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所谓专利管理机关，是指国务院有关主管部门和各省、自治区、直辖市、开放城市、计划单列市和经济特区人民政府设立的专利管理机关。专利管理机关是指有权处理侵权案件的行政机关。
目前，我国专利管理机关所调处的案件主要有四种：①专利申请权纠纷和专利权属纠纷；②专利侵权纠纷；③在发明专利申请公布后或实用新型、外观设计专利申请公告后，在专利权授予前实施发明创新的费用纠纷；④其他可以由专利管理机关调解或处理的纠纷。对于这些案件的调解或处理，专利管理机关有其独具一格的特点。
1.专利管理机关比人民法院处理案件的速度快
涉及专利纠纷的案件大多数都是专业性强、技术含量高、过程复杂的案件，需要专利部门专业判定，许多工作，别的部门无法代替。从这个特性上看，恰好与我国专利管理机关中大多数人都是具有专业技术的情况相符合。当发生专利纠纷时，专利管理机关就可以很方便地组成具有相应专业知识人员的专案组、台议组对其进行查处。因此．一般的专利纠纷案件，专利管理机关只需3—6个月即可调处结束。而现阶段，我国人民法院较缺乏此类专业审判人才，专利纠纷一旦提起诉讼，则很少能在6个月内结案。
2.专利管理机关对专利纠纷的查处更符台中国老百姓的心理
我国普通百姓有“家丑不可外扬”的传统心理使人们对司法诉讼较为谨慎。因此，长期以来的一般争议都在私下解决。从更深一层含义上讲。一些公民和企业不愿。法庭上相见”，主要出于今后双方长期合作考虑而不愿将彼此关系搞僵，他们很希望让专利管理机关出面调处。
3.专利管理机关对专利纠纷的查处所需费用低
在我国，专利管理机关调处专利纠纷案件时，一般采用民事诉讼的简易程序，所以专利管理机关对专利纠纷案件的查处手段、过程等环节就变得更为简洁。这样，可使案件的办案人员在人力、物力、财力资源的投人就相对减少，使办案费用降低。
1.专利管理机关的法律地位不明确
专利管理机关对专利纠纷作出的处理决定，当事人一方不服而向人民法院起诉的专利管理机关是否应该当作行政诉讼被告一方的问题．成为理论界和实务界一直争议的问题．始终没有定论。这对专利保护是极为不利的，在现实生括中已出现了不少专利管理机关对专利纠纷的消极推诿情况。如何解决这一问题?有些学者、专家认为：专利管理机关调处专利纠纷的行为不是具体行政行为，而属于居问“仲裁”性质。因此不应该作为由此产生的行政诉讼的被告；另外一些学者、专家认为：专利管理机关的调处行为属于具体行政行为，当事人不服其处理而到人民法院起诉的，法院应以行政案件立案，以专利管理机关作为行政诉讼的被告。本人认为，对于此问题的解决，不能一刀切．应对专利管理机关的调处行为作具体分析，区别对待。因此．在以后修改专利法时可作如下明文规定：①专利管理机关对冒充专利行为查处、实施强制许可决定以及实施强制许可使用费的裁定。若当事人不服向人民法院起诉的。应以专利管理机关作为行政诉讼的被告；②专利管理机关对专利申请权纠纷、专利权属纠纷、职务发明的奖励费用争议、发明创造的使用费纠纷、专利侵权纠纷等等的查处，当事人不服而向人民法院起诉的，法院应以原争议双方为诉讼当事人．专利管理机关不参加诉讼。
2.专利管理机关的强制措施缺乏力度、手段较弱
我国专利法第六十条规定：“对未经专利权人许可，实施其专利的侵权行为。专利权人或利害关系人可以请求专利管理机关进行处理。专利管理机关在处理专利管理机关在处理时，有权责令侵权人停止侵权行为。并赔偿损失。”同时，专利法第六十三条规定：对假冒专利情节严重者才予追究刑事责任，但对于其他类型的专利侵权行为，没有追究刑事责任的明确规定。从中可以看出我国目前对专利侵权的处理主要采用的是民事赔偿原则，即对专利侵权采用经济赔偿手段。而非经济处罚手段(经济赔偿与经济处罚是有区别的)。这样，专利管理机关在对专利侵权行为的处理时就显得软弱无力、手段单一且缺乏应有的力度。为了改变这种局面，本人认为，在今后修改专利法时应加大专利管理机关的行政权力。具体方案如下：专利管理机关在处理专利侵权时。有权查封或扣押与侵权行为有关的物品，查阅、复制或封存与侵权行为有关的帐册、图纸等资料；对于侵权行为。专利管理机关除了有权责令侵权人停止侵权，赔偿损失外，还可以责令侵权人承担消除影响，公开赔礼道歉等民事责任；对于情节严重的侵权行为。专利管理机关可以给予没收非法所得、没收侵权产品、罚款等行政处罚。
3.专利管理机关所做出的处理决定是非终局性的
从专利法的第四十三条第二款、第四十九条第二款、第五十八条和第六十条第二款规定中可以看出。对专利管理机关作出的处理决定不服的，当事人可以在三个月内向人民法院起诉。对于上述这种规定许多专利侵权人常常在此大作文章，使专利管理机关作出的处理决定处于无法执行状态，其权威性受到极大的挑衅。如侵权厂家A看到厂B的某一专利产品在市场上销路十分好且利润丰厚。于是A就开始仿造B的专利产品并在市场上出售，双方发生纠纷后，专利管理机关作出A侵犯B的专利产品的处理决定由于这种专利产品在市场上走俏。利润可观，A在此利益的驱动下，为了继续达到与B“分享”的目的。A必然不服专利管理机关的处理决定，而向人民法院起诉，法院子以立案，按照我国目前专利侵权诉讼，至少需要二年以上的时间才能作出判决。但在这诉讼期间，B的许多既得利益被A侵吞殆尽，B尽管赢了官司却输了钱。从中可以得出13的专利产品的专利权得不到充分的、有效的保护。因此，为了切实保护专利权人的台法权益不受侵犯，在今后修改专利法时可以参照(商标法)第二十九条、(专利法)第四十三条第三款的法律规定，通过制定有关的法律条款，把专利管理机关不具行政处罚性的调处行为定性为“裁定”性质，使专利管理机关可以对专利纠纷案件做出最终裁决。真正发挥专利管理机专利保护的作用，维护专利管理机关的处理决定的权威性。
4.专利管理机关的机构、法规等建设滞后
随着我国科技体制改革的不断深入，技术市场日趋括跃。专利纠纷案发率不断上升。在此形势下，我国专利管理机关的机构设置、法规建设等方面的发展却相对滞后。问胚突出。其表现如下：在机构设置上，大多数地方专利管理机关是事业单位。甚至有的还是差额拨款事业单位，有的机关就没有设立行政管理部门；在法规建设方面，与专利法相配套的法规尚不完善，等等。为了扭转这种滞后状况，在机构建设方面。重点是加强执法队伍的建设，有条件的地方．可在理顺专利管理机关性质、经费、人员编制的同时，建立一支能独立行动的执法队伍，切实行使行政管理职能；在法规建设上。应尽快出台一部与(专利法)相配套的操作性强的条例，在条例中进一步完善专利管理机关职能，提高专利管理机关的地位。