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电讯检疫是国际上通用的一种简化手续的检疫方式：在公海上航行的船舶通过电讯申请并报告规定的内容，使目的港的出入境检验检疫机构掌握船舶的卫生状况和船员、旅客的健康情况，在没有染疫的情况下，经出入境检验检疫机构同意，可不经过锚地检疫，直接进港靠泊进行装卸作业。
船方或代理向港口所在地的出入境检验检疫机构申请办理船舶卫生证书，出入境检验检疫机构根据船方申请派检疫医师登船对船上的环境卫生、食品卫生、媒介生物控制、急救设备和消毒、杀虫、灭鼠药品等情况进行全面检查，并根据评分标准综合评价，对符合要求的船舶，签发船舶卫生证书，同时给予我国特定的船舶电讯检疫编号；持有上述卫生证书的船舶方可申请电讯检疫，该证书有效期为一年，自签发之日起生效。
a.国际航行的中外船舶，必须持有有效的中华人民共和国出入境检验检疫机关签发的《船舶卫生证书》；
b.来自非检疫传染病疫区和港口；
c.本航次未发生过疑似检疫传染病症状的病人；船上未载有死因不明的尸体；.
d.船上未发现过鼠类反常死亡；
e.具备有效的国际航行检疫证件；
f.船上必须具有必要的电讯设备。
实施电讯检疫的船舶，在抵港前24小时内，通过港务管理机关和外轮代理公司向港口出入境检验检疫机关报告下列内容：
a.船名、国籍、船员和旅客人数、离开最后寄港的港口、日期，预计到港时间；
b.船上有无病人以及主要症状；
c.除鼠或免予除鼠证书的签发日期，签发港，预防接种证书是否有效，船舶卫生证书的编号及签发日期；
d.舱舶装载货物种类、装载港；
e.压舱水的数量、装载港及日期。
A.船方通过代理以电报方式向检疫机关提出申请，代理根据电报资料填写《电讯检疫申请书》，在船舶抵达检疫锚地前24小时送交检疫机关，并附船方电报。
B.经审核符合电讯检疫条件的入境船舶，代理接到检疫机关的批复后，应及时通知船方，可以降下检疫信号，抵港后可以直接靠泊作业。但在港期间如需排放压舱水、卸下废旧物料、生活垃圾等物品，应向检疫机关申报，经必须的卫生处理和检疫机关许可后方可卸下。在电讯检疫船舶靠泊后，船舶代理应及时将有关单证资料送交检疫机关办理入境检疫手续。
C.对于不符合实施电讯检疫条件的入境船舶，必须按照有关法律、法规登轮办理船舶入境手续；
船舶代理部门按《实施电讯卫生检疫的规定》的第四条内容代理船方填写船舶入境的 "电讯卫生检疫申请书"并传递给检验检疫机关， 检验检疫机关工作人员根据申报的内容依法和有关规定作出在锚地、靠泊或随船卫生检疫的决定和处理意见及时通知船舶代理部门，并将所有资料输入电脑，原始资料存档。
1.入境船舶在锚地实施卫生检疫的，开展以下工作
（l）询问船员健康状况，要求船方提供船员名单，并审核船员和名单是否相符。
（2）审查船舶的"航海健康申报书.、 "除鼠证书或免予除鼠证书"等有关证件。
（4）由船方陪同对船舶进行现场卫生学、流行病学监测调查，填写工作记录和检查意见。
（5）确定卫生处理方案和要求。提交船方办理书面申请后，检验检疫机关予以实施卫生处理。
（6）经卫生检疫或卫生处理后，鉴发船舶入境卫生检疫证书及有关证件，卫生检疫完毕。船舶降下检疫信号。
2.入境船舶靠泊位办理卫生检疫手续并接受卫生监督的，开展以下工作
（1）核实船舶入境前电讯申报的《实施电讯卫生检疫的规定》第四条的内容。
（2）检查船舶航海日志，确定船舶不是来自疫区或经停疫区装卸过货物。
（3）检查船员名单,询问船员健康状况，排除船上有传染病病人、 疑似传染病病人或有非意外伤害而死亡并死因不明的尸体。
（4）向船方索取货物舱单、集装箱提单等资料。
（5）由船方陪同对船舶进行卫生监督，发现问题即刻实施处理，并填写卫生监督记录。
（6）签发船舶入境卫生检疫证书及有关证件。靠泊卫生检疫完毕，船舶降下检疫信号。
3.随入境船舶实施卫生检疫的情况有
（1）特殊情况，如特殊物资的急需装卸，病人的救治等；
（2）特殊原因，如自然气候的变化，船舶的抢修等；
（3）特种船舶，如旅游船、军事舰船、要人访问所乘船舶等
卫生检疫人员与领航员或单独在指定的水域上船，随船办理法定手续，随船卫生检疫程序依照锚地卫生检疫程序办理。
4.持有《船舶卫生证书》的船舶， 入境前通过代理部门电讯报告《实施电讯卫生检疫的规定》第五条（一）至（六）款的内容，符合规定的，准许进港，入境检验检疫完毕。在此前后，卫生检疫工作人员要进行以下工作：
（1）核对《船舶卫生证书》的签发港、签发日期等有关内容（电脑联网的，可通过电脑核实，尚未联网的核其证书的复印件）；
（2）审核代理部门递交的船舶《航海健康申报书》、《除鼠证书或免予除鼠证书》等有关证书的复印件；
（3）审核船员名单及船员预防接种等情况；
（4）收取货物舱单、集装箱提单等；
（5）核办船舶入境手续；
（6）进行常规的卫生监督。
5.开展电讯卫生检疫工作中，有的船舶申请办理《船舶卫生证书》，出入境检验检疫局根据国家局相关规定执行。