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农业补贴是一国政府对本国农业支持与保护政策体系中最主要、最常用的政策工具，是政府对农业生产、流通和贸易进行的转移支付。目前，农业补贴在引导资源流向农业部门、调节收入分配，减少城乡收入差距、增加就业、促进工农协调发展和保护生态环境、促进经济可持续发展等方面都发挥了积极的效应。
农业补贴作为针对农业生产和农民的激励措施，其背后存在各种理论依据，支持农业补贴的理论依据主要有：
(一)公共财政理论
在市场上，具有外部性的产品在供给调节上存在失灵，必须由政府进行干预才能解决这一问题。农业不同于一般产业，也不是一个纯粹的经济要素，其本质是公共产品。农村基础设施、农民的技术培训和农业科研创新等方面在农业发展中具有重要作用，它们具有明显的正外部性，但这些领域存在市场失灵和搭便车行为。因此，客观上要求全社会补偿农业，使农业正外部性“内化”。具体做法有：通过政府的干预，一方面通过政策手段从社会上其他人所得的收益中拿出一部分来补偿农民的损失，将农业社会效益、生态效益和农业经济效益的差额返给农业；另一方面充当制度供给者、环境营造者和主要投资者的角色，促进农业的健康发展。
(二)非均衡理论
按照非均衡理论，国民经济的发展是不平衡的，出现越早的产业，比较利益就越低，而生产较晚的产业，其比较利益就越高。农业作为一个“母亲产业”，是人类最早的产业之一，这就造成了其比较利益的低下。农业部门的比较效益低下，因此缺乏对逐利资本的吸引力，而且难以阻止农业内部各种要素资源向非农产业流动，致使农业缺乏竞争力，最终导致农业的萎缩。在20世纪90年代，农村劳动力的大幅度转移、农业投资的减少、土地的荒废等现象告诉我们，在没有扶持政策的情况下，农业比较利益低这一特点决定了农业无法作为一个平等的成员参与市场竞争。因此，只有政府补偿农户市场所不能弥补的收人机会成本，才能把部分农户留在土地上，减少农民无休止地由于农业缺陷而弃农从工、弃农从商，甚至撂荒，才能稳定农业，保障农产品的正常供给和粮食安全。
(三)土地资源价值全面实现论
现代经济学认为，稀缺性是价值形成的前提，效用是价值形成的源泉，效用和财富的稀缺性相结合而形成的边际效用是价值形成的条件，也是价值的尺度，它决定了价值量的大小。土地资源有价值，其价值取决于土地资源的效用，价值量则由土地资源的边际效用决定，并服从边际效用递减规律。当土地资源无限供给时，其边际效用为零，其价值为零，当土地资源日益稀缺时，土地的价值就越来越大。在当代，土地效用多元化，已不仅仅是经济价值所能概括的，同时还包括生态价值、社会价值和文化价值等。土地资源的经济价值是指土地用于农业生产所获得的农产品的价值；生态价值是指土地及其上的生物构成的生态系统所具有的调节气候、净化环境、维持生物多样性等方面的价值；社会价值是指经济价值和生态价值等转化为社会功能的间接价值，以及人们考虑到土地利用一定程度的不可逆性及未来对土地需求的不确定性而愿意支付的价值，主要包括保障粮食安全、维护社会稳定、提供就业和收入保障(代内公平)、推动人类可持续发展(代际公平)等方面的价值；文化价值是指土地本身构成的自然和人文综合景观带给人们的休闲、审美和教育的价值，以及维护原有乡村生活形态、保留农村文化多样性遗产、传承传统历史文化的价值。
长期以来，我国农民的土地收益只是土地经济价值的一部分，生态价值、社会价值和文化价值没有得到实现，因此，农业补贴虽表现为政府对农民的转移支付，但实质上不是对农民的恩赐，也不是偿还历史的欠账，而是农民作为集体土地最终所有者的应得，是土地资源价值的各个组成部分在经济上的实现。在这种认识下，农业补贴政策的执行，有助于保障农民的合法权益，稳定增加农民的收入；有利于合理高效和可持续地利用土地资源，从而达到保护耕地的目的。
(四)农业的弱质性
导致农业的弱质的原因在于农业承受着自然风险和市场风险双重影响。农业生产过程是自然再生产过程和经济再生产的统一。一方面，农业生产可能会遭遇各种自然灾害，诸如洪涝、干旱、沙尘暴、病毒害和瘟疫等灾害，生产产品的情况在很大程度上依赖于自然条件，具有很大的不确定性。外部自然环境条件的不可预测性与不确定性，直接决定与影响到农业生产经营效率的高低。我国是世界上自然灾害最严重的国家之一，而农业生产物质基础薄弱，抗御自然灾害的素质低下，各种突发性的自然灾害往往给农业生产造成巨大的经济损失；在各种自然灾害中，水灾与旱灾对我国农业造成的效率损失大致在80以上，我国粮食生产每年因水灾而减产约89亿公斤，因旱灾而减产约100亿公斤。
