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科技体制改革是指从事对科学技术的机构设置、管理研究、职责范围、权利义务关系的一整套国家层面的结构体系和制度设置进行改革。
中国原有科技体制是在计划经济体制下逐步形成的，其突出特点是政府拥有独立研究机构的技术和资源。该体制已在特定的历史时期，为中国经济发展、国防建设和社会进步做出了重要贡献，而且也为科学技术自身发展奠定了坚实基础。随着中国的改革开放进程和社会主义市场经济体制的逐步建立，原有科技体制弊端日益突出。
自20世纪80年代开始，中央决定对科学技术体制进行坚决的有步骤的改革，改革的历程大致可划分四个阶段。
第一阶段：1985 年至1992 年。1985年中共中央发布《关于科学技术体制改革的决定》，全面启动了科技体制改革。以改革拨款制度、开拓技术市场为突破口，引导科技工作面向经济建设主战场。
第二阶段：1992 年至1998 年。1995年中共中央、国务院发布《关于加速科学技术进步的决定》，确立了“科教兴国”战略，提出“稳住一头，放开一片”的改革方针，开展了科研院所结构调整的试点工作，1998 年在中科院开始实施知识创新工程试点。
第三阶段：1998 年至2004 年。1999年中共中央、国务院发布了《关于加强技术创新， 发展高科技， 实现产业化的决定》， 对科研院所的布局结构进行了系统调整。加强国家创新体系建设、加速科技成果产业化成为这一时期的主要政策走向。政策供给集中在促进科研机构转制、提高企业和产业创新能力等方面。
第四阶段：2005 年至今。《国家中长期科学和技术发展规划和纲要》的提出，进一步明确了我国科技体制改革与建设创新型国家的要求，指出在今后一段时间内，我国科技体制改革的主要任务是：一是支持鼓励企业成为技术创新主体；二是深化科研机构改革， 建立现代科研院所制度；三是推进科技管理体制改革；四是全面推进中国特色国家创新体系建设。
中国科技体制改革取得了重要进展和初步成效，主要体现在以下五个方面：
第一，优化了科技力量结构和布局。
改革前，我国的研发能力和技术资源主要集中在独立的研究机构， 经过多年改革，形成了科研院所、高校、企业和科技中介机构等各具优势和特色的创新模式。企业在技术创新中的主导地位继续加强，2007年企业研发经费支出占全国的72.3%，企业研发人员占全国的68.4%。
第二，促进了科技与经济的紧密结合。
通过对开发类院所实施企业化转制，从体制上解决了大批应用开发类院所长期游离于企业之外的问题，科技人员市场意识和技术创新能力显著增强。近年来，我国在载人航天工程、“歼10”飞机、超级计算机、核心软件、集成电路装备、大型燃气轮机、超级稻育种技术、新药创制等领域取得重大突破，为社会经济发展提供了强大支撑。
第三，加强了公益性科技创新和服务能力。
配合推进公益类科研院所分类改革，国家持续加大对公益科研的投入，非营利性科研机构的人均事业费从过去的不足2 万元，提高到目前的8 万元左右，2007 年国家新增“ 基本科研业务费”、“ 修缮购置专项经费”、“ 研究生培养补助经费”、“ 增拨离退休人员费” 合计19 亿元。改革后公益科研院所的学科结构得到优化，人员水平明显提升，实行了新型的人事和分配等制度，科研人员任务饱满， 科技产出大幅增加，解决农业和社会发展的若干具有重大科学和技术领域的问题，促进了先进适用技术，为农业和社会福利服务的发展提供了有力的支撑和服务。
第四，我国科技水平和实力大幅提升。
我国科技论文被国际三大检索系统收录的总数已居世界前列，特别是SCI 收录的中国科学家论文数已居美国之后， 与英、德、日三国相当，数学、物质科学、生命科学和工程科学等领域论文增长明显，纳米领域的论文数量已居世界前两位，引用数也进入世界前列。2008 年我国专利申请量达到82.8 万件， 发明专利的申请量达到29 万件，占世界第三位。科学家和技术人员队伍建设不断加强，2008 年从事科技活动人员达500 万人，研发人员190 万人，位居世界前列。
