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入境船舶报检是指在入境船舶抵港前，依据船舶负责人或其代理人提交的申请和预报资料预先进行的检查。
入境船舶报检范围包括所有入境的国际航行船舶以及来自动植物疫区的国际航行船舶。所有的入境船舶都必须实施卫生检疫;来自疫区的船舶入境时，无论是否装载动植物、动植物产品和其他检疫物，都必须在口岸进行动植物检疫。
(1)船方或其代理人应当在船舶预计抵达口岸24小时前向入境口岸检验检疫机构申报。
(2)受入境的船舶，在航行中发现检疫传染病(鼠疫、霍乱、黄热病)、疑似检疫传染病，或者有人非因意外伤害而死亡且死因不明的，船方必须立即向入境口岸检验检疫机构报告。
(3)受入境检疫的船舶，按规定悬挂检疫信号，在发给入境检疫证之前，不得降下检疫信号。
白天:悬挂“Q”字旗，表示没有染疫，请发给入境检疫证;悬挂“QQ”字旗，表示本船有染疫或有染疫嫌疑，请即刻实施检疫;
夜间:悬挂红灯三盏，表示没有染疫，请发给入境检疫证;悬挂红红白红四盏灯，表示本船有染疫或有染疫嫌疑;请即刻实施检疫。
(4)检疫地点必须在最先到达的国(地区)境口岸的检疫锚地或者经检验检疫机构同意的指定地点实施。
(1)锚地检疫。对有下列情况之一的船舶，应实施锚地检疫:来自检疫传染病疫区的;有检疫传染病病人、疑似传染病病人或者有人非意外伤害而死亡且死因不明的;发现有啮齿动物异常死亡的;未持有有效《除鼠证书/免予除鼠证书》的;没有申请随船检疫、靠泊检疫或电讯检疫的;装载活动物的。
(2)随船检疫。对旅游船、军事船、要人访问所乘船舶等特殊船舶以及遇到有特殊情况的船舶，如船上有病人需要救治，特殊物资急需装卸、船舶急需抢修等，经船方或者代理人申请，可以实施随船检疫。
(3)靠泊检疫。对未持有我国检验检疫机构签发的有效《交通工具卫生证书》，并且没有应实施锚地检疫所列情况或者因天气、潮水等原因无法实施锚地检疫的船舶，经船方或者代理人申请，可以实施靠泊检疫。
(4)电讯检疫。对持有我国检验检疫机构签发的有效《交通工具卫生证书》，并且没有应实施锚地检疫所列情况的船舶，经船方或者代理人申请，可以实施电讯检疫。
电讯检疫必须是持有有效《交通工具卫生证书》的国际航行船舶在抵港前24小时，通过船舶公司或船舶代理向港口或锚地所在的检验检疫机构以电报形式报告。电报内容包括:
船名、国籍;预定到达港口或检疫锚地的日期和时间;发航港，最后寄港、驶离日期;船员人数、旅客人数、健康状况;交通工具卫生证书编号、签发日期、签发港;除鼠证书/免予除鼠证书的签发日期、签发港;食品、饮用水、压舱水装载日期、签发港和数量;货物、集装箱种类、数量及装载港和日期;其他必须说明的问题。
检验检疫机构实施检疫的情况如下:
(1)实施卫生除害处理。
(2)实施各地与就地诊验。对船上的检疫传染病染疫人应当实施隔离，对染疫嫌疑人实施不超过该检疫传染病潜伏期的留验或者就地诊验。
(3)实施退回与销毁。对船上的染疫动物实施退回或者扑杀、销毁，对可能被传染的动物实施隔离。发现禁止进境的动植物、动植物产品和其他检疫物的，必须作封存或者销毁处理。
(4)对来自疫区且国家明确规定应当实施卫生除害处理的压舱水需要排放的，应当在排放前实施相应的卫生除害处理。对船上的生活垃圾、泔水、动植物性废弃物，应当放置于密封有盖的容器中，在卸载前应当实施必要的卫生除害处理。
(5)实施隔离与检疫。对船上的伴侣动物，船方应当在指定区域隔离，确实需要带离船舶的伴侣动物、船用动植物及其产品，按照有关检疫规定处理。
检验检疫机构对经检疫判定没有染疫的入境船舶，签发《船舶入境卫生检疫证》;对经检疫判定染疫、染疫嫌疑或者来自传染病疫区应当实施卫生除害处理的或者有其他限制事项的入境船舶，在实施相应的卫生除害处理或者注明应当接受的卫生除害处理事项后，签发《船舶入境检疫证》;对来自动植物疫区经检疫判定合格的船舶，应船舶负责人或者其代理人要求签发《运输工具检疫证书》;对须实施卫生除害处理的，应当向船方出具《检验检疫处理通知书》，并在处理合格后，应船方要求签发《运输工具检疫处理证书》。