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联网监管主要是海关利用计算机手段实现对加工贸易企业的合同备案、料件进口、产品出口、手册核销等保税加工程序的全程监管。建立电子账册主要是针对大型企业的，以企业为单元进行管理。
电子账册包括加工贸易“经营范围电子账册”和“便捷通关电子账册”。“经营范围电子账册”用于检查控制“便捷通关电子账册”进出口商品的范围，不能直接报关。“便捷通关电子账册”用于加工贸易货物的备案、通关和核销(电子账册编码为12位。“经营范围电子账册”第一、二位为标记代码“IT”，因此“经营范围电子账册”也叫“IT账册”;“便捷通关电子账册”第一位为标记代码“E”，因此“便捷通关电子账册”也叫“E账册”。
保税加工货物电子账册监管的报关程序基本符合保税加工货物的主体程序，但在具体的管理上有一些差异。
电子账册监管下的保税监管程序主要细分为:一次审批→分段备案→滚动核销→控制周转→联网核查
①一次审批。电子账册监管下商务主管部门对加工企业的经营资格、范围以及生产能力只需要审批一次，而不再是电子化手册监管下的每份合同都审批。
②分段备案。电子账册是以企业为监管单元，因此同时可能执行若干个加工合同。加工贸易进口的料件和最后加工出口的成品应分别备案，建立两个账册，便于核销结关时的核查;而电子化手册监管下的只对进口的料件实施备案，在成品出口过程中以备案的料件核查成品的返销以及其他保税的货物;
③滚动核销。电子账册监管下加工企业不需要在执行完一份加工贸易合同之后向主管海关核销结关，而是按固定的期限向主管海关核销加工的状况。
④控制周转。电子账册监管下海关对加工企业设定了加工贸易料件进口最大的周转金额和最大的周转数量。这样做便于海关控制企业的生产经营，同时提高企业的进出口效率。
⑤联网核查。电子账册监管下的加工贸易所有流程计算机全程监管。这样便于海关随时实现对企业的全天候监管。另外，实施电子账册的联网监管继续实行银行保证金台账制度。纳入电子账册的加工贸易货物全额保税。
建立电子账册分为以下三个步骤:
(1)联网监管的申请和审批
首先，由商务主管部门对申请联网监管企业的加工贸易经营范围进行审批;然后，加工贸易企业向所在地直属海关提出联网申请;最后，主管海关对申请企业的进口料件、出口成品的归类和商品归并关系进行预审核和确认，符合联网监管条件的，主管海关准予联网。
(2)加工贸易业务的申请和审批准予联网后企业需要向商务主管部门审批加工贸易的业务。即，企业的加工贸易资格、业务范围和加工生产能力。
(3)建立商品归并关系和电子账册联网企业凭“联网监管企业加工贸易业务批准证”向所在地主管海关申请建立电子账册。
电子账册是在商品归并关系确立的基础上建立起来的。商品归并关系，指海关与联网企业根据监管的要求将备案进口的料件与加工出口的产品按照对应的品名、HS编码、价格、贸易管制等条件进行归并或拆分，形成联网企业的进口料件与电子账册备案的出口产品之间的对应关系。
“经营范围电子账册”变更，经商务主管部门批准后，可以通过网络向海关申请变更;“便捷通关电子账册”变更:最大周转金额、核销期限等需要变更的，可以直接向主管海关直接变更，“便捷通关电子账册”的基本情况表中的内容、料件成品发生变化的，如果未超出经营范围和加工能力的直接变更。