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当今，西方经济学舞台上存在着两种不同的新制度学派。一是以加尔布雷思为代表的新制度经济学派(Neo-institutional economic school)，另一 个是以科斯等人为代表的新制度经济学派((New institutional economic school)。
(一)以加尔布雷思为代表的新制度经济学派
20世纪50年代，以加尔布雷思为代表的新制度经济学派登上了学术舞台。他承袭了凡伯伦为代表的旧制度经济学派的传统，在研究对象、研究方法上发展了制度经济学。新制度经济学派在研究对象上与旧制度经济学派没有多大差别，没有摆脱旧制度经济学的心理因素、法律因素对经济生活起决定作用的思想，但他们不是像旧制度学派那样研究由人们的心理活动和社会习惯所决定的制度演进过程，而是更多地分析单一制度本身的功能。
在研究方法上，新制度经济学派比旧制度经济学派更彻底地主张制度演进、整体方法，反对新古典经济学抽象演绎法，认为把个人作为经济学的研究出发点是不科学的，认为这种方法以其均衡的、静止的分析去研究资本主义社会关系的外表，没有考虑到社会各个经济利益集团间的矛盾冲突。新制度学派的学者主张从根本上更新现代经济理论的方法论基础。他们认为，由于技术不断变革，资本主义经济制度和结构处于不断的变化过程中，资本主义制度是个动态的因果过程，所以经济学必须研究变化、研究过程。也就是说，对经济问题的研究要采用演进的方法。
新制度经济学派的演进方法是与整体方法相联系的，强调在经济研究中，应把注意力集中在作为演进过程的整个社会，而不是个人和企业。这里所说的整体，不只是经济概念，往往不能用数字来表述。他们反对正统经济学所采取的数量分析方法，而应该采取制度因素的分析方法。新制度经济学派的这种分析方法被概括为制度分析法或结构分析法。
新制度经济学派的整体研究是与价值研究方法相联系的，这实际属于规范的研究方法。
(二)以科斯为代表的新制度经济学派
以科斯理论为代表的新制度经济学，是由威廉姆森最先提出来的。它既有别于旧的制度经济学，又有别于加尔布雷思为代表的新制度经济学。其主要代表人物为科斯、威廉姆森、阿尔奇安、德姆塞茨、诺斯及张五常等人。这一学派运用新古典经济学的逻辑和方法去分析制度的构成和运行，并发现这些制度在经济体系运行中的地位和作用，把自身的理论视为对新古典经济学的发展，使新制度经济学成为“本来就应该是的那种经济学”(科斯，1994)。新制度经济学对古典经济学的发展体现在以下几个方面。
关于人的行为假设。新古典经济学认为，经济人的行为是完全理性的、经济人是追求自身利益最大化的。而以科斯为代表的新制度经济学派则主张经济学应该研究现实中的人，应该从现实的组织体制出发，从人的实际出发来研究人。新制度经济学派从两个方面修正了新古典经济学：(1)人的行为是有限理性的。(2)人都具有为自己谋最大利益的机会主义行为倾向。
关于研究领域的拓展。新制度主义经济学派把新古典经济学的基本方法运用于研究制度结构，包括法律、企业组织、社会文化等，并引入了交易费用、产权等理论。他们修正了新古典经济学的零交易费用的假定，认为如果所有的交易成本为零，那么，不论生产和交换活动怎样安排，资源的使用都相同。这种从零交易费用假定到正交易费用假定的修正，使经济学的研究更接近于现实。这种应用现代经济学的方法研究制度问题，拓展了新古典经济学的研究领域。
除此之外，新制度经济学在研究经济组织制度的时候保留了新古典经济学的三个基本要素：稳定性偏好、理性选择模型和均衡分析方法。不过新制度经济学对新古典经济学的保护作了修正：即主体的环境约束问题、主体所拥有的信息问题和主体与客体问相互作用的方式问题。在此基础上再引入新的变量，如信息、交易成本、产权约束和政府行为干预等，从而形成了新制度经济学发展的方法论基础。原有的新古典经济学的方法在这里得到了一般化的应用。
(一)旧制度经济学派
20世纪20年代至30年代制度主义广泛传播时期，这是通常所说的旧制度学派。这一时期的主要代表人物之间观点不太一致，没有形成统一的理论，大致可以分为三支：(1)社会心理学派(凡伯伦为代表)，强调对社会文化心理和习惯的分析，特别是科学技术进步对这种所谓“制度”的影响；(2)社会法律学派(康芒斯为代表)，强调集体行动在控制个体行动方面起的作用，认为法律制度是决定社会发展的主要力量；(3)经验统计学派(米契尔为代表)，认为分析制度因素的作用要以经验统计资料为基础，经济理论的研究是次要的，应当先对事实进行统计分析，然后得到结论。仅就理论思想对以后经济理论的发展来说，凡伯伦是这三人中影响最大的一位。他的思想成为以加尔布雷思为代表的新制度学派的主要来源。
