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生态补偿横向转移支付是指对在某一区域内为保护和恢复生态环境及其功能而付出代价、做出牺牲的单位和个人进行经济补偿时采用同级的各地方政府之间财政资金的相互转移的制度安排。
横向转移支付制度可以在生态关系密切的区域建立起生态服务的市场交换关系，从而使生态服务的外部效应内在化。
作为公共产品或公共服务，生态环境具有显著的跨区域性，因此在一国范围内，它既有全国属性，又具有鲜明的地域属性。全国性的生态服务理所当然应由中央政府财政支出来解决，而具有地域属性的生态服务应该由区域内所有受益者共同承担。但在具体实践中，地域属性的生态服务提供者与受益者往往分属于不同行政区划和财政级次，生态服务的收益外溢使现实中极易出现成本与收益的不对称问题。而我国目前纵向转移支付制度设计中，财力向上集中再分配的过程，很难直接体现生态服务的收益补偿关系，而且转移支付数额的影响因素中也尚未体现生态服务这一项，使得现实中，地方政府在生态保护方面的积极性不高。这也是我国生态环境保护实践中存在的一个较为严重的问题。
从我国学者对横向转移支付制度的研究成果看，学者们普遍认为横向转移支付可以比较好地解决财力均等化和外部性的问题。其中，与纵向转移支付制度相比，其在解决外部性问题上具有独特优势。纵向的转移支付没有很好地体现出上级财政行为增进效率和优化资源配置的原则，尤其没有体现出市场经济基础上的特定区域在经济与生态的分工以及生态服务的市场交换关系。横向转移支付制度可以在生态关系密切的区域建立起生态服务的市场交换关系，从而使生态服务的外部效应内在化。
因此，作为我国纵向转移支付的有益补充，建立生态补偿的横向转移支付制度，对加强生态环境保护、促进经济可持续发展具有重要意义。
(一)省际间区域生态补偿
区域主要指一个国家行政区划内的行政主体，本文研究的范围限于各省级政府。因此区域生态补偿指的是：一个或多个省级区域的经济活动对其他省级区域产生了环境生态影响，其实质生态环境的开发利用与保护相脱离而造成的区域利益分配不均衡。外部效应内生化要求建立各省之间的生态市场交换关系，当补偿主体和对象涉及到两个或多个区域，就需要研究区域生态补偿问题。各省级政府之间激烈的竞争关系是当前我国经济社会发展的重要推动力量，而生态、环境的厉害冲突是影响区域基本公共服务均等及协调发展的重大制约。
之所以把区域生态补偿放在横向财政转移支付的优先领域的重中之重，原因在于：第一，西部地区由于矿产资源过度开发引发的生态环境问题已经由区域性的公共物品演化为全国性的公共物品，而且不合理的资源定价使得西部地区并没有得到足够的用于环境治理的财政资金，反而陷入了越开发地方越穷的怪圈，生态环境有加速恶化的趋势。第二，西部地区是我国重要大江大河的水源发源地，历史遗留的原因使得我国对西部地区的欠账过多，发达地区经济发展的成果理应由西部地区共享。承担大量生态服务功能的地区往往生态脆弱和环境敏感，而这些地区基本是贫困地区或经济欠发达地区，财政能力差距巨大，形成这样的悖论：一方面财力充足的经济发达地区，免费搭车享受着贫困地区提供的生态服务，另一方面，贫困地区却得不到任何补偿。第三，西部地区担负着维护民族团结、保持边疆稳定的政治重任。第四，省际之间的环境产品市场交换关系的严重缺失使得跨界河流、生态功能区的治理与维护面临着众多很难协调的矛盾和冲突。第五，与主体功能区、重点生态功能区、流域与区域以及生态资源的空间重叠也要求中央政府在面临复杂多样的生态补偿问题时，要首先为区域生态补偿制定具备可操作性的、有立法保障的补偿标准体系。而其他诸如流域问题、生态资源补偿问题则可以把区域生态补偿作为一个标杆，中央政府允许地方政府采取多方式的、灵活的市场或者政府补偿模式。
(二)重点生态功能区类生态补偿
党的十七大明确提出：“围绕推进基本公共服务均等化和主体功能区建设，加快形成统一透明的财政转移支付制度”。目前，关系全国或较大范围区域生态安全的国家层面重点生态功能区共有25个，分为水源涵养型、生物多样性维护型、防风固沙型、水土保持型。具体包括青海三江源保护区、南水北调丹江口库区、大小兴安岭生态功能区、长白山森林生态功能区、川滇生态及生态多样化功能区。2009年又将治理任务更为紧迫、治理成本更加高昂、基层财政更加困难、少数民族更加集中的水土保持和防风固沙两大类型生态功能区纳入，主要地区覆盖新疆、内蒙古等少数民族聚集区和贵州省、青海省等部分地区。
