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加工贸易合同备案是指加工贸易企业持合法的加工贸易合同到主管海关备案，申请保税并领取加工贸易登记手册或其他准予备案凭证的行为。对符合规定的加工贸易合同，海关应当在规定的期限内予以备案，并核发加工贸易登记手册或其他准予备案的凭证。[1]
加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂；经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记；申请备案的加工贸易合同已经由商务主管部门审核批准。
1、商务主管部门按照权限签发的加工贸易业务批准证和加工贸易加工企业生产能力证明。
2、加工贸易合同或合同副本。
3、加盖企业印章的加工合同备案申请表及企业加工合同备案呈报表。
4、属于加工贸易国家管制商品的，需交验主管部门的许可证件。
5、为确定单耗和损耗率的所需的有关资料。
6、其他备案所需要的单证。
1、报商务主管部门审批合同，领取批准证件。
2、需要领取许可证件的，向有关主管部门领取许可证件。
3、将合同相关内容预录入计算机系统。
4、由海关审核确定是否准予备案，准予备案的，还要确定是否开设台账，需要开设台账的，则领取台账开设联系单。
5、凭台账开设联系单到银行开设台账，领取台账登记通知单。
6、凭台账登记通知单到海关领取加工贸易登记手册。