旧制度学派各个分支虽然研究的出发点、内容并不相同，但他们在研究对象、研究方法等方面有相同之处。他们在研究对象上都强调制度在经济生活中的重要作用。在研究方法上，主要汲取了德国历史学派的观点，采取历史主义和制度分析的方法，一方面强调从制度的整体方面研究问题，另一方面强调从制度的演进方面研究问题，提出要建立以研究制度演进为基本内容的经济理论，从结构上改革资本主义社会。这种对“制度趋势”的研究既是制度学派的一个共同点，又是形成制度学派的理论基础。
(二)新旧过渡时期的制度学派
20世纪30年代中期至50年代初期是制度学派从旧到新的过渡时期。这一时期的经济学家们继续沿着凡伯伦所开辟的道路研究制度问题，从而发展了凡伯伦的理论，着重从社会和企业结构角度来分析资本主义经济问题，强调技术进步对于制度和企业权力结构的重大意义，分析所有权和经营权的分离对资本主义权力机构的影响，以及工业化后的社会发展趋势等等。这都为新制度经济学派的产生提供了必要的理论准备，在制度学派的发展过程中起了承上启下的作用。
(一)对以加尔布雷思为代表的新制度经济学派的评价
以加尔布雷思为代表的新制度经济学派以资本主义制度和资产阶级经济学“批判者”的面目出现，试图在否定和批判主流经济学理论的基础上构造出一种新的理论体系。他的一系列理论和政策主张表明这是一个积极的政府干预学派。
从研究对象上看，这一学派主要研究“经济制度”的产生、发展及作用，把社会心理、行为动机和思维方式等看成是“制度”的表现，否认生产关系是决定性的，否定社会发展的客观规律。这表明它们是完全站在唯心主义立场上，主张用风俗习惯说明经济制度和社会制度的形成，用心理现象解释经济范畴的产生和发展。但这一研究对象扩大了传统经济学研究的范围，主张不孤立的研究经济问题，这一点是有可取之处的。
从研究方法上看，这一学派反对个人主义、静止的研究方法，强调整体的、演进的方法，用制度分析或结构分析的方法来研究经济制度。这一方法的局限性在于将分析建立在资产阶级唯心主义理论基础之上，主张现实地描述过程，没有对过程的实质进行分析；主张发展的研究经济问题，但只承认天性、习惯、风俗的演进，否认历史发展过程中的革命飞跃；它标榜“质”的分析方法，反对数量分析方法，这会使得很多问题不能得到充分的论证。
(二)对以科斯为代表的新制度经济学派的评价
以科斯为代表的制度经济学派把制度作为内生变量引入到经济分析之中，并利用新古典经济学的理论和方法分析制度问题，但是这不是一种简单的、照搬式的应用，而是一种修正的、发展的运用。他修改了新古典经济学的“理性人”的假设，代之以“现实人”的假设。这种行为假设的修正具有重要的意义，即对实际人的行为分析能更好地解释和描述人的本性和人的经济活动，使经济学更具有了“解释力”。
这一学派的产权理论主要是资本主义经济形态下的组织制度的产权变化，把公有产权制度排除在研究领域范围之外。其理论研究是具体的，缺乏普遍的意义。其次，他们虽然认识到产权、法律制度、意识形态与市场交易的联系，但他们没有用整套的市场经济范畴来反映其中之间的联系。虽然这一学派的理论只针对资本主义经济形态，主张经济自由主义。然而，他们对于制度创新、技术创新、交易成本和企业产权问题的地研究，仍然值得我们借鉴。如，在社会主义公有制下的产权安排、制度对“价格矫正”和“技术创新”等的重要作用。
(三)两种新制度经济学派之比较
制度经济学派的发展已约有一个世纪的历史，在这一发展过程中，不同制度学派之间或多或少都存在着理论观点上的原则性冲突。这一点不 但在新制度主义学派同旧制度主义学派之间存在着，尤其在各自内部也存在着，尤其在新制度经济学派内部尤为明显。
1、经济学方法论。以加尔布雷思为代表的新制度经济学派承袭了凡伯伦、康芒斯的传统，普遍反对形式主义，不用数字模型和先进的计量学。他们对研究对象分析结论往往是与总结性的概念和对周围制度背景的理解有关。而以科斯为代表的新制度经济学派不反对形式主义。
从研究对象上来看，以加尔布雷思为代表的新制度经济学派主张研究对象应放在一个整体的环境下，反对用个体来部分地解释社会整体的本质和动力，认为个体主义研究方法范围狭小，实际上应包括经济学、政治学、社会学、心理学及法学等。而以科斯为代表的新制度经济学派受古典自由主义的影响，其研究对象的出发点是从个体出发，认为所有经济现象在本质上应根据个体的性质、禀赋、目标和信仰来解释。
2、经济学基本假设。科斯为代表的新制度经济学派将新古典经济学的“完全理性”的基本假设修正为“有限理性”。而以加尔布雷思为代表的新制度经济学派提出用“社会一文化人”来代替“经济人”，同时也不赞同用“有限理性”对“完全理性”的修正。他们认为，这二者都没有认识到人的心智结构是多层次的。他们也不排除理性，但认为理性是适应性意义上的，是逐渐调整过程。
综上所述，以加尔布雷思为代表的新制度经济学派放弃了形式化方法一用数字或逻辑代替自然语言的表述，拘泥于描述调查、政策分析和规范性的研究方式，使其理论发展受到制约。由于制度的研究中又包含了许多不可度量的因素，所以单纯用形式主义分析方法来处理纷繁复杂的经济体系时也会受到许多的限制。除此之外，经济学的研究对象不是单纯的个体，而是社会性的个体，而其中文化、制度对个体的思维模式和行为方式都有着不同程度的影响，整体主义和个体主义都是不完整的。