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海关行政复议管辖是指有关的海关行政复议机关对行政复议案件在受理上的具体权限和分工，即海关行政相对人在提起行政复议申请后，应当由哪一个行政复议机关来行使行政复议权。海关行政复议的管辖是海关行政复议权的具体体现和落实。
根据《行政复议法》、《海关行政复议办法》中对管辖的规定，具体来讲，有以下几种情况：
1．上一级海关管辖。根据《行政复议法》以及《海关行政复议办法》的规定，一般情况下，对海关具体行政行为不服的，应向作出该具体行政行为的上一级海关申请行政复议。故上一级海关管辖就是指，公民、法人或者其他组织对海关的具体行政行为不服的复议申请，由作出引起海关行政争议的具体行政行为的海关的上一级海关管辖。
对海关依法设立的派出机构依照法律、行政法规或者海关规章规定，以派出机构的名义作出的具体行政行为不服的，向设立该派出机构的海关申请行政复议。
对法律、法规和规章授权的组织作出的具体海关行政行为不服申请的复议，由直接主管该组织的海关管辖；对受委托的组织作出的具体海关行政行为不服申请的复议，由委托的海关的上一级海关管辖。作出具体行政行为的海关被撤销的，对其撤销前所作的具体行政行为不服的海关行政复议案件，由继续行使其职权的海关的上一级海关管辖。
对于需要逐级批准的海关具体行政行为引起的海关行政复议案件，应由最终批准该行为的海关的上一级海关管辖。
2．共同海关具体行政行为的复议管辖。根据《海关行政复议办法》的规定，如果被提起行政复议的具体行政行为是两个以上海关的共同行政行为，则这些海关的上一级海关都有管辖权。故共同海关具体行政行为是指两个或者两个以上的海关以共同的名义作出的海关具体行政行为，其基本的特点是该具体行政行为由两个或者两个以上的海关共同作出。根据相关法律规定，对两个或者两个以上的海关以共同名义作出的海关具体行政行为不服而申请的复议，由他们的共同上一级海关管辖。但是，申请人对海关总署与国务院其他部门共同作出的具体行政行为不服，向海关总署或者国务院其他部门提出行政复议申请，由海关总署、国务院其他部门共同作出处理决定。
3．海关总署管辖。根据《行政复议法》、《海关行政复议办法》的规定，对直属海关或者海关总署作出的具体行政行为不服的，向海关总署申请行政复议。
移送管辖是指复议机关对已经受理的某一复议案件，经审查人审查后认为本机关对该案件没有管辖权，应将该案件移送给有管辖权的复议机关来复议。海关发现受理的案件不属于本机关管辖的，应该按照规定移送有管辖权的海关。移送管辖需要满足几个条件，即移送的海关必须已经受理该案件；经审查移送海关对该案件没有管辖权；而受移送的海关对该案件必须具有管辖权。受移送的海关不能拒绝接受移送，也不能再自行移送给其他的海关行政机关，但是如果被移送的海关行政机关确实不具有移送案件的管辖权的话，应该按照规定交移送和被移送的海关行政机关的共同上一级海关，由其指定该移送案件的管辖机关。
移送管辖制度的设立，旨在保护海关行政相对人的权益的，能够避免各海关行政机关在是否受理、审查、处理海关行政案件的时候互相推诿扯皮，拖延复议案件的办理时间，能有效地提高行政效率，保护海关行政相对人的合法权利。
指定管辖主要出现在以下几种情况：
①有管辖权的海关由于特殊的原因而不能行使管辖权，或者在行使管辖权确实有困难的情况下，可以由此海关行政机关的上级海关以裁定的方式指定某一海关管辖。出现这种情况有很多原因，可能是法律上的原因，如复议工作的人员由于回避而无法继续开展复议工作；或者说是实施上的原因，如气候天灾等。
②对于复议案件的管辖权，各海关发生了争议且争议双方海关协商不成的，则由他们的共同上一级海关指定其中的一个海关管辖。如在移送管辖中，被移送海关认为自己无管辖权而双方发生分歧，则由其共同的上级海关指定管辖。
③法律、法规或者规章中，对于某一具体海关行政行为的复议案件的管辖受理有时候可能出现规定不明的情况，此时，也需要由特定的机关来进行指定管辖。
(四)管辖权的转移
管辖权的转移不同于移送管辖，移送管辖是无管辖权的海关把不属于自己管辖的案件移送给有管辖权的海关，而管辖权的转移是指有管辖权的机关把所管辖的复议案件转交给本来无管辖权的海关，使其取得了对该案件的管辖权。具体来说，管辖权的转移，是经上级海关决定或者同意，把行政复议案件的管辖权，由下级海关移交给上级海关，或者由上级海关移交给下级海关。上级海关认为必要，可以复议属于下级海关管辖的案件，下级海关认为案情重大、复杂，需要由上级海关复议的案件，也可以报请上级海关复议。