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银行业务处理系统是指包括商业银行业务处理系统和中央银行业务处理系统的银行系统。商业银行业务处理系统主要实现商业银行存款、贷款、结算、外汇等业务。中央银行业务处理系统则主要为商业银行和其他非银行金融机构提供可靠、高效的支付服务，通过建立自动化的支付服务体系，实现准确、及时、安全的资金转移。
目前，我国商业银行都建立了以大集中为基础、以客户为中心的面向交易的综合业务处理系统，即将某银行的全部账务数据(包括对公、对私的资产和负债数据及银行卡数据等)集中在总行计算机系统中统一管理、协调，提供统一的基础技术架构，建立规范化、标准化、正规化的运行管理体系，实现集约化经营，为加速资金的流动和创新业务的实施奠定良好的基础。在此技术架构下，通常建立的主要业务处理系统有综合业务处理系统、国际结算系统、银证转账系统，同时还连接客户关系管理系统。商业银行业务处理系统一般可以分成三个层次：总行数据中心，分行运行、接入、管理中心以及支行柜面处理中心。
根据商业银行业务处理的要求，商业银行业务处理系统的主要功能模块包括客户信息模块，储蓄功能模块，个人信贷业务处理模块，银行卡、国债、理财处理模块，对公业务处理模块，贷款、拆借、投资业务处理模块，结算业务处理模块，现金凭证管理模块和其他公共业务处理模块。
(1)客户信息模块
客户信息模块主要实现对公客户、对私客户、网络银行客户以及特殊客户信息的处理，包括客户信息的增加、删除、修改、查询、打印、汇总、统计分析等。
(2)储蓄功能模块
储蓄功能模块主要完成存款业务、取款业务、开／销户业务、通存通兑业务和代收、代付业务以及所有关于储蓄业务的查询、打印和账户维护。
(3)个人信贷业务处理模块
个人信贷业务处理模块主要实现个人按揭贷款、小额质压贷款、理财贷款等业务的处理。
(4)银行卡、国债、理财处理模块
银行卡、国债、理财处理模块主要实现银行卡、国债、理财业务的处理，包括发卡、销卡、领卡业务，国债买卖业务，理财业务以及与这些业务有关的查询和打印。
(5)对公业务处理模块
对公业务处理模块主要实现对公收付业务、开／销户业务、支票管理业务、对公通存通兑业务以及所有这些业务的查询和打印。
(6)贷款、拆借、投资业务处理模块
贷款、拆借、投资业务处理模块主要实现贷款的发放、会计人账、贴现业务、投资业务、拆借业务的处理以及与这些业务有关的查询和打印。
(7)结算业务处理模块
结算业务处理模块主要实现往来账业务、同城票据交换业务、签票业务、托收承付业务、委托收款业务、查询查复业务等的处理。
(8)现金凭证管理模块
现金凭证管理模块主要实现现金管理、凭证管理、抵押品管理、质压品管理等业务的处理。
(9)其他公共业务处理
其他公共业务处理模块包括各种公共信息查询、柜员管理、网点管理、参数管理、报表管理等业务。
中央银行支付清算系统是整个货币体系中不可分割的一部分，它涉及资金转移的规则、资金转移的相关机构和资金转移的技术手段等多方面。目前，我国已经建成以中国现代化支付系统、银行业金融机构行内支付系统为基础，票据支付系统、银行卡支付系统为重要组成部分的支付清算网络体系。
2009年，中国人民银行的大小额支付系统、同城票据支付系统、银行业金融机构行内支付系统及银行卡跨行支付系统共处理支付业务约88．4亿笔，金额1 208万亿元，同比增长21．8％和6．9％。中央银行业务处理系统主要包括中国现代化支付系统、中央银行会计集中核算系统和全国支票影像交换系统。
(1)中国现代化支付系统
中国现代化支付系统(China National Advanced Payment System，CNAPS)是中国人民银行按照我国支付清算需要，利用现代计算机技术和通信网络自主开发建设的，能够高效、安全处理各银行的异地、同城支付业务及其资金清算和货币市场交易的资金清算的应用系统。它是各银行和货币市场的公共支付清算平台，是人民银行发挥其金融服务职能的重要核心支持系统。
