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职能制，又称为分职制、功能制或者机能制，是企业内部各管理层次都设职能机构，各职能机构在自己的业务范围内有权向下级发布命令和指挥。各级领导人除了服从上级指挥外，还要服从上级各职能部门的指挥，实行的是多头领导的上下级关系。
在一个领导机关中在横向上平行地设置若干个职能部门，辅助领导机关实施领导，各个职能部门所管辖的范围都以本领导机关的整体为对象，只是工作的性质与内容不同的领导体制。
职能制组织结构是各级行政单位除主管负责人外，还相应地设立一些职能机构。如在厂长下面设立职能机构和人员，协助厂长从事职能管理工作。这种结构要求行政主管把相应的管理职责和权力交给相关的职能机构，各职能机构就有权在自己业务范围内向下级行政单位发号施令。因此，下级行政负责人除了接受上级行政主管人指挥外，还必须接受上级各职能机构的领导。
1、分工精细，专业性强，领导者能够各司其职，业务熟悉，因此工作效率较高，同时有利于培养精通各门业务的专家并提高领导者的专业化水平；
2、能适应现代化工业企业生产技术比较复杂，管理工作比较精细的特点；
3、行政组织按职能或业务性质分工管理，选聘专业人才，能充分发挥职能机构的专业管理作用，减轻直线领导人员的工作负担，利于业务专精，思考周密，提高管理水平；
4、同类业务划归同一部门，职有专司，责任确定，利于建立有效的工作秩序，防止顾此失彼和互相推诿。
1、由于分工过细，容易造成机构臃肿，人浮于事；
2、容易形成割据状态，滋生本位主义，导致政出多门，互相扯皮，难以协调各部门的矛盾与冲突；
3、由于各专业部门只熟悉本身的业务，对整体与全局的情况不够了解，因此容易违反系统原则、经济原则与效率原则。
4、不便于行政组织间各部门的整体协作，容易形成部门间各自为政的现象，使行政领导难于协调。通常职能制要与层级制相结合。它妨碍了必要的集中领导和统一指挥，形成了多头领导；
5、不利于建立和健全各级行政负责人和职能科室的责任制，在中间管理层往往会出现有功大家抢，有过大家推的现象；
6、另外，在上级行政领导和职能机构的指导和命令发生矛盾时，下级就无所适从，影响工作的正常进行，容易造成纪律松弛，生产管理秩序混乱。由于这种组织结构形式的明显的缺陷，现代企业一般都不采用职能制。