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公债持有人结构是指各种不同类型的公债持有人所持有的公债在公债总额中所占的比重。
一般来说，公债持有人结构应当与资金流量及金融资产的分布相适应。生产性企业通常是资金的需求者，没有过多的闲置资金，因此不可能过多地持有政府债券。政府部门和其他非生产部门的开支由国家预算安排，不存在购买中长期政府债券的资金，不可能成为政府债券的主要持有者。作为证券市场中介的金融机构，尽管其有大量资金可以用于分销和买卖政府债券，但其资本结构的限制使其难以长期持有政府债券。个人和机构投资者具有大量结余资金，是政府债券的主要持有者，其中养老基金等机构投资者是政府长期债券的主要持有人。银行自有资金有限，但银行可以吸收存款，所以具有购买政府债券的能力，并且由于中央银行进行公开市场业务操作，政府债券是风险低而流动性高的资产，因此银行也具有购买政府债券的内在动力。
发达国家政府债券的主要持有者是各种机构投资者，如养老保险基金、各种投资基金、银行等，此外还包括一些个人投资者和外国投资者。以机构为主的持有人结构有以下优点：
①机构投资者资金实力雄厚，但数量远远小于个人投资者，因此有利于减少公债的销售环节，降低发行成本；
②养老保险基金等机构投资者倾向于长期持有公债，有利于长期公债的发行和债券市场的稳定，而各种拥有不同风险偏好的投资基金持有公债进行资产管理和风险管理，有利于不同期限公债品种的发行；
③银行持有公债可以为中央银行实行公开市场业务操作创造有利条件。
我国公债持有人结构的特点是个人、银行和金融机构持有多，基金持有少，外国机构和个人基本不持有国内公债。这样的公债结构是由我国现阶段金融市场的状况所决定的。随着我国经济的进一步发展和金融市场的不断完善，大力发展以基金为主的机构投资者，是改善公债持有人结构的重要方向。