中国人民银行通过建设现代化支付系统，逐步形成一个以中国现代化支付系统为核心，商业银行行内系统为基础，各地同城票据交换所并存，支撑多种支付工具应用和满足社会各种经济活动支付需要的中国支付清算体系。
现代化支付系统由大额实时支付系统和小额批量支付系统两个业务应用系统，以及清算账户管理系统和支付管理信息系统两个辅助支持系统构成，建有两级处理中心，即国家处理中心(NPC)和全国省会(首府)及深圳城市处理中心(CCPC)。国家处理中心分别与各城市处理中心连接，其通信网络采用专用网络，以地面通信为主，卫星通信备份。
①大额实时支付系统(HVPS)。主要处理同城和异地跨行之间和行内的大额贷记及紧急小额贷记支付业务，人民银行系统的贷记支付业务以及即时转账业务等。支付指令实时处理，全额清算资金。
②小额批量支付系统(SBPS)。主要处理同城和异地纸凭证截留的商业银行跨行之间的定期借记支付业务，人民银行会计和国库部门办理的借记支付业务，以及每笔金额在规定起点以下的小额贷记支付业务。批量发送支付指令，轧差净额清算资金。
③清算账户管理系统(SAPS)。主要是支付系统的辅助支持系统，集中存储清算账户，处理支付业务的资金清算，并对清算账户进行管理。
④支付管理信息系统(PMIS)。主要是支付系统的辅助支持系统，集中管理支付系统的基础数据，负责行名行号、应用软件的下载，提供支付业务的查询、查复和计费以及统计监测等服务。
(2)中央银行会计集中核算系统
中央银行会计集中核算系统(Central Bank Centralized Accounting Book System，CBCABS)是中国人民银行采用集中核算方式处理会计业务，并与支付系统或电子联行连接，办理资金汇划和为金融机构提供资金结算服务的网络系统。
该系统提供资金的最终结算服务，是中国现代化支付系统的运行基础，是中国人民银行履行各项职能的核心支持系统。系统可以支持的主要业务包括中国人民银行对金融机构的存贷款业务、公开市场业务、质压融资业务、货币投放、回笼业务以及中国人民银行内部资金汇划、清算、财务核算等业务。
(3)全国支票影像交换系统
全国支票影像交换系统(National Cheque Image Clearing System，NCICS)综合运用影像技术和支付密码等技术，将纸质支票转化为影像和电子信息，实现纸质支票截留，利用网络技术将支票影像和电子清算信息传递至出票人开户行进行提示付款，实现支票全国通用的业务处理系统。
全国支票影像交换系统主要处理银行业金融机构跨行和行内支票影像的信息交换，其资金清算通过小额批量支付系统处理。影像交换系统的处理流程包括三个阶段。
①第一阶段是纸质票据流，即收款行完成纸质支票的截留和影像采集；
②第二阶段是影像信息流，即影像交换系统将影像业务信息传递给出票人开户行审核付款；
③第三阶段是资金清算流，即出票人开户行通过小额支付系统返回业务回执和完成资金清算。
全国支票影像交换系统采用三层结构。
①第一层是影像交换总中心，负责接收、转发跨分中心的支票影像信息；
②第二层是影像交换分中心，负责接收、转发同一区域内的支票影像信息，并向总中心发送和接收跨分中心的支票影像信息；
③第三层是票据交换所，负责采集支票影像信息和录入电子清算信息，按规定格式生成支票业务报文。
银行卡支付系统由银行卡跨行支付系统和发卡行行内银行卡支付系统组成。经过几年的发展，中国已经形成以中国银联银行卡跨行支付系统为主干，连接各发卡行行内支付系统的银行卡支付网络架构，实现了银行卡的连网通用，促进了银行卡的广泛应用。
银行卡跨行支付系统专门处理银行卡跨行交易信息转接和交易清算业务，由中国银联建设和运营，具有借记卡和信用卡、密码方式和签名方式共享系统资源等特点。2004年，银行卡跨行支付系统成功接人中国人民银行大额实时支付系统，实现了银行卡跨行支付的即时清算。