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借差行是指专业银行各级行(处)在一定时点上，剔除代理人民银行存、贷款和缴存人民银行财政性存款以及按一定比例缴存准备金后，全部资金来源大于全部资金运用的差额的银行。
自1987年，信贷资金管理办法实行计划与资金分并以后，随着人民银行对专业银行再贷款机制的几经变化，目前专业银行对其基层行处一般不再下分借款限额指标，主要通过人民银行一、二级分行进行短期贷款解决。因此分，总省行对下举行实拨资金主要分年度性资金和专项资金，以及临时拆借资金，在资金清算上采用统一算帐，抵缴抵拨的清算方式，分为动帐又动钱或动帐不动钱的两种帐务处理形式。上级行下拨计划或专款资金时，其会计分录是：
(借)人民银行往来××存款户
(贷)信贷资金调拨——××行户
如果统计资金头寸，该基层行处为欠缴上级行资金，则可抵缴抵拨解决：其会计分录为：
(借)联行往帐——行户
(贷)信贷资金调拨一××行户
当下级行收到上级行实拨来资金时，表现为增加在人民银行收到上级行实拨来资金时，会计分录为：
(借)信贷资金调拨——上级行户
(贷)人民银行往来——存款户
如果是通过系统内联行抵缴抵拨，则会计分录为：
(借)信贷资金调拨——上级行户
(贷)联行来帐——××行户
理论上讲，在市场经济特别是金融市场高度发达的国家中，不应该存在所谓“存差行”和“借差行”的概念。因为大家都是有多少存款、放多少贷款(扣除法定存款准备金和超额储备之后)，所以都应该是存差行。即使有“借差行”，它也是在一个国家的某个特定阶段存在的一种普遍现象，例如在日本经济高速增长时期，大家都靠向中央银行借款过日子；要么它就是个别银行的不良行为。在我国，之所以国有商业银行的一些分支机构成为存差行，另一些分支机构成为借差行的主要原因有如下几点。
(1)按行政区划设置金融机构和划分业务跨度。现实生活中的人民银行和国有商业银行都是按照行政区域设置分支机构，而且按照行政区划的管辖范围划分业务跨度。人民银行的分支机构只能管理所在行政区内政府所辖范围内的金融机构，国有商业银行分支机构只能对在上述相同范围内注册登记的法人办理存、贷、汇等金融业务。由于商业银行的金融产品在空间移动上的局限性，使得居民个人的储蓄存款也较少跨越行政区域。因为企业及其对资金的需求在各个行政区域内不可能均衡，社会闲散资金在各个行政区域内也不可能均衡，所以，当这两个不同的函数的变量被行政区划人为地放在一起时，就必然会出现存差地区和借差地区，而且随着行政级别的下降，行政区域越小，这种差别会越大。很自然，如果不考虑其他因素，除个别国有商业银行分支机构外，在存差地区的分支机构就大都成为存差行，在借差地区的分支机构就大多成为借差行。这种格局并非是现在形成的，它起源于“大一统”的银行时代。
(2)地区经济发展的不平衡与平衡发展要求的矛盾。我国地大物博，但人口、自然资源分布得很不均衡，生态环境、产业结构和经济发展水平在各个地区差别很大。地区经济发展的不平衡在任何时代、任何国家、任何地区都客观存在，只不过地区和地区之间“十年河东、十年河西”而已。但是，如何解决地区发展不平衡却存在两种不同的选择：一种是主要借助区域优势互补的市场力量，通过资金跨地区流动来带动落后地区的发展；另一种是主要借助政府对经济的干预能力，通过分配资金使得落后地区具有更快发展的能力。且不论两者哪个效果更好，问题是我们在财政已经不具备大规模进行转移支付能力的情况下选择了后者，而且在很大程度上是借助分配信贷规模这种手段。经济发达的地区资金来源多，但规模相对分得少；经济欠发达或落后的地区资金来源少，但规模相对分得多，缺口靠中央银行再贷款和银行在地区间同业拆借来解决。但是，这种办法能管住银行(事实上在很多情况下也管不住)，却管不住企业，“人往高处走，水往低处流”，钱往效益高的地方跑。于是，靠分配规模和再贷款指标转移到落后地区的资金又通过企业投资流回了经济发达地区。这样，就形成了存差行总是存差，而且相对存差越来越大；借差行总是借差，而且借差相对越来越大的结果。
(3)金融垄断与不发达的金融市场。金融业务集中在少数国有大银行和间接融资占绝对主导地位是我国金融结构的两个重要特点。如果直接融资比重比较大、金融市场比较规范和发达，受资金供求关系的影响，资金跨地区的横向流动可能会在一定程度上缓解间接融资领域规模与资金的矛盾，相应将存差或借差缩小。但是，在金融市场不发达的情况下，资金在各地区间的横向流动只能主要靠金融机构来完成，而金融垄断又使得这一任务主要落在四大国有商业银行的身上。就这个意义来讲，金融垄断与不发达的金融市场也是存差行与借差行形成的重要原因之一。