元始天尊又名“玉清元始天尊”。在“三清”之中位为最尊，也是道教神仙中的第一位尊神。《历代神仙通鉴》称他为“主持天界之祖”。他的地位虽然高，但出现却比太上老君要晚。道教形成初期并无“元始天尊”的说法，《太平经》《想尔注》等均无记载。在中国神话传说中，也无来历可寻。
在庄严肃穆的道教三清大殿中，通常供奉着神态端庄的三位尊神，这就是道教的最高尊神“三清祖师”。站在三清大殿大门看,三清即玉清元始天尊神像在大殿居中间、上清灵宝天尊神像在大殿居左、太清道德天尊神像在大殿居右，三清为道家哲学“三一”学说的象征。后来道教以此衍化出居于三清胜境的三位尊神。
因此“三清”尊神在道教神仙体系中位为最尊，《道教义枢》卷七引《太真科》说:“大罗生始元玄三气，化为三清天也:一曰清微天玉清境，始气所成;二日禹余天上清境，元气所成;三曰大赤天太清境，玄气所成。从此三气各生，”据《云簋七籖》和《道法会元》等道书记载，清微天玉清境，混洞太无元，其气始青，真道升圣境，天宝尊(元始天尊)治之;禹余天上清境，其气元黄，仙道升真境，灵宝尊治之;大赤天太清境，其气玄白;人道升仙境，道 天尊居之。
文曰:“此四种民天，即三界之上，灾所不及四种民天上有三清境。三清之上即是大罗天，元始天尊居其中，施化敷教。天宝君治在玉清境，清微天也。灵宝君治在上清境，即禹余天也，神宝尊(道德天尊)治在太清境，即大赤天也。”(《云簋七籖》卷三《道教本始部》)又据《集说诠真》引《读书纪数略》云:“三清者玉清圣境，元始居之;上清圣境，道君居之;太清仙境，老君居之。
”同时，道教的三清尊神还反映了道教“三洞真经”的神化。《云簋七籖》卷六《三洞经教部》说:“《道门大论》云三洞者，洞言洞也。通玄达妙，其统有三，故云‘三洞’。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八会之灵章。
”根据《道法会元》卷一《清微道法枢纽》关于清微神位的记载;清微圣祖玉清元始妙道上帝代表洞真经部，太玄辅之，传道教清微派;清微玄祖上清灵福玉雇大道君，代表洞玄经部，太平辅之，传灵宝派;清微始祖太清道德五灵玄老君代表洞神经部，太清辅之，正一盟威之道通贯三洞，传道德派和正一派。