000系统在运输方式方面并没设联运方式，所以企业在遇到运输方式为联运时应注意，如果是海空联运，则运输方式应申报为海运；如为空海联运，则运输方式可申报为空运或者其他联运方式的，均可申报为联运的第一种运输方式，不得留空。
(5)复杂唛头的申报。在企业申报过程中，常常出现长唛头或唛头中含表格或非法字符的情况，导致企业不能正常申报。正确的申报应该是将唛头缩印贴在报检单唛头栏，而在电子报检时唛头栏中应填入“见贴唛”申报，不得留空，以免造成退单。
(6)几个口岸申报的特殊要求。
①深圳口岸。该口岸要求申报时必须填入发货人代码、收货人名称、货物规格／尺寸／型号。
②厦门口岸。该口岸申报时必须填入发货人代码，要求申报时厂检信息必须完整，证单中的检验检疫信息完整。
③宁波北仑港口岸。该口岸申报时必须填入发货人代码、口岸要求申报时厂检信息必须完整，证单中的检验检疫信息完整。
④青岛口岸。该口岸要求申报时厂检信息必须完整、证单中的检验检疫信息完整。
⑤珠海口岸。该口岸要求申报时厂检信息必须完整、证单中的检验检疫信息完整。
⑥广州口岸。该口岸要求申报时厂检信息必须完整、证单中的检验检疫信息完整。
⑦福州口岸。该口岸要求申报时厂检信息必须完整、证单中的检验检疫信息完整。
⑧新疆口岸。该口岸要求申报时厂检信息必须完整，证单中的检验检疫信息完整。
另外应特别注意：
①当口岸要求提供发货人代码为新注册代码时，即相应的发货人代码10位数中的第5位数为6时，应及时告知电子审单人员。由其及时更新下载全国企业注册数据，以免造成系统退单。
②企业自觉输全各项报检信息，如厂检信息等，以应对不同口岸的特殊要求，特别是在企业报检人员更换时，做好交接工作，确保正确报检。电子报检的实施极大地方便了企业报检，大大减轻了检验检疫工作人员的工作压力，更起到了加快“三电工程”和大通关进程的作用。但电子报检这个平台还不稳定，问题也很多，只有企业申报人员和检验检疫人员密切配合、相互交流，才能提高电子数据质量和电子平台的利用率，确保检验检疫报检工作的正常、顺利进行。
国家质检总局办公厅2001年7月16日印发的《出入境检验检疫电子报检管理办法(试行)》是目前开展电子报检的法律依据。该办法分五章，共31条。第一章总则，1～4条；第二章电子报检的申请，5～8条；第三章电子报检，9～19条；第四章监督管理，20～23条；第五章附则，24--31条。