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运价形成机制是指依据一定的价格形成原理，通过价值规律的作用而形成的价格决策制度。
运价的形成机制主要包含两方面内容：
一是运价形成的主体，即运价制定、运价调整及运价管理的主体；
二是运价形成的方式。在这两方面中，运价形成主体是起决定性作用的。在运输市场不断完善的情况下，运价的形成机制决定着运价的发展与变化。
一定时期的运价管理体制决定于当期的宏观经济管理体制，经济体制的性质决定运价形成机制的性质。在市场经济条件下，市场是资源有效配置的主要手段，通过市场使资源达到最优配置，反映到价格上就要求以市场变化为基础制定运价，从而形成较为灵活的运价形成机制。
在西方国家运价也长期受政府相对严格的控制，但近一二十年西方国家对运价形成机制已做了很大调整，主要内容包括运价及管理权限下放，更强调市场竞争和企业定价以及运价形式多元化等。以过去管制最严格的铁路运价为例，美国70年代以后赋予铁路公司在运价制定及调整上更大的权力，以便能在运输市场中自由地经营，应付竞争；加拿大铁路管理的原则是按商业化经营，国家只规定运价的最高价和最低价；英国也取消了对国营铁路在运价方面的一些限制，货运部门有权与货主签定合同，制定运价；日本国铁民营化后，在运价制定以及调整上被赋予更大的自主权，有更多的灵活性。西方国家由于基本的交通网已经形成，各种运输方式竞争较为激烈，所以在制订运价上由原来强调公用性转向更多地强调企业性，从商业角度获取更大的运输市场。单一运价很难适应竞争和多方面的运输需求，因此出现了多元化的运价形式。运输企业可以根据不同的情况，在政策允许的范围内，采取灵活的运价形式，如浮动运价、合同运价、协议运价等。
在我国长期的计划经济条件下，实行的是集中统一的运价形成机制，定价主体是国家物价管理部门，价格形式是统一的计划价格。计划经济体制下运输业实行统一运价，这一政策曾对稳定国家物价，促进物资交流，方便人民生活起到了积极的作用。但其弊端也是显而易见的，由于过份强调公共事业性，严格控制运价，作为稳定物价的必要保证。运价的制定、调整由政府直接管理，将经营主体排斥在外，计划运价既不反映运输价值，又不反映运输市场供求，在运价调整中，忽视运价的形成基础，而片面强调财政、社会和个人的承受能力，从而取代了运价理论中运价形成的基本依据。造成了运价严重背离运输价值，在一定程度上阻碍了运输业的发展。
具体讲，我国传统的运价形成机制存在以下问题：
(1)运价形成主体单一。价格决策基本上都由物价局掌握，运输企业既无权定价，也无权调价。
(2)运价形式单调。在计划经济体制下，运价形式基本上是统一的计划价格，适用于各种情况不同的地区、线路。
(3)运价管理权限集中，统得过死。运价的调整非常困难，外部环境变了，供求状况变了，但运价不能变，运输部门无权定价，无法根据运输供求变化及时调整运价，行使行业管理的职能。
(4)缺乏科学的运价形成基础。由于运价形成机制主要是政府行为，运价既不反映价值，也不反映供求，而一直把其作为稳定物价的因素，运价形成也就失去基础，导致运价长期偏离价值而严重扭曲。
(5)运价和物价脱节。主要表现为低运价对高物价，死运价对活物价，对物价上升运输部门不能做出反映。
(6)不重视供求关系。在制定及调整运价时，偏重于成本因素和社会承受能力，而很少考虑供求状况，使本来紧张的运输状况更加紧张。
运价改革包括运价体系的改革和运价管理体制的改革两方面。运价体系改革的任务是矫正扭曲的价格结构，理顺运输业内部各种运输方式之间的比价以及运输业与其他工业部门之间的比价；运价管理体制改革的任务是转换运价形成机制，并建立与新的运价形成机制相适应的管理方法，赋予作为运输市场主体的运输企业以一定范围内运价决策的自主权。在建立新的运价形成机制时，要实现运价形成主体和运价形成方式方面这样五个转换：
(1)运价形成机理的转换。在制定运价中，充分反映市场供求状况，国家管理的运价形成也要建立在价值规律的基础上。
(2)运价形成主体的转换。打破运价决策过于集中、企业无权定价的状况，由政府直接干预转为依靠经济手段、法律手段实现运价的调整控制。
(3)运价形成途径的转换。改变运价形成的行政手段，运价制定要以市场为依托，国家定价自觉地模拟市场机制，企业定价要在市场中形成。
(4)运价形式的转换。突破单一的运价形式，向多元化的运价形式过渡。运价形式是运价形成机制的基本内容之一，运价形式取决于定价主体，应根据市场需求与供给的不同制定灵活多样的运价形式。
(5)运价调控方式和运价调控体系的转换。其中改革传统的运价管理体制，转换运价形成机制，是运价改革的核心；同时还要建立起运价与物价相联动的机制。