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内部审计控制是指由单位内部审计部门所进行的控制。内部审计控制是内部控制的一个组成部分。其主要作用是对单位内部的各种经济活动、管理制度是否合规、合理及有效进行独立的评价，以确定既定的政策和程序是否贯彻、建立的标准是否遵循、资源的利用是否合理有效，以及单位的目标是否达到等。从这个意义上说，内部审计控制是对其他内部控制所进行的再控制。
目前，内部审计部门存在着三种隶属关系，也可以说是三种组织结构的设置方式或控制方式：
1、内部审计部门直接受本公司董事会下设的审计委员会或监事会的领导，内部审计人员不受企业经营业务部门和有关职能管理部门的约束而独立性最高。
2、内部审计部门受企业总经理的领导，独立性有所减弱但操作中更为有效。
3、内部审计部门受本企业财务总监的领导，独立性为三者之中最弱。
通常情况下，内部审计部门直属领导的层次越高，内部审计的独立性就越强，权威性也会越大。我国企业中，目前比较普遍采用的是第二种方式的领导体制。
1、保持审计的独立性。内部审计控制在实施过程中，最关键也是最困难的是进行独立的控制。
2、保持审计监督的及时性，与外部审计控制形成互补之势；
3、加强对子公司和下属部门的审计监督。这是内部审计的重点。