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国库集中支付系统是指利用先进的信息技术，支撑以国库集中支付为核心应用的财政国库管理信息系统。
过去，我国财政体制改革由于受到多方面豹眼制，财政支出制度尚未得到改善，而且原有的财政体制中多以财政收入方面为改革重点，导致我国财政支出管理存在的问题十分突出随着我国经济市场的发展，原有经济体制下的国库管理制度日渐不能适应新时代的发展要求，为了适应新时期的体制需要，我国国库管理制度的改革是必然的。
一是实行国库集中支付制度提高了资金调动能力国库集中支付制度，加强了财政支出管理，解决了财政资金分散存在的弊端问题提高了财政资亥的利用率，增强了国家资金调动能力，降低了财务负担租债务的风险。
二是实行国库集中支付制度增强了国家宏现调控的能力国库集中支付使银行可以充分利用财政资金实施控制货币政策，通过财政政策和货币政策的相互作用。增强国家宏观调控的能力。
三是实行国库集中支付制度有利干财政支出的监管国库集中支付制度对财政资金的支出提供了一个安全平台，集中支付制度对资金的支出有了全程的监督管理，对资金支出过程中出现的违法行为起到了约束作用；财政监管可以掌握每一笔资金的去向数额以及用途。减少了不法分子的违法犯罪行为。
1.国库集中支付系统存在的风险
国库集中支付系统的建立是一项庞大的工程，需要各个部门在完善的财政管理体制之下才能顺利运行。然而，在目前的国库集中支付系统中，仍存在很多的风险。如管理制度的不完善造成的程序繁琐，在一个个环节的进程中，增加了失误的机率；再如国库集中支付系统与网络系统互联，由于网络系统的开放型，给国库集中支付系统带来了诸多的安全隐患。
2.国库集中支付系统存在的问题
国库集中支付系统的改革逐渐解决了原有的国库支付系统存在的弊端，然而随着改革的不断深入，新的问题逐渐暴露，主要有以下几个方面。
(1)资金拨付程序繁琐。国库集中支付系统改革之后，在一定程度上，强化了资金划拨的便捷性，资金的支付已经不需要层层拨付，但是由于支付流程设计有欠合理性，导致每一笔资金在支付的过程中需要经历较多的环节。根据实际调查显示，在整个集中支付过程中，整个流程需要经历20个环节，包括电子审核7个环节，财政部门审核6个环节，国库处审核3个环节；相关凭证的签字就需要7个人，分别为预算单位负责人，经办人，财政局业务专管员，负责人，主管局长以及国库处专管员和负责人；预算单位财务人员需要在财政部门和本单位之间至少来往3次，与代理银行间一次。在众多的环节中，一旦有一处出现延迟问题，就势必会影响资金的拨付日期。由此，加大了财政部门与本单位财务人员的工作量，造成重复劳动，弱化了每一个审核岗位的责任，无法切实发挥国库集中支付系统高效快捷的优势。
(2)预算单位的资金使用不便捷。根据现时国库集中支付系统的要求，代理银行在受理集中支付业务时，需要通过垫资的形式先行支付，在当日和人民银行国库进行账户清算后，再划回垫支的资金。但由于人民银行每天的清算只有两场，且规定代理银行的纸质清算凭证必须在每天的15点前送到人民银行，否则就必须自行承担隔夜拆借利息。为此，代理银行规定预算单位必须在每日上午11点之前办理相关的资金清算业务，预算单位只能在规定时间之前办理现金提取业务；同时，预算单位在转账支票过程也经常由于以上的规定造成退票。在此情况下，对预算单位与代理银行的日常操作造成极大不便，不利于现金的监督管理，甚至出现部分单位大额套现或是想方设法将资金转往基本户的涉嫌违规现象。
(3)授权支付比例过高。在目前的国库集中支付系统改革中，授权支付比例过高的问题普遍存在。由于授权支付仅限于预算单位的零星支出，授权支付比例过高显示预算单位的项目资金采用授权支付的比例过大。出现这种情况的原因主要有：第一，授权支付方式与原来的支付方式相近，符合预算单位以前的支付习惯。第二，在动态监控系统没有建立以前，授权支付对支出的监督控制比较薄弱，致使预算单位有机可乘，而这一点是授权支付比例高的主要原因。第三，在集中支付系统改革之初，为了降低改革的阻力，将集中支付系统运作起来，财政部门对授权支付方式的管理和控制不严格，没有硬性的制度对支付方式进行划分。第四，直接支付手续繁杂，所需上报的原始资料多，部分预算单位由于地域距离的影响，为免影响支付效率，不选择采取直接支付形式。
