这个问题太宽泛啦，可以参考NGOCN和中国发展简报这两个网站，知名的公益机构一般都能在上面查询到NGO名录，中国发展简报目前显示有5057家机构，涉及劳工、环境保护、动物福利、三农扶贫、社区发展、救灾、教育、公共卫生、防艾、性别与性少数、老人、妇女儿童、残障、社会创新与社会企业、能力建设/研究/支持/资讯、民族/宗教/文化/艺术、企业社会责任、社工等18个领域，现在普遍受业内关注的还是国际公益机构，如大自然保护谢会、WWF China、国际救助儿童会、乐施会等。
现在公益机构都是归属民政部管，有一些特殊性质的可能还会跟群团组织有直属关系（如：共青团、妇联、残联）。2016年慈善法出台之后，中国的公益机构有了统一的章程，都由民政部底下两个部门由直接关系。一个是社会组织管理局（社会组织执法监督机构），负责社会团体、基金会、社会服务机构等社会组织登记和监督管理。另一个是慈善事业促进和社会工作工作司， 负责拟订促进慈善事业发展政策和慈善信托、慈善组织及其活动管理办法；拟订社会工作和志愿服务政策，组织推进社会工作人才队伍建设和志愿者队伍建设；拟订福利彩票管理制度，监督福利彩票的开奖和销毁，管理监督福利彩票代销行为（BTW社会工作和慈善是很不一样的哦）。