从我国生态安全战略格局示意图可以了解，纳入重点生态功能区的地区从地理特征看，大都处于东北、西北、西南等边境地区，战略地位非常重要；从民族构成可以看出，少数民族占有比例较高，对于维护民族团结，促进各民族共同繁荣意义重大；从经济实力和财政收入水平看，大都属于经济欠发达地区，基本公共服务均等化程度较低；从国家主体功能区的划分来看，都属于限制开发地区或禁止开发地区。查阅国家2011年公布的国家或者省级自然保护区目录，所有国家级自然保护区以及部分省级自然保护区都属于国家重点生态功能区的范围。
国家级重点生态功能区是同时具有非排他性和非竞争性的纯粹公共物品。从非排他性来看，无法排除其他地区无偿获得生态功能区提供的生态效用；从非竞争性看，增加一个人的消费并不会影响其他人对该类生态效用的消费。政府提供该类公共物品是无可置疑的，但仅仅中央政府提供转移支付等财力支持，限于目前财政体制下的转移支付规模增长机制，要实现符合可持续发展的生态补偿要求，中央政府难以为继。所以现实的可行的选择是把横向转移支付制度的建立作为目前纵向转移支付制度的补充，既可以解决中央政府的财政压力，同时也符合谁受益、谁支付的生态补偿原则，效率水平也会得到提高。
(三)流域类生态补偿
流域，是以分水岭为界的一个河流、湖泊或海洋等的所有水系所覆盖的区域，以及由水系构成的集水区。流域生态补偿机制是以水质、水量环境服务为核心目标，以流域生态系统服务价值增量和保护成本与效益为依据，调整流域利益相关者之间的利益关系，并实现流域内区域经济协调发展的制度性安排。这类问题可以根据流域战略地位细分为以下几类：
一是国家层面上的大江大河的生态补偿问题，主要指长江、黄河、珠江、淮河、辽河、松花江等国家重点监控、事关国家水资源安全的流域。这类流域的特点是流域涉及几个甚至十几个省，有的还属于国际界河，流经地区大都属于国家经济发达区域，经济地位至关重要。这类问题的难点在于受益地区和保护地区界定困难，外部性非常复杂，作用范围广泛，牵扯到的利益主体众多，获得区域外部性评估所需的数据由于可能来自于技术上的瓶颈，也可能来自于成本的制约等因素，获得很困难。二是跨省际的中尺度流域的生态补偿问题。该类流域通常不涉及到生态全局，一般涉及2-3个省份，如跨陕西和湖北的汉江流域，广东、广西和云南的珠江水系，跨青海、甘肃和内蒙古的黑河流域等。但由于河流流经地区分别隶属于不同的财政层级，并且各地区财政能力水平不同，所以生态补偿问题就变得既重要，又面临众多难点。三是省以下一个行政辖区的小流域生态补偿问题。该类问题并不复杂，流域主体比较清晰，利益协调比较容易。四是城市水源地的生态补偿，这类问题可能属于同一行政辖区的不同区域，如山东聊城的谭庄水库。也可能属于不同行政区域，如河北张家口的水库就担负着向北京和天津的供水重任。
流域生态环境本质上属于准公共物品的范畴，在消费上具有非竞争性，但却无法做到有效的排他。两个或者两个省以上的跨界河流生态补偿需要解决的是上游的自身环境保护责任确定、中下游对上游的生态补偿问题。但关键是怎样理解“上游”这个最基本的概念?中下游的不同区域又应该向“上游”的不同地区支付多少?怎样分摊各自的转移支付数额?当然这种划分并不绝对，大江大河的流域保护就接近于纯粹公共物品类型，有些可能就属于所谓的“俱乐部产品”类型，如上文提到的张家口水源地保护，其受益主体就相对比较单纯。另外，随着技术的进步，目前无法解决的水资源的在技术层面的非排他性一旦得到解决，该类型的公共产品就属于所谓“私人物品”，解决方式当然也就可以应用市场的办法来解决了。但根据目前现实状况，结合本文研究目标主要集中在省际间的横向财政转移支付制度，所以把流域生态补偿归纳为以下几个问题：大江大河流域、2-3个省的跨界河流，涉及到2个以上行政区域的水源地保护等这样3个领域作为生态补偿的优先领域。区域外部生有特定的作用范围，具有天然“排他性”。如一个流域内的上游与下游，外部作用的施加区域和承受区域都无法用脚投票，使补偿双方都具有垄断性。
