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非财政补助结余是指事业单位除财政补助收支以外的各非专项资金收入与各非专项资金支出相抵后的余额。非财政补助结余包括事业结余和经营结余。
事业结余是指事业单位一定期间除财政补助收支、非财政专项资金收支和经营收支以外各项收支相抵后的余额。
事业单位应当于期末将事业收入、上级补助收入、附属单位上缴收入、其他收入本期发生额中的非专项资金收入结转入事业结余，将事业支出、其他支出本期发生额中的非财政、非专项资金支出，以及对附属单位补助支出、上缴上级支出的本期发生额结转入事业结余。年末，应将事业结余(或亏损)转入非财政补助结余分配。
经营结余是指事业单位一定期间各项经营收支相抵后余额弥补以前年度经营亏损后的余额。
事业单位应当于期末将经营收入、经营支出的本期发生额结转入经营结余。经营结余通常在年末转入非财政补助结余分配，但如为经营亏损，则不予结转。
事业单位当年实现的非财政补助结余(指事业结余与经营结余的合计数，或经营结余弥补事业亏损后的结余数)，应当按照规定进行分配:一是有企业所得税缴纳业务的事业单位计算应缴所得税;二是事业单位按规定提取职工福利基金。进行上述分配后，应将当年未分配结余转入事业基金。