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进出境集装箱是指国际标准化组织所规定的集装箱，包括进境、出境和过境集装箱，根据是否装载货物又分重箱和空箱。根据《商检法》、《动植物检疫法》、《卫生检疫法》及有关法律法规的规定，国家质检总局制订了《进出境集装箱检验检疫管理办法》(第17号令) ，依法对进出境集装箱实施检验检疫。
(一)进境集装箱检验检疫报检范围
1.所有进境集装箱应实施卫生检疫;
2.来自动植物疫区的，装载动植物、动植物产品和其他检验检疫物的，以及箱内带有植物性包装物或辅垫材料的集装箱，应实施动植物检疫;3.法律、行政法规、国际条约规定或者贸易合同约定的其他应当实施检验检疫的集装箱，按有关规定、约定实施检验检疫。
(二)出境集装箱检验检疫报检范围
1.所有出境集装箱应实施卫生检疫;
2.装载动植物、动植物产品和其他检验检疫物的集装箱应实施动植物检疫;
3.装运出口易腐烂变质食品、冷冻品的集装箱应实施适载检验;
4.输入国要求实施检验检疫的集装箱，按要求实施检验检疫;
5.法律、行政法规、国际条约规定或贸易合同约定的其他应当实施检验检疫的集装箱按有关规定、约定实施检验检疫。
(一)进境集装箱的报检要求
1.进境重箱集装箱的报检要求
进境集装箱承运人、货主或其代理人(简称报检人)应当在办理海关手续前必须填写《入境集装箱报检单》或《入境货物报检单》(装载法定检验检疫货物集装箱)向进境口岸检验检疫机构报检，未经检验检疫机构许可，不得提运或拆箱。报检时，应提供集装箱数量、规格、号码、到达或离开口岸时间，装箱地点和目的地，货物的数量、种类和包装材料等情况，并随附相关单证。
2.进境空箱集装箱的报检要求
进境集装箱承运人、货主或其代理人(简称报检人)办理海关手续前，必须向进境口岸检验检疫机构申报，必须填写《入境集装箱报检单》。未经检验检疫机构许可，不得提运或拆箱。报检时，应提供集装箱数量、规格、号码、到达或离开口岸时间，装箱地点和目的地，并随附相关单证。
(二)出境集装箱的报检要求
出境集装箱报检人应在装货前填写《出境货物报检单》或《出境集装箱报检单》以及随附的集装箱配载清单等相关资料和单据向所在地检验检疫机构报检。出境空集装箱，报检人应该填写《出境集装箱报检单》向出境地口岸检验检疫机构报检。未经检验检疫机构许可，不准装运。
装载出境货物的集装箱，出境口岸检验检疫机构凭启运地检验检疫机构出具的检验检疫证单验证放行。法律、法规另有规定的除外。
在出境口岸装载拼装货物的集装箱，由出境口岸检验检疫机构实施检验检疫。
1.报检范围
(1)来自动植物疫区的，装载动植物、动植物产品和其他检验检疫物的，以及箱内带有植物性包装物或铺垫材料的集装箱，应实施动植物检疫。
(2)法律、行政法规、国际条约规定或贸易合同约定的其他应当实施检验检疫的集装箱，按照有关规定、约定实施检验检疫。
2.报检程序
(1)装载法定检验检疫商品的检疫商品的进境集装箱
报检人填写“入境货物报检单”，对在入境口岸结关的集装箱和货物一次性向入境口岸检验检疫机构报检。检验检疫机构对集装箱及货物一同进行施检，检验检疫合格后准予放行，并出具“入境货物通关单”。如需实施卫生除害处理的，签发“检验检疫处理通知书”。完成后出具“熏蒸/消毒证书”。集装箱如装载国家批准的进口废物原料，必须有入境口岸检验检疫机构实施检验检疫，如符合国家环保标准。予以签发“检验检疫情况通知单”，如不符合环保标准，出具“环保安全证书”，并移交当地海关和环保部门进行处理。
(2)装载非法定检验检疫商品的进境集装箱和进境空箱
集装箱如在入境口岸结关，报检人应填写“出/入境集装箱报检单”，向入境口岸检验检疫机构报检。如在指运地结关的集装箱，入境口岸检验检疫机构受理报检后，检查集装箱外表，并通知指运地检验检疫机构进行检验检疫。
检验检疫机构根据集装箱箱体可能携带的有害生物和病媒生物种类以及其他有害有毒物质的情况适时检验检疫。检验检疫后，如需适时卫生除害处理的，签发“检验检疫处理通知书”，完成后出具“熏蒸/消毒证书”。如不需要卫生除害处理，则出具“集装箱检验检疫结果单”。
1.报检范围
(1)对所有出境集装箱实施卫生检疫
(2)对装载动植物、动植物产品和其他检验检疫物的，以及箱内带有植物性包装物或铺垫材料的集装箱，应实施动植物检疫。
(3)对装运出口易腐烂变质食品、冷冻品的集装箱实施清洁、卫生、冷藏、密固等适载检验。
(4)对输入国要求实施检验检疫的集装箱，按要求实施检验检疫。
(5)对法律、行政法规、国际条约规定或贸易合同约定的其他应当实施检验检疫的集装箱，按照有关规定、约定实施检验检疫。
2.报检程序
(1)承运人，货主或其代理人在集装箱装货前向所在地检验检疫机构报检，如果实在出境口岸装载拼装货物的集装箱，须向出境口岸报检。未经许可，集装箱不准装运。
(2)报检人填写“出/入境集装箱报检单”，向检验检疫机构报检，并随附其他单据。
(3)检验检疫后，如需要实施卫生除害处理的，签发“检验检疫处理通知书”，完成处理后向报检人出具“熏蒸/消毒证书”。如不需要卫生除害则出具“集装箱检验检疫结果单”。
(4)出境口岸检验检疫机构凭启运口岸检验检疫机构出具的“集装箱检验检疫结果单”或“熏蒸/消毒证书”放行。集装箱检验检疫的有效期为21天，逾期需要重新检验检疫。