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非营利组织财务管理体制是财政部门同非营利组织的行政主管部门之间、非营利组织的行政主管部门同所属非营利组织之间关于财政资金的分配使用、领拨缴销的方法、形式以及责、权、利划分的基本组织制度。
非营利组织财务管理体制是财政管理体制的重要组成部分。财政管理体制反映的是各级政府之间，各级政府与企业、事业行政单位之间的财政分配关系。它包括预算管理体制、税收管理体制、企业财务管理体制和基本建设财务管理体制等。作为财政管理体制的重要内容，非营利组织财务管理体制的确定，既要符合财政管理体制规定的原则，又要符合事业行政财务管理的一般规律和基本特点，这样才能使事业行政财务管理体制规范、高效，充满生机和活力，发挥出其应有的作用。
非营利组织财务管理体制是贯穿于非营利组织财务管理全过程的基本组织制度。它属于上层建筑的范畴，其具体内容随着经济和事业的发展，国家方针、政策的调整，以及经济管理体制和财政管理体制的改革，而不断发生调整，变化。非营利组织财务管理体制的不断完善和规范可以进一步加强非营利组织的财务管理，提高资金使用效益，促进事业发展，巩固国家政权建设。
非营利组织财务管理体制一般包括非营利组织预算管理级次和非营利组织预算管理办法两项基本内容。
一、非营利组织预算管理级次
非营利组织的预算管理级次，是指在“统一领导，分级管理”的原则指导下，按照政府财政与非营利组织的预算领拨缴销关系和非营利组织内部的机构建制而划分的预算管理等级次序。根据我国现行的行政事业单位的财务规则，非营利组织预算管理级次分为：主管预算单位、二级预算单位和基层预算单位三个级次。不同级次的预算单位具有不同的财务管理职责权限。
1．主管预算单位。主管预算单位，是指直接向同级财政部门编报预算，领拨缴销预算资金；同时，负责核定所属单位预算，向所属单位转拨预算资金的预算单位。主管预算单位也称一级预算单位。
主管预算单位的职责权限主要有：
(1)严格执行并指导、监督所属单位贯彻国家有关方针、政策和财务制度，维护国家财经纪律。
(2)按照规定的财务管理权限，制定有关财务管理制度及实施细则，并组织实施。
(3)按照规定向同级财政部门编报年度预算和季度、月份用(缴)款计划。审查、核定、汇编所属单位的年度预算和季度、月份用(缴)款计划。
(4)按照规定审查、汇总所属单位的财务报表，准确，完整、及时地向财政部门编报财务报表。
2．二级预算单位。二级预算单位，是指向主管预算单位或者上级预算单位编报预算，领拨缴销预算资金，并负责核定所属单位预算，向所属单位转拨预算资金的预算单位。
二级预算单位的职责权限，除须向一级预算单位或者上级预算单位报送年度、季度、月份用(缴)款计划、月份财务报表、年度决算和领报财政资金外，其他职责权限与一级预算单位基本相同。
3．基层预算单位。基层预算单位，是指向上一级预算单位或同级财政部门编报预算，领拨缴销预算资金，且没有所属预算单位的预算单位。
基层预算单位的职责权限主要是：
(1)严格贯彻执行国家有关方针，政策、财务制度和财经纪律，以及上级单位制定的有关财务制度和实施细则。
(2)按照规定的财务管理权限，制定单位内部财务管理具体规定。
(3)按照规定向上级预算单位编报年度预算，季度和月份用(缴)款计划，月份财务报表和年度决算。
(4)按照规定和上级预算单位核定的预算，办理各项财务收支。
(5)开展财务分析，及时发现和解决财务收支中存在的问题，提高财务管理水平和资金使用效益。
(6)按照规定及时，足额地上缴各种应缴款项；正确计算，分配或者使用结余。
(7)保护国有资产的安全与完整，建立健全单位内部各项资产管理制度，加强对国有资产的清查盘点工作，按照财务制度规定办理国有资产的报废、转让、投资等事项。
(8)接受财政、税务、上级单位及其他有关部门的监督检查，如实反映单位财务情况，主动提供财务资料。
(9)组织、指导、监督所属报销单位的各项财务收支及报销工作。
以上预算单位都应建立独立的单位预算，实行完整的会计核算制度。
在实际财务管理工作中，以下几种情况需要补充说明：
(1)向同级财政部门编报预算领拨缴销资金的单位，如无下属单位，则视同基层预算单位管理。
(2)在一级预算单位与三级预算单位之间，如果有若干级次发生预算管理关系的单位，均按照二级预算单位管理。
(3)不单独建立单位预算和会计核算制度的单位，称为报销单位。这类单位一般规模小，人员少，业务量有限，不单独建账，发生的费用开支直接向上级预算单位报销。
(4)有些单位有两种以上经费来源渠道，有的经费是向财政部门直接领取的，有的经费则是通过主管部门向财政部门领取的。这种类型的单位应当分别按照不同预算管理级次处理。例如，某市文物局，其事业经费向市财政局直接领报，并向所属事业单位转拨事业经费，属于一级预算单位；而其行政经费向市机关事务管理局领报，则属于二级预算单位。
二、非营利组织预算管理办法
根据当前我国的行政事业单位预算管理体制，财政部门对事业单位一般采取定额或定项补助的办法。例如，《事业单位财务规则》第7条规定：“国家对事业单位实行核定收支，定额或者定项补助，超支不补、结余留用的预算管理办法。”
定额补助，是财政部门根据事业单位收支情况，按照相应的标准，确定一个总的补助额度的方法。定项补助，是财政部门根据事业单位收支情况，对事业单位特定支出项目进行补助的方法。在实际工作中，这两种补助办法财政部门往往是综合运用的。
实行“定额补助”办法的非营利组织，应根据定员或基本数字，按照财政部门确定的补助定额标准进行计算编制；对实行“定项补助”办法的，应按照财政部门确定的补助项目，根据事业发展计划和财力可能，逐项计算编列。