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行业协会管理体制是指基于行业协会组织外部，以行业协会为管理客体、以政会关系为目的，通过法律建立起来的外部行政管理和合作制度，以及对行业协会的管理权力在相关政府及管理机构之间的分配和协调制度。
我国行业协会管理体制包括管理系统的结构形式和管理制度。1989年颁布的《社会团体登记管理条例》明确了对行业协会实行“分级登记，双重管理”的管理体制。从结构形式的角度来看，行业协会的成立登记和监督管理由登记管理机关和业务主管单位双重负责；根据行业协会的业务范围和所在地行政级别，进行分级登记和分级管理。从管理制度的角度来看，以《社会团体登记管理条例》（1998年）为核心，加上中央和地方出台的只针对行业协会的法规和规章，形成了对行业协会登记、监管和扶持培育的各种制度。
行业协会管理体制实际上体现的就是国家对发展行业协会的态度，其背后反映的是国家对市场领域和社会领域的态度。随着经济体制改革和政治体制改革的不断深入，我国的社会改革被提上了日程，其主要标志就是建立“小政府、大社会”的目标模式，意味着在市场经济活动中将弱化政府职能，充分发挥市场、行业协会的自我调节功能。然而，政府对行业协会既鼓励又限制的态度是造成目前行业协会无法实现转型的根本原因。同时，行业协会地位的不明确与定位的不清晰，进一步导致政会关系不顺，影响行业协会功能与作用的发挥。因此，在转型社会的背景下，未来的变迁趋势将会是改革现行的行业协会管理体制，鼓励地方创新，并逐步取消双重管理体制，灵活地落实分级管理以及有必要的竞争。
在我国，行业协会属于社会团体范畴，行业协会管理体制受到社团管理体制的约束，其建立过程就是社团管理体制的反映。与此同时，随着政府经济管理体制改革的推进，出现了只针对行业协会的行政法规、部门行政规章、地方性法规或地方行政规章，现行的行业协会管理体制得以逐步建立。总体来看，我国政府对行业协会的管理体制演变过程可以分为四个阶段。
（一）集权管理时期（1949～1969年）
1950年9月政务院颁布《社会团体登记暂行办法》（简称《办法》）和1951年3月内务部颁布《社会团体登记暂行办法和实施细则》是我国关于社会团体最早的法规、规章。这两个法规、规章的目的，主要是清理从旧社会遗留下来的各种社会团体，取缔不符合新社会要求的社会团体，其他社会团体改造后予以保留。《办法》规定：全国性的社会团体，应向中央人民政府内务部申请登记；地方性的社会团体，应向当地人民政府申请登记；由省（市）或大行政区人民政府批准，同时转呈直接上级政府备案。可见，新中国成立之初，我国就已经确立了社会团体的分层管理体制。但是，《办法》只规定了社会团体的登记管理机关，并未规定社团要有业务主管单位。而在那时，中国国家和社会之间的关系，是一种有别于西方国家法团主义和多元主义的集权主义模式，所以内务部和地方各级政府作为社团的登记管理机关，事实上集中了审批权和管理权于一身，双重管理体制还未初现端倪。
（二）多头管理时期（1969～1989年）
1969年1月，国家内务部撤销，其主管的大部分工作由财政部、公安部、卫生部、国家计委承担，社团管理工作进入了多头管理状态，各个政府部门（包括从内务部分出来的、原来就有管理权的部门）都有审批和管理社团的权力，甚至出现了社团审批和管理其他社团或者未经批准随意成立全国性组织的情况。1978年2月成立的国家民政部也只是当初内务部的一个复制而已，并未改变社团管理格局。没有了统一的管理，大量合法的和非法的社团相继成立，社会团体呈现鱼龙混杂的局面。1984年，中共中央、国务院颁布《关于严格控制成立全国性组织的通知》以及北京、广东颁布的地方性法规并未改变社会团体无序发展的局面。
此阶段的行业协会，在经济管理与行业管理中一直处于“无位”和“无为”的状态。在现行的行业协会管理体制成立前，我国实行的是计划经济体制下的部门管理：政府经济部门直接管控着部门所有下属企业，政企之间没有也不需要任何社会中介组织；部门管理实际上是一种行政性管理和全能管理。随着这一时期社会团体的迅猛发展，行业协会作为市场体制和国家体制之外出现的一项重大的组织创新和制度创新，它在弥补“政府失灵”和“市场失灵”中的作用日益凸显。因此，相较于其他类型的社会团体，行业协会的发展逐渐受到政府的重视，它构成介于政府的法律管理（宏观）与企业的自主管理（微观）之间的一种群体的自律管理（中观）已经成为一种必然。
（三）分级双重管理时期（1989～2013年）
1989年10月，国务院《社会团体登记管理条例》（简称《条例》（1989年）），初步确立了我国行业协会管理体制基本框架：
第一，登记管理。《条例》（1989年）规定，国务院民政部门和县级以上地方各级人民政府民政部是本级人民政府的社会团体登记机关；
第二，业务管理。《条例》（1989年）规定，国务院有关部门和县级以上地方各级人民政府授权的组织，是有关行业、学科或者业务范围内社会团体的业务主管单位；
第三，限制竞争。《条例》（1989年）规定，在同一行政区域内不得重复成立相同或者相似的社会团体。可以看出，《条例》（1989年）将社团登记管理、监督管理和相应的处罚权集中给予了民政部，把业务管理权交给了相关业务主管单位；并且，为了避免社团之间的竞争给已经建立的社团带来威胁，遵循了限制竞争的原则。行业协会属于社会团体的范畴，其管理体制基本是嵌于社团管理体制框架内，遵循的是“分级双重管理”和限制竞争原则。
（四）一元管理时期（2013年始）
一元管理，是指行业协会不再由业务主管单位批准而直接向民政部门依法登记、注册的管理制度。2013年3月，十二届全国人民代表大会通过的《国务院机构改革和职能转变方案》，强调逐步推进行业协会商会与行政机关脱钩，成立行业协会商会可直接向民政部门依法申请登记，这标志着我国行业协会管理将由传统的双重管理制向直接登记制过渡，从二元管理向一元管理发展；在任务分工中，要求发展改革委、民政部会同国资委等有关部门负责，于2013年9月底前提出脱钩方案，确定一批行业协会商会进行试点，同时试点一业多会。