一、先土器时代
依据日本大部分考古学家的共识，日本有人类居住的历史不超过四万年，不像中国和韩国那样有数十万年以上。日本全国有四千处以上旧石器时代晚期的的遗迹，年代大多在距今三万年到一万二千年之间，而以群马县新田郡笠悬町的岩宿遗迹最为有名，距今约两万五千年。日本考古学界称旧石器时代为“先土器时代”，意思是陶器发明以前的时期。
现在的日本与亚洲大陆隔海相望，不过在上一个冰河期最寒冷时，日本南北两端陆地与亚洲大陆是相连的，因为当时海平面比现低一百五十米左右。古代日本人因而很可能来自库页岛、朝鲜半岛、中国、印度尼西亚等地。约在一万三年前前，地球开始暖化，海平面升高，才将日本与亚洲大陆分开。
日本人使用的语言称为日本语系，和中国所属的汉藏语系也有很大的差异，而比朝鲜语系争议性更大。有人认为日本是孤立语言，也有人认为可以划入阿尔泰语系。又有人认为是属于南岛语系，也就是说与印度尼西亚、菲律宾、太平洋诸岛，比较接近。日本语言的复杂性也间接说明了日本人最早的祖先可能是来自四面八方。
一、日本早期传说
日本现存最早的正史《日本书纪》记载了神武天皇的事迹。后代学者依据《日本书纪》的记载推算，神武天皇元年是公元前660年，正是中国春秋时代齐桓公称霸诸侯的时代。
还有人认为日本的神武天皇其实来自中国，并且是秦始皇的一名方士徐福。徐福最后一次见秦始皇时，向秦始皇要了童男童女及五谷种子，扬帆出海求取长生不老仙丹。
徐福出海以后，究竟到哪里去了？中国部分学者说，肯定到了日本。这些人甚至明白指出，徐福是在现今和歌山县熊野的新宫登陆的。新宫至今还有徐福祠及徐福墓。这当然是后来传说越来越多以后，附会的人所建的。又有人举其他例证，例如徐福登陆地点熊野，自古以来就是日本捕鲸中心。熊野捕鲸业的基地是太地町，又称“秦地浦”，意思是秦人居住的海岸地带。捕鲸船的船长称为“秦士”，等于说捕鲸是秦人传下来的技术。神武天皇可能就是徐福。
反对这个说法的人认为上述论证理由实在薄弱，将徐福与神武天皇划等号的说法更是无稽。日本在绳文时代末期虽然发生过跳跃式的巨大改变，但是青铜器与水稻的出现都比徐福出海的时间早一两百年。“秦地浦”、“秦士”的说法可以理解成在战国、秦朝时期就有中国人陆陆续续渡海到达日本，未必一定与徐福有关。不过反对派也无法依据此认定徐福一定不曾到日本。
反对派又提出一个问题：假如徐福真的率领数千人浩浩荡荡到了日本，为什么日本在徐福之后数百年中既没有汉化，也没有文字？支持徐福派的也提出辩解：徐福到了日本，为了怕秦始皇追踪，正是要刻意隐藏身份，以求安全。徐福可能是与当地土著通婚，借土著的支持而建立一个新国家。有关徐福的争论至今没有任何结论。
二、中国史书记载
中国古代史书称日本“倭”，但是“倭”并不一定就是现在的日本。最早提到“倭”的记载是《山海经》，其中《海内北经》有一段文字：盖国在巨燕南，倭北。倭属燕。其中提到的盖国位于现今朝鲜半岛北方。文字中虽说倭国在燕国的南方，却嚒没有提到倭国必须要渡海才能到达。因此许多学者怀疑这个倭国很可能是在朝鲜半岛东北部靠海的一个部落国家，而不是日本。
从战国时代末期，经过秦、汉及三国，到西晋灭亡为止。有关这一时期日本政治及社会情况，中国各个朝代的历史文献都有很好的参考史料，其中也有部分提到“倭”，却不是日本的记载。中国史书中第一次可以确定是有关古日本的记载，出现在《汉书》。其中《地理志》里有一行短短的记载：“乐浪海中有倭人，分为百余国，每隔一些年会派使者来贡献礼物。”乐浪是汉朝在朝鲜半岛北部所设的一个郡。倭人因而是先渡海到乐浪，才辗转到中国朝贡。
以上就是从一本书上摘录的关于日本历史源流的观点，跟大家一起分享。