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科学事业单位预算是单位根据事业发展计划和任务编制的年度财务收支计划。
作为筹集、分配、运用、控制资金的依据，单位预算由财政补助收入、上级补助收入、事业收入、经营收入、附属单位上缴收入和其他收入组成；支出预算由事业支出、经营支出、自筹基本建设支出、对附属单位补助支出和上缴上级支出组成。收入预算和支出预算共同构成科学事业单位的预算整体。
国家对科学事业单位实行核定收支、定额或者定项补助、超支不补、结余留用的预算管理办法。核定收支，即单位要将全部收入与各项支出统一编列预算，报经财务主管部门和财政部门核定；财务主管部门和财政部门根据单位的特点、事业发展计划、单位收支状况以及国家财政政策和财力可能，核定单位年度预算收支规模。定额或者定项补助，即对非财政补助收入不能满足支出的单位实行的办法，其中，定额补助就是根据单位收支情况，并按相应标准确定一个总的财政补助数额；定项补助则根据单位收支情况，定额或者定项补助的程度也各有不同。对非财政补助收入可以满足经常性支出需要的单位，定额或者定项补助的程度也各有不同。对非财政补助收入可以满足经常性支出需要的单位，定额或者定项补助可以为零。超支不补、结余留用，即单位预算在经财务主管部门和财政部门核定以后，由单位自求平衡。除特殊原因外，单位增加的支出，财务主管部门和财政部门不再追加经费，因增收节支形成的结余，可留归单位继续使用。
为了保证预算编制的质量，加强对单位预算的管理，预算编制必须认真贯彻党和国家的方针、政策；
必须坚持以收定支、收支平衡的原则；
必须筹兼顾、保证重点、合理安排各项资金，将有限的资金用于事业发展的关键方面；
必须扶持规范化、科学化的原则，运用科学的方法进行编制。