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直属海关是指直接由海关总署领导，负责管理一定区域范围内海关业务的海关。
目前我国共有41个直属海关，除香港、澳门、台湾地区外，分布在全国31个省、自治区、直辖市。直属海关就本关区内的海关事务独立行使职权，向海关总署负责。直属海关承担着在关区内组织开展海关各项业务和关区集中审单作业，全面有效地贯彻执行海关各项政策、法律、法规、管理制度和作业规范的重要职责，在海关三级业务职能管理中发挥着承上启下的作用。
1、对关区通关作业实施运行管理，包括执行总数业务参数、建立并维护审单辅助决策参数、对电子审单通道判别进行动态维护和管理、对关区通关数据和相关业务数据进行有效监控和综合分析；
2、实施关区集中审单、组织和指导隶属海关开展接单审核、征收税费、查验、放行等通过作业；
3、组织实施对各类海关监管场所、进出境货物和运输工具的实际监控；
4、组织实施贸易管制措施，税收征管、保护和加工贸易海关监管、企业分类管理和知识产权进出境保护；
6、组织开展关区调查、稽查和侦查工作；
7、按规定程序其权限办理各项业务审核、审批、转报和注册备案手续；
9、开展对关区各项业务的执法检查、监督和评估。