另一方面，农业生产经营在现代市场经济条件下面临着纷繁复杂的市场风险。在传统社会，农业生产经营几乎感受不到来自市场的风险；但是在市场条件下，特别是中国加入WTO之后，农业生产与经营面临各种市场经济的机遇和挑战。我国的农业生产具有小规模分散经营、缺乏专业化分工和生产要素投人少、生产效率低等特点。在我国告别农产品短缺时代，实现总量基本平衡、丰年有余的新阶段以后，谷贱伤农的现象屡见不鲜。农产品缺乏需求弹性，同时，农产品供给具有刚性，导致农产品丰收时，其价格下降，严重影响了农民农业经营的积极性。市场风险成为广大农民利益的一个巨大威胁，这与小农经营的天然局限性、农民的市场经营能力低、市场交易的体系和规则不规范、农民很难有效获取和利用市场信息等因素有关，同时也与政府缺乏应对农业生产过剩的经验和控制风险的政策体系有关。
(五)农业的多功能性
农业的多元价值主要体现为经济功能、生态功能、就业与保障功能、文化传承功能。E7185-90从经济的角度来看，农业是国民经济的基础，为人类提供食品、工业提供原料和资金积累；从文化角度来看，农业文化是传统文化的基础、是民族文化的根和源头，人类生活方式、行为方式和生产方式几乎都能从古老的农业中找到根源；从政治角度来看，农业是社会政治稳定的基础，也是农民发展的依托；从环境生态的角度来看，农业具有维持生态系统、涵养水源、保护土壤、保护生物的多样性的功能。农业的多功能性决定了政府应重视构筑农业产业体系间各个环节的互动，而非传统的单一的农业的经济功能。由于农业再生产的实现问题，基本上不能通过市场竞争在物质上和价值上得到补偿，因此，国家和社会必须给农业必要的保护与支持，以增强农业生态再生产的自生能力和自净能力。
以上分析是从社会学的角度对农业补贴的合理性所做的分析。国外经济学家则存在不同的观点，新古典主义认为农业补贴扭曲了市场价格，提供错误的价格信息，误导生产者，因此应该取消农业补贴。贸易保护主义则认为自由贸易虽然有利于发达国家，但不利于发展中国家。新自由主义和新货币主义则认为对农业进行补贴是必须的，但不应该补贴生产者，而应补贴消费者。尽管在农业保护与支持方面存在很大的分歧，但各国政府都想方设法增加本国的农业补贴，以确保本国农业不受国际贸易的冲击，保护本国农业和农业生产者的利益。
农业补贴方式与农业补贴政策的目标直接相联。由于农业补贴政策的目标不尽相同，农业补贴方式也就不尽相同。一般来讲，农业补贴的方式基本上有三种。
方式一：投入补贴，即农业补贴是补在农业投入上。这种方式的最典型表现是农用生产资料价格补贴，即政府以较低的价格向农民出售化肥、农药、农业机械、柴油、塑料薄膜、电力等。另外，贷款贴息补贴、小型农田水利及水土保持补助等，也都属于这种方式。这种补贴方式的直接效果是，降低了农业投入物的成本，因而能鼓励农民多购买和使用化肥等投入物，提高农业投入水平，促进农业生产发展因此．当农业补贴政策的目标是鼓励农民增加投入．促进农业生产发展时，就应当采用这种补贴方式
方式二：产出补贴，即农业补贴是补在农业产出上这种方式的最典型表现就是农产品价格补贴，即政府以高于市场价格水平的价格从农民手中采购农产品．政府的采购价格与市场均衡价格的差额，就构成了农业补贴这种补贴的直接效果是．提高了农产品的价格，因而能直接增加农民的收入，同时也能刺激农民增加产出，以从价格差额中获得更多的补贴收入。所以，产出补贴兼有提高农民收入和增加农产品产量的双重功效当农业补贴政策的目标主要是稳定和增加农民的收入时，就应该采用这种补贴方式。
方式三：直接补贴．即农业补贴是直接补贴给农民。投入补贴和产出补贴，虽然其最终受益者都是农民，但农民对这些收益的获得必须通过购买生产资料和出售产品来实现．一个自给自足的农民是无法得到这些补贴的也就是说，投入补贴和产出补贴这两种政府的转移性支付都是通过市场传递给农民的。囤此，投入补贴和产出补贴都是间接补贴方式。如果政府的农业补贴不是通过市场，而是直接支付给农民，则构成了农业补贴的直接方式。直接补贴方式的效果是能够直接增加农民的收入。当农业补贴政策的目标仅仅在于增加农民收入，或在增加农民收入的同时还要限制农产品生产时，则可选择这种补贴方式。农业补贴方式的内容及特征表明，选择什么样的补贴方式．完全取决于农业补贴政策的目标保持农业补贴方式与农业补贴政策目标之间的一致性，对于充分实现农业补贴的效能是十分重要的。