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三电工程在检验检疫中原指电子报检、产地证电子签证和电子转单。为适应口岸“大通关”形势的发展，CIQ2000业务管理系统又增加了电子通关的功能。因此，现“三电工程”是指出入境货物检验检疫电子申报、电子转单和电子通关的简称。
电子申报包括电子报检和产地证电子签证。电子报检是指报检人使用电子申报软件，通过网络将出入境货物的报检数据以电子方式传输给检验检疫机构，经CIQ2000业务管理系统和检务人员处理后，将受理报检信息反馈报检人，实现远程办理出入境检验检疫报检的行为；产地证电子签证是指申领原产地证的企业，通过网络将申报原产地证的有关数据以电子方式传输给检验检疫机构，由检验检疫机构审查符合要求后办理证书，实现电子远程申请办理原产地证的行为。
电子转单是指通过网络将出境货物经产地检验检疫机构检验检疫合格后的相关电子信息传输到出境口岸检验检疫机构，入境货物经入境口岸检验检疫机构签发《入境货物通关单》后的相关电子信息传输到目的地检验检疫机构实施检验检疫的监管理模式。
电子通关是检验检疫机构与海关联网，通过“口岸电子执法系统”平台实现检验检疫机构和海关的业务数据的交换。
“三电工程”于2000年启动，当时由出入境货物电子报检、产地证电子签证和检验检疫系统内地与口岸的电子转单构成。2000年全国有256个检验检疫机构应用电子签证系统、186个实施电子报检系统、33个直属检验局及其440个分支机构使用电子转单系统；2001年处理文件近800万份。全国电子业务联网企业近14000家。
2002年国家质检总局要在全系统电子签证取得成效的基础上，继续推广电子报检和电子转单，加快列入国家“十五”计划的“金质工程”－－网六系统的建设，建立标准化代码、检验检疫证书用语、新的计费标准、动植物检疫审批、动植物疫情动态与截获统计、传染病监测、口岸卫生监督、质量许可证等数据库群，增加集装箱、运输工具管理等功能，完全实现检验检疫业务的网络管理。
2003年“三电工程”工作重点由“电子报检、电子签证和电子转单”发展为“电子报检、电子转单和电子通关”检验检疫局于2003年3月在全国检验检疫系统率先启动了“集中审单快速核放”试点工作。03年为抗击“非典”，质检总局紧急出台了支持企业扩大出口的有关措施，各地检验检疫机构对进出境抗击“非典”急需物资实施特事特办，快速验放，不收取费用。质检总局采取了一系列的措施。扩大出口，保证了“非典”时期的进出口业务的开展。
2004年随着检验检疫业务信息化建设的深入发展，“电子申报、电子监管、电子放行”成为新的主题。04年进一步巩固“三电工程”的成果，提高应用水平。一是在100%实现电子申报、电子监管和电子放行的基础上，进一步加强检验检疫广域网的建设和管理，确保100%的发挥“三电工程”的效益,加大电子通关短信服务系统的推广力度，为企业提供便捷优质的服务。二是继续加大与海关的协调力度，稳步扩大“纸面通关单不流转式电子通关”的应用范围。
“三电工程”经历多年的发展，已经日趋成熟和完善，“三电工程”的信息化建设不仅仅给企业带来了便捷和快速的发展，而且拉动了社会各个经济的同步前进。