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合法性审查原则是指行政复议机关严格依照法律、法规的规定，对引起争议的具体行政行为的事实认定、法律适用、权限、程序等问题进行审查，对据以作出具体行政行为的规章以下抽象行政行为进行审查，并作出决定的行政复议原则。
(一)合法性审查是行政法治原则的题中之意。行政法治原则要求行政行为必须具有法律依据，并且符合法律要求，其核心表现是行政行为必须接受审查。行政复议机关对行政行为进行合法性审查，并根据审查结果作出行政复议决定，正是行政法治原则的内在要求。
(二)合法性审查是实现行政复议功能的必然要求。行政复议具有行政救济和内部监督的功能，行政复议机关对行政行为进行合法性审查，对违反法律、法规的行政行为，可以依法作出撤销或者确认违法的行政复议决定，从而起到救济行政相对人，并实现行政内部监督的作用。
(三)合法性审查是促进依法行政的有力措施。行政复议机关通过对行政行为是否符合法律、法规的要求进行审查，可以发现行政机关在行政执法、甚至行政立法方面存在的一些问题，通过行政复议决定、意见书、建议书等形式予以指出，以促进行政机关依法行政水平。
《宪法》第八十九条规定了国务院的职权，其中包括改变或者撤销各部、各委员会发布的不适当的命令、指示和规章；改变或者撤销地方各级国家行政机关的不适当的决定和命令。《宪法》第一百零八条规定：“县级以上的地方各级人民政府领导所属各工作部门和下级人民政府的工作，有权改变或者撤销所属各工作部门和下级人民政府的不适当的决定。”不适当，当然包括违法，违法应当理解为严重的不适当。这些规定是行政复议机关有权进行合法性审查的宪法依据，这些内容在国务院组织法和地方人民代表大会和地方人民政府组织法中得到进一步落实。
《行政复议法》第一条明确规定：“为了防止和纠正违法的或者不当的具体行政行为，保护公民、法人和其他组织的合法权益，保障和监督行政机关依法行使职权，根据宪法，制定本法。”第四条规定：“行政复议机关履行行政复议职责，应当遵循合法、公正、公开、及时、便民的原则，坚持有错必纠，保障法律、法规的正确实施。”这是《行政复议法》总则部分对合法性审查原则提出的明确要求。《行政复议法》第二十八条规定，对认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的具体行政行为，决定维持；对主要事实不清、证据不足，或者适用依据错误，或者违反法定程序，或者超越或者滥用职权的具体行政行为，决定撤销或者确认违法。《行政复议法实施条例》第四十三条、第四十五条规定了类似的内容。
具体行政行为必须具备相应的“事实要件”才能成立，而不允许行政机关及其工作人员仅凭自己的主观想象，对当事人限制权利或科以义务。行政复议的合法性审查首先要审查具体行政行为是否具备起码的事实要件，即进行事实审。而事实审的主要对象，就是被申请人作出具体行政行为的证据，即证明行政案件情况的事实材料。和其他证据一样，行政复议证据也必须具备证据的3大特征：必须是客观存在的事实，必须是与案件有关联的事实，必须是依法提取的材料或事实，即通常所说的“客观性”、“相关性”和“合法性”。
法律是具体行政行为合法的依据。行政权虽大，但绝不允许大于体现人民意志的宪法和法律；行政权所及的范围虽广，但绝不允许超出宪法和法律的范围。这里的法律是广义的，包括法律、法规、规章以及其他规范性文件。行政机关必须依据法律实施具体行政行为，适用法律是否正确是具体行政行为合法的核心。
“重实体，轻程序”是我国传统法制中一大缺陷。行政行为的合法性本身包含着程序合法的要求。行政程序作为一种预定的行为约束机制，可以使行政主体在行使行政权时拥有一个公正合理的选择机会，从而使行政权的运作更加接近法律的目的。行政机关作出具体行政行为应当遵守的行政程序通常有下列几项：1．登记立案；2．调查取证；3．处理；4．制作处理决定书并在决定书中告知行政复议权；5．送达。行政机关违反法定程序的行为也是违法行为，行政复议机关应予以纠正。
这是审查行政机关主体资格是否合法。审查行政机关主体资格，看其是否是法律、法规、规章规定的管理某项行政工作的主管机关；是否有法律、法规、规章赋予相应的处理权和处罚权；行政职权源于行政授权的，看其行政授权是否符合法律法规规定的授权范围、程序等；行政职权源于行政委托的，看其委托行使职权的法律依据、委托的内容、程序是否合法，是否超越了委托权限等。另外，还要审查行政机关及其工作人员对于国家授予的权力是否滥用。