是可以扣除的;
1、未发生增值税、营业税应税行为情况下的合同违约金可扣除
《增值税暂行条例》规定，在中华人民共和国境内销售货物或提供加工、修理修配劳务及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应依照条例规定缴纳增值税。
《营业税暂行条例》规定，只有在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应依照条例的规定缴纳营业税。
营改增相关法规规定，在中华人民共和国境内(以下称境内)提供交通运输业、邮政业和部分现代服务业服务(以下称应税服务)的单位和个人，为增值税纳税人，纳税人提供应税服务，应当按照本办法缴纳增值税，不再缴纳营业税。
判断合同违约金是否属于流转税的应税行为，主要看违约金是否依附着应税行为而附加收取，对于纳税人在未销售货物或提供加工、修理修配劳务和营改增应税服务的情况下收取的违约金，不属增值税征税范围，不征收增值税;对于纳税人在未提供营业税应税劳务的情况下收取的违约金，不属营业税征税范围。即因预期违约和根本违约，无论是合同哪一方收取的违约金，均不属于增值税和营业税的应税行为，不征收增值税和营业税。
2、已发生增值税、营业税应税行为情况下的合同违约金可扣除
对于增值税、营业税应税行为已经发生，只是合同缔约方未能完全履行合同条款而产生的违约金，应当视一下情况进行涉税处理。
由于购货方或者购买服务方(以下简称“付款方”)未能完全履行合同，供货方或服务提供商(以下简称“收款方”)向付款方收取违约金，应当作为价外费用缴纳增值税或者营业税，依据如下：
《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定：条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
《营业税暂行条例实施细则》第十三条规定：条例第五条所称价外费用，包括收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、罚息及其他各种性质的价外收费。
营改增试点管理办法也做出了相同的规定：销售额，是指纳税人提供应税服务取得的全部价款和价外费用。价外费用，是指价外收取的各种性质的价外收费。
由于收款方未能完全履行合同，付款方向收款方收取的违约金，无论是增值税、营业税、营改增相关规定，均只规定了收款方向付款方收取的违约金应当作为价外费用，计算缴纳增值税，反过来付款方向收款方收取违约金的情况，不属于价外费用，不需要缴纳增值税或营业税。
这里需要注意的是，应产品(服务)质量等问题的折扣折让，应当由收款方开具红字发票给付款方，这种情形一般不作为违约论，在此不作详述。
综合上面所说的，合同的违约金是由违约的一方来进行支付，但对于这笔违约金只要符合条件就可以在税前进行扣除，但前提是在处理时 定要合理、合法，这样才可以更好的减少企业的损失，所以，在处理的时候可以多咨询一下相关的部门，这样才能保障到自己的权益。
