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备料保税仓库是指加工贸易企业存储为加工复出口产品所进口的原材料、设备及其零部件的保税仓库，所存保税货物仅限于供应本企业。
1.保税货物在保税仓库所在地入境，货主或其代理人应当交验下列单证：
(1)填写《进出口货物报关单》一式三份
报关单右上角加盖“保税仓库货物”印章，并注明此货物系存入某保税仓库。
经海关审核查验放行后，报关单一份由海关留存，二份随货带交保税仓库。保税仓库经理人应于货物入库后，即在上述报关单上签收，一份留存，一份交回海关存查。
货主在保税仓库所在地以外的其他口岸进口货物，应按海关对转关运输货物的规定力理转关运输手续，货物运抵后再按以上手续办理入库。
2.保税货物在原装货物复运出口时，货主或其代理人应向所在地海关交验下列单证：
(1)填写《出口货物报关单》一式三份
(2)货物原进口时由海关签印的报关单
经海关核准与实货相符后签印，一份留存，一份发还，一份随货带交出境地海关凭以放行货物出境。
3.保税货物在储存期提取使用时，海关按以下情况分别办理：
(1)保税货物经海关核准转为进入国内市场销售时，由货主或其代理人向海关递交进口货物许可证件、进口货物报关单和海关需要的其他单证并交纳关税和其他代征税后，由海关签印放行，将原进口货物报关单进行注销。
(2)对从备料保税仓库提取的货物，货主应事先持批准文件、合同等有关单证向海关办理合同备案登记手续，并填写来料加工、进料加工专用报关单和《保税仓库领料核准单》一式三份，一份由批准海关备存，一份由领料人留存，一份由海关签盖放行章后交货主。仓库经理人凭海关签印的领料核准单交付有关货物并凭以向海关办理核销手续。
对提取用于来料加工、进料加工的进口货物，海关按来料加工、进料加工的规定进行管理并按实际加工出口情况确定免税或补税。
(3)对用于中、外国际航行船舶的保税油料和零备件，免征关税和进口环节增值税。
(4)对维修有关外国产品的保税零备件，用于保修期限内免费维修进口设备的予以免税，用于保修期限外的设备应照章征税。
(5)保税仓库货物的核销：
保税仓库所存保税货物，应定期向海关办理核销手续。
核销的时间：每月前五日内向海关办理核销手续。
核销的凭证：将上月转存货物的收、付存等情况列表报送当地海关核查。