3.与国库集中支付系统相关会计运行中存在的问题
在会计方面，我国国库集中支付系统存在的问题主要包括：一是业务之间的衔接问题，一方面是业务双方之间使用的会计核算软件不同，另一方面是业务上的重复问题，如同一笔支出业务，不同的会计系统都要重复地编制记账凭证。二是会计处理程序的薄弱性。主要表现在，账簿的规范性不强，账簿的查询不够灵活等。三是会计凭证不能批次处理。授权支付凭证处理的附件繁多，每个代理银行的格式和纸式不一样，在整理和装订的时候，给会计工作人员带去了很大的工作量。
1.细化各部门预算
部门预算是国库集中支付的前提和依据，而政府采购、统一岗位津贴、公共支出绩效评价等的改革是国库集中支付系统改革实施的手段和配套措施。为了完善规范基本支出预算，需要不断地完善预算定额标准体系。其主要的措施有：进一步扩大公用经费定额涉及的范围，对公用经费项目的定额标准进行细化，对定额标准的制定方法进一步改革完善。从而保证预算支出更加合理，在执行预算的过程中降低二次审核和追加预算的机率。
2.简化国库集中支付的流程
(1)完善审核责任制。建立完善政府财政部门和预算单位的责任制度，明确相关部门的职责，在工作人员中树立责任观念，将审核责任落实到每一个工作岗位。
(2)简化审核环节。抓住资金的审核关键点，对于次要的审核环节进行简化，将支付流程重新整合，从而在一定程度上避免流程的反复，在资金安全的情况下做到一站式支付。
(3)将日常经费和专项经费的审批分开。鉴于基本经费是根据定员定额的标准进行核算的，不需要进行重复审核，对于预算基本支出，在年初经过财政部门的预算批复之后，国库部门可以直接按照季度批复用款计划。而对于项目支付，沿用现有做法，须经过相关业务部门审核。通过这种做法，不仅能够精简支付的环节，也符合集中支付的便捷原则。
(4)明确支付标准。细化规定划分直接支付和授权支付的标准、范畴、项目，规范预算单位选择支付的方式，省略一些国库支付审核环节，使支付流程更加简捷化。
(5)创建无纸化公平台。纸质凭证传递效率的低下直接影响网络支付的高效运行，降低了政府财政的工作效率。在信息技术已经能够实现安全电子签章的情况下，国库集中支付系统可以建立一个安全高效的电子支付系统，创建无纸化办公平台。
3.规范政府财政和代理银行之间的服务关系
(1)在代理银行协议中，添加代理银行的监督责任，并使其具有可操作性。如在界定违规资金划转方面要更加详尽，明确哪些资金的划转，代理银行可以拒付，哪些资金的划转需要经过财政部门的批准等等。
(2)制定详细合理的代理银行垫支资金计息办法，对支付资金的审核需要更加的严格。一方面便于预算单位对资金的使用，另一方面增加代理银行的利益收入。
(3)代理银行的服务手续费要合理，同时可以将工作人员的薪酬和代理银行的业务直接挂钩，这样才能够很大程度上调动银行员工的积极性，提高银行的服务水平。
(4)完善代理银行集中支付业务的考核评价制度，通过对代理银行的责权进行综合考核，有效提高银行的服务水平。
4.完善国库管理体制
(1)强化财政部门对国库业务的单独管理，通过在中央银行设立账户，对每日的收支进行单独的结算，督促财政部门和银行各司其职，做好国库管理工作。
(2)建立健全法律，规范国库管理。为了保障国库集中支付系统改革，需要加快相应的法律法规的制定和修改，健全财政制度，从法律上对财政部门和预算部门的权责进行明确的界定。
(3)规范程序性的国库制度。对收入收缴，支出支付以及国库现金管理和资金清算等制定相应的国库收入管理办法、现金管理办法以及资金清算办法等，从而有效保障国库集中支付系统的顺利运行。
5.规范会计核算制度
(1)健全预算单位会计核算。在进行国库集中支付系统改革中，要充分发挥会计核算工作的作用，明确会计工作的责任，加强会计工作者的责任感，规范会计核算制度，从而有效降低预算单位转嫁财务违规的风险。
(2)统一国库和代理银行的会计账务处理系统，有效防止数据和信息的重复问题。
(3)简化国库集中支付会计凭证。一是设立直接支付生成记账凭证的多借一贷功能，做到一笔支出生成一张凭证的同时，也能实现多笔支出生成一张凭证，从而有效降低生成和打印记账凭证的工作。二是在目前的网络系统下，只需要报送必备的纸质信息，其他信息通过互联网传递即可，大幅度减少核对与整理会计原始凭证附件的工作。