对口支援、省内流域生态补偿是我国横向转移支付的雏形。
我国没有以制度形式确立横向转移支付，对口支援、省内流域生态补偿是我国横向转移支付的雏形。
一是对口支援。经济较发达的省份对中西部经济落后省份的对口支援实质上起到了横向转移支付的作用。从我国建国以来全国的对口支援情况来看，大规模的对口支援主要有4个方向：一是对口支援西藏；二是对口支援三峡库区；三是对口支援地震灾区；四是对口支援新疆。对口支援的省际间财力转移形式，是我国纵向转移支付制度的有益补充。但是，由于缺乏制度性安排，对口支援的方向、规模、对口关系等方面的随意性较大，并且依赖中央政府的督办，不是长久之计，还需要以横向转移支付的形式在转移支付制度中加以安排，以发挥更稳定的作用。
二是省内流域生态补偿的实践。中国东部地区的省份，如辽宁、山东、浙江、江苏、福建、广东等经济比较发达，已在行政辖区内的流域开展了流域生态补偿工作。如辽宁省2008年出台并实施了《辽宁省跨行政区域河流出市断面水质目标考核暂行办法》，以地级市为单位，对主要河流出市断面水质进行考核，水质超过目标值的，上游地区将给予下游地区补偿资金。浙江在全省流域实施生态补偿政策和机制试点，福建在省辖区、市辖区的3个流域的上下游实施生态补偿机制试点等。流域生态补偿问题是我国跨地区生态补偿的重要内容，但是从各省已开展的流域生态补偿实践不难看出，从省级政府层面只能解决省内的流域生态补偿问题，而省际间的流域生态补偿仍然是一大难题，需要以横向转移支付的形式在转移支付制度中予以考虑。
明确横向转移支付的补充性原则，建立以中央政府牵头的横向转移支付机构，以生态环境指标测算转移支付标准。
从我国政府间财政转移支付的现状看，未来完善转移支付制度的方向是要建立起以纵向转移支付为主、横向转移支付为辅的政府间财政转移支付制度，使政府间的横向转移支付成为政府间财力均衡的有益补充，并解决地方政府间存在的外部性问题。建立生态补偿的横向转移支付制度，是我国建立横向转移支付制度改革的一个有益开端，也可以为我国横向转移支付制度的建立奠定现实基础，提供改革经验。基于我国的基本国情及横向转移支付制度的现实条件，建议从以下方面构建以生态补偿为导向的横向转移支付制度：
明确横向转移支付的补充性原则。我国政府一直采用的是纵向转移支付模式，如今为了解决省际间的区域性外部性问题，尝试构建生态补偿的横向转移支付制度，因此，需处理好横向转移支付与传统的纵向转移支付之间的关系。建立我国横向转移支付制度的初衷，主要是为了解决目前省际间生态效益或成本外溢所带来的外部性问题，并不以财政均等化为目标。因此，横向转移支付制度只能作为我国现有纵向转移支付制度的有益补充。
建立以中央政府牵头的横向转移支付机构。从我国横向转移支付的现有实践情况看，能够突破地方行政辖区限制，开展跨省生态补偿的区域，通常都有中央政府相关职能部门牵头或组织，如三峡库区的对口支援。可以说，中央政府在横向转移支付制度中有着非常重要的组织、引导、协调作用。
因此，若要建立起突破地方行政区域限制的横向转移支付制度，必须有一个负责日常事务的组织机构，由国家相关部门的代表及各地方政府派出的代表共同组成。国家相关部门代表负责组织牵头地方政府代表之间的谈判、协商，并对达成生态补偿意向的转移支付资金进行监督，将我国现有零散的省际间生态补偿的转移支付纳入常规的转移支付制度之中。
以生态环境指标测算转移支付标准。我国现有纵向转移支付模式中，包括一般性转移支付及专项转移支付，其中以一般性转移支付为主。在确定各省一般性转移支付金额时，主要是根据地区标准财政收支差额与这一地区适用的转移支付系数确定的，其中并未涵盖地区间生态环境外部性因素。生态环境因素主要通过专项转移支付的形式下拨地方，因此未能很好地反映出省际间由生态效益或成本外溢形成的横向生态补偿关系。因此，在建立以生态补偿为导向的横向转移支付制度中，在转移支付金额的测算上，应以各地区间的生态环境指标因素为主要测算指标。
例如，省际间的流域生态补偿，可考虑以出省断面水质考核指标为测算因素，根据指标考核值与目标值之间的关系，确定生态补偿标准。水质优于考核目标，可以由下游省份向上游省份支付生态补偿金；水质劣于考核目标，由上游省份向下游省份支付生态补偿金。