第五，改进了科技管理和运行机制。
通过改革，改变了主要依靠行政手段管理科技工作的局面，市场机制在科技资源配置中扮演一个根本角色，政府科技计划项目实施的竞争资助机制不断改进和完善。
科技政策法规体系逐步完善， 新修订了《科技进步法》，围绕实施《规划纲要》，制订公布了76 条政策实施细则。促进创立“开放、流动、竞争、协作”的科研新机制，激发了科技人员的创新热情。
中国的科技体制改革确实极大地调动了科研人员的热情，促进了科技的产业化，使科技与经济两张皮的问题有了根本的改观。但由于实施的是渐进的、目标不断调整的模式，中国的科技体制仍然面临相当大的问题和挑战。
第一，科研院所制度需要按照现代院所制度加以理顺。
从解决科技经济两张皮的目标和促进科技为经济建设服务的目标看，中国的科技体制改革目标已经大致完成。但在实施执行中，在“摸着石头过河”和缺乏经验的前提下，一个研究单成为一个重要的经济单位。一个研究单位有了非常多的目标和体制。因此有了“一院两制”，高校的“教育、科研和产业”三条腿走路的口号。甚至一个研究单位出现了几种制度———事业单位制、企业制、公益类制多种制度并存的局面。科学目标和市场目标紧密地联系在一起，国家的目标与单位的目标难以区分。
由于事业费减少，项目经费又由课题组掌握， 造成研究所资金严重短缺，整体实力下降，甚至难以维持日常工作的开展。研究所的整体功能在下降，研究机构协调进行重大项目的成本增加，从事重大项目的能力在下降。
第二，国家宏观科技管理体制的协调机制需要加强。
过去的科技体制改革，主要是针对科研院所和高校的科技人员，而国家宏观科技管理体制改变不多。如国家对科技投入的机制，主要是通过国家科技计划实现，30年没有多大变化。现有的科技预算和投入体制， 使国家综合部门、产业部门和公共事业部门，都有权利独立地提出国家的科技计划。计划从策划出台、预算到实施完成，多带有很强的部门意识，一些产业和公共事业部门都有自己的科技计划，互相联系和协调很少。同时，国家的目标往往成为部门的目标，导致科技预算存在着严重的多个战略目标现象，且缺乏约束。因此，国家宏观科技管理体制的协调需要加强。
国外的科技管理实践表明，加强对科技项目和目标的监督和评估，是提高国家科技资源效率的重要手段。在中国，非常强调政府增加科技投入，但却缺乏一个科学且独立的对科技计划和项目进行评估和监督的机制，许多科技经费得不到应有的监督，造成相当大的浪费。
第三，基础研究和公共科技事业关注不够。
在科技为经济建设服务的方针下，基础类院系所，公益类系所的科研受到了冲击。许多数学、物理类研究机构的研究成果难以直接应用， 他们的课题经费少，吸引不了一流的人才。许多基础类系所也办起工厂和生产线，冲击了基础研究。基础研究经费并没有随着经济发展水平的提高而提高。
国家公共科技的投资严重不足。由于公益类研究机构是没有短期经济效应的研究，使公益性科研成果严重供给不足，远远无法满足全社会对于公益性公共产品和服务的基本需求。
第四，科学技术研究与产业化仍然有一定脱节。
中国科技体制改革30 年，成果转化是改革的重点，它解决了长期困扰中国的成果转化难，转化率低的局面。由于中国一直把大学、科研院所放在国家创新体系中的核心地位，企业则处于从属地位，使企业的创新能力受到了抑制。到今天为止，大学研究所仍然是关键技术的主要提供体。
进入21 世纪，以自主创新为国家战略的制定，更多的是要求企业创新能力的提高。但这种改革的难度在加大。科技体制改革发展到今天，仍然有许多深层次的问题需要解决，包括与市场经济体制相符的科技体制所需的基本法律框架，政府与市场的关系，科研院所的治理结构，社会力量的发挥，政府在国家科技发展中职能的定位， 科技资源的使用和监督等， 这些都是制约中国科技发展中的重要因素。只有逐步解决好这些问题，中国的科技发展才会有一个更健康、稳定的发展基础。