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医疗机构制剂是指医疗机构根据本单位临床需要经批准而配制、自用的固定处方制剂。医疗机构制剂不得上市销售。
医疗机构制剂密切结合临床，易于改进提高，适应性强，能及时满足临床医疗、科研需要。在长期的临床实践中，我国医院药师密切结合临床开发积累了很多临床疗效好的制剂。我国传统的中医药中有一些经验方、保密方疗效显著，在没有开发为新药前，需作为医疗机构制剂使用。从目前医院的实际情况看，医疗机构制剂虽然面临挑战，但也有存在的必要性，在临床医疗上，药师们期望一些长期应用、安全有效、廉价方便的验方、秘方能制成医疗机构制剂应用；在科研教学上，很多都离不开制剂的配合，由于医疗机构制剂灵活多变的生产模式，有利于配合临床开发和研究新制剂、设计新制剂和工艺改进、开展药剂稳定性研究；在教育方面，医疗机构制剂具有多品种、多剂型、小批量生产和反复配置的特点，便于院校学生了解和参与制剂及质量检验工作，从而达到实习效果；在医院评级中，医疗机构制剂是评价的重要指标，同时也是医院药学人员提高技术素质的基地之一；在市场补充方面，一些性质不稳定、效期短、销量少和利润低的药品，制药厂不愿生产和难生产，所以不能满足临床医疗、科研需要，这种供需矛盾，只能通过医疗机构药剂来解决。
现行政策规定，医疗机构制剂实行“保本微利”的定价原则。具体体现在以下方面。
1．保证医院(制剂室)能够弥补合理生产成本支出并获得合理利润
由于医药市场是一个信息不对称的市场，加之目前医院仍垄断着药品零售市场，为避免医院凭借垄断地位获得超额利润，加重患者经济负担，必须对制剂的利润水平加以适当限制，以保持合理水平。国家现行药品价格政策规定，医疗机构制剂零售价格按“保本微利”原则制定，其零售价的成本利润率最高不超过5％。
2．不高于市售同类药品或替代药品的价格
医疗机构制剂作为市售药品的一种补充，其出发点应当是满足临床、科研和教学需要，或者是弥补药品市场暂不能供应或难以满足临床需求。在医药工业迅猛发展和越来越注重资源节约的今天，仍有部分医院制剂室在与制药企业争市场，重复生产市场能够满足需要的药品。这既不符合药品管理法的规定，又造成了社会资源的浪费。对此，必须在价格上予以限制，使这类制剂的实际零售价格显著低于市售同类药品或替代药品的零售价格，迫使医院制剂室放弃生产这类药品，以节约社会资源。
3．鼓励新制剂的研制开发
为引导、鼓励医院制剂室发挥信息密集、快速流动和临床验证敏捷等独特优势，努力开发新剂型、新制剂，对医院制剂室以现代科学方法研制出来的生物利用度高、疗效好、毒副作用小、便于服用和保存的新制剂，要参照药品新药价格政策给予支持，以带动制剂整体水平的进一步提高。
4．保持合理比价
同一医院及同一市场(区域)不同医院生产的同一种制剂的不同剂型、规格和包装之间，要以单位有效成份的价格为基础，保持合理的比价关系。
5．鼓励有针对性的个体药物配制
为了鼓励医院制剂室向给药方案个体化方向发展，充分发挥医疗机构制剂紧贴临床的优势，对医院制剂室根据临床治疗需要专门针对个别病例配制的制剂，可实行价格报告制度。即允许医院按照规定的利润率自主确定此类制剂的零售价格，并报其价格主管部门备案。
从目前大多数医疗机构制剂室的现状来看，基本上都是生产型的，然而由于《药品管理法》明确指出医院配制的自制制剂不得在市场上销售这一限制，决定了制剂室不能象药厂那样靠扩大销售求得生存和发展空间。．根据目前制剂生产现状，笔者认为以下几方面可能是医疗机构制剂部门以后发展的趋势。
1.医院制剂将继续存在
医院制剂不能继续扩大，但根据我国国情也不能立即取消。为了更好地服务于病人，满足临床需求，填补工业药品制剂供应的空白，医院制剂将作为一个医院药学部不可或缺的组成部分长期存在。但必须加强软硬件建设，提高从业人员素质，严格执行GMP、GPP，依照《药品管理法》开展工作。
2.缩小制剂规模，减少制剂品种，突出特色
在利益驱动下，许多医院制剂室盲目扩大生产，造成生产品种、规格和正规药厂重复，但又无法形成规模效应，使得制剂生产成本居高不下，医院不得不实行保护性销售，扰乱了市场秩序。随着国家监管力度的加大，医院制剂必须缩小规模，停止生产和正规药厂重复的制剂。转产本院自己开发的科技含量高、效益好的特色制剂(如中药制剂)和市场没有供应的制剂，并尽快将有潜力的医院制剂开发成新药，以形成新的利益增长点，获得较好的经济效益和社会效益。
3.加强制剂与临床科研的配合协作
医疗机构制剂的重要任务之一就是为配合临床科研提供试验药品。搞医疗机构制剂的有关人员应学会主动出击，平时注重为临床医师提供丰富多彩的医药信息资源，帮助他们结合临床实际确定研究项目。国内许多著名制剂如三九皮炎平、三九胃泰、壮骨关节丸等就是由医疗机构制剂发展成为有一定知名度的国字号药品。当今药物制剂的剂型已发展了缓释剂、靶向制剂、泵制剂等，这些制剂具有高效、低毒、定性、定向、恒速等优点，是我们研究开发新剂型的发展方向。在实践中应充分运用现代药剂学新理论、新技术、新科技，开发新制剂、新剂型以满足临床科研需要。中医中药是祖国的传统医药瑰宝，深受广大医患人员的欢迎。我国中药有丰富的自然资料，中药新制剂开发也是一个值得研究的课题，对在民间有一定影响、实践证明疗效确切，副作用小的协定方、古方、验方、秘方等进行挖掘整理，开发利用。制备过程中采用新技术、新方法，剂型上要改革以往以粗、大的糖浆合剂为主的陈旧模式，发展方便患者用药的颗粒型、胶囊剂等，并改变内外包装，树立中药制剂的良好形象，这一工作开展得好，不仅能产生良好的社会效益，同时也能给医疗机构制剂带来显著的经济效益。