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专项资金支出即专项支出，它是指由财政部门、上级单位和其他单位拨入的，指定项目或用途并且需要单独报账的专项资金的实际支出数。
专项自己支出主要包括科研课题经费、挖潜改造资金、科技三项费用等指定项目或用途的专项资金支出。
(一)专款专用
专项资金支出按照指定的用途使用，不得改变用途挪作他用。
(二)按实列报
专项资金支出应以实际支出数列表支出，拨出单位不能以拨作支，用款单位不能以领代报。
(三)单独核算
事业单位收到的拨入专项资金应该存入银行，及时入账，另立明细账户，单独核算。
(四)专项结报
要根据拨款单位的要求，及时报送资金使用情况和事业成果报表。事后，要专项办理报销手续，将余款交回或由用款单位按拨款单位的规定处理。
专项资金支出的核算对象一般以拨款单位指定的科研课题、项目为对象，据以反映和核算在进行研制，试验和推广等过程中所发生的一切费用。其费用分为两部分：一是直接费用，即直接进入有关课题、项目支出明细账的费用；二是间接费用，期终按一定标准分摊记人各课题、项目中去的费用。
专项支出的核算内容，可以根据课题项目的规模，按费用的性质和核算的要求进行分类，设置若干费用项目。其中科研课题的核算内容一般可以分为：
(1)专用业务费：课题等在研制、试验等过程中发生的各种业务费用，如技术资料费、印刷费、会计费。
(2)设备购置费：专门为某课题支出的专项设备等购置费用。
(4)外协费：课题进展过程中与外单位发生的各种协作费用，如有关零件的加工费等。
为了核算各种专项资金的实际支出数，事业单位应该设置“专款支出”账户。该账户属于支出类账户，借方登记单位指定的项目或用途实际开支的料、工等费用，贷方登记专款资金支出收回数。平时，借方余额反映专款支出的累计数。该账户应按专款的项目设置明细账进行明细核算。事业单位按指定的项目或用途开支工料费，借记“专款支出”科目，贷记“银行存款”、“材料”等科目；项目完成，向有关部门单独列报时，借记“拨人专款”科目，贷记“专款支出”科目。
例：某科研单位发生如下业务：
(1)收到上级拨入甲课题经费400000。凭有关凭证填制记账凭证，会计分录为：
借：银行存款 400000
贷：拨入专款——甲课题400000
(2)为研究甲课题，用该课题经费购买专用设备一台，价款200000元，款项已付，设备已交付使用。凭有关凭证填制记账凭证，会计分录为：
借：专款支出——甲课题(购置设备费) 200000
贷：银行存款 200000
同时：借：固定资产 20000
贷：固定基金 200000
(3)该课题领用一批试验用材料，计80000元，凭有关凭证填制记账凭证，会计分录为：
借：专款支出——甲课题(材料动力费) 80000
贷：材料 80000
(4)购买该课题所有的办公用品，计40000元，凭有关凭证填制记账凭证，会计分录为：
借：专款支出——甲课题(其他费用) 40000
贷：银行存款 40000
(5)甲课题研究结束，全部费用为320000元，余款80000元，按规定留给单位使用。结账时，将已完工的专款支出向上级单位报账时：
借：拨入专款——甲课题 320000
贷：专款支出——甲课题 320000
结转余款时：
借：拨入专款——甲课题 80000
(二)项目申报。实施管理不规范
(四)财务控制意识薄弱
(五)专款支出的开支范围不够明确
(六)财政监督不及时．且力度不够
(一)完善专项资金管理机制
1、建立优胜劣态资金导向机制，充分发挥财政性资金的导向作用。
2、建立资金使用的奖惩机制，完善相应的激励与约束机制，鼓励用款单位管好用好专项资金。
(二)强化财务控制意识．明确财务人员的职责
(三)加强财政对专项资金监督检查