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清算制度的本意是为了彻底消灭公司已经建立的各种法律关系，使社会关系处于稳定状态，但存在缺陷的清算制度不能正常发挥作用，因此有必要对该制度进行修正。明确组织清算组的义务主体与其不履行义务时的法律责任是预防清算障碍出现的关键，增设特别清算制度则是解决清算障碍遗留问题的重点，按此方向对公司清算制度不断完善，应能将清算障碍的问题有效的化解。
根据公司法规定，清算一般由公司自行组织进行而没有法定机关介入，学理上将这种清算称为普通清算。普通清算中常发生障碍，多见于以下情况：
(一)公司依法解散但不组织清算
各国公司法上一般规定了多种解散事由，例如2005年修订后的《中华人民共和国公司法》(以下简称《修订案》)规定了依据章定事由解散、根据股东会或股东大会决议解散、因公司合并分立解散、被吊销撤销解散及人民法院强制解散等5种解散事由。但是，由于解散和清算是两个相互联系但又彼此独立的程序，因此即使依上述法定事由解散的公司也有可能为其自身利益而不组织进行清算。这使清算 程序在启动阶段就遇到障碍。
(二)公司无正当理由自行歇业并不组织清算
除因上述法定事由解散但未清算的情况外，公司也有可能在没有任何法定事由的状况下自行歇业，并且不组织清算。
现实中常见以下两种自动歇业状况：公司依法成立后，公司支配股东为逃避债务，通过转移公司财产成立一个或几个新公司，原班人马经营新公司，让原公司成为空壳并自行歇业；公司成立时即存在瑕疵，如股东虚假出资成立公司后又抽逃资金，使公司在无资本或资本严重不足的状况下负债经营，并在资金链断裂时自行歇业。从这两种情况来看，无论公司自行歇业基于何种理由，其最终结果都是使清 算在启动时即遇到障碍。
清算程序发生障碍的情况在现实生活中已非偶然现象，实际上，现行公司清算制度中存在的缺陷是其必然性成因：
(一)组织清算组的义务主体缺失
清算组的职能类似于董事会，是公司事务执行机关，只不过其执行的事务必须限于清算范围。因此，从公司治理理论看，作为公司执行机关的清算组理应由公司的意思机关选任组成，即选任清算组理应成为公司意思机关的法定义务。但我国公司法上却没有将选任组织清算组视为一项法定义务：《修订案》第184条规定“有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。”上述规定并未确定具体由谁履行组织清算组的义务，只明确了清算组成员范围以及违反组织清算组义务后的救济措施。仅有补救而缺乏预防功能的法律规范，显然不 够完备。
(二)未履行组织清算组义务的法律责任不明
义务的履行需要以责任制度作为保障。但是，由于组织清算组的法定义务归谁履行尚不明确，因此没有办法对不履行该义务的法律责任进行规定。这使得本应负有组织清算义务的特定主体无须任何忌惮，因其不组织清算的行为几乎没有任何违法成本。
上述清算制度的缺陷使得公司逃避组织清算义务的违法成本几乎为零。因此，立法完善清算制度亦应从增加公司违法成本方面着手，即公司法可以明确规定，组织清算组是公司全体股东或控股股东的法定义务之一，该义务的履行由相关责任制度作为保证。
(一)组织清算组是全体股东或控股股东的法定义务
现代公司治理结构的基本原则之一是资本支配原则，作为意思形成机关，股东(大)会职权是决定公司从经营到解散期间的重大事项，因此也应决定公司清算组的选任组成。
具体到义务主体，作为人合性的有限责任公司，全体股东都应对此承担责任；而股份有限公司具有资合性，其股东人数众多且分散，因此应由其控股股东——实际操控公司的股东——作为义务主体。因为上述股东能够清楚了解公司的经营状况，有能力选任对公司最有利的清算组成员，因此其必须担负起选任人员组织清算这样一项义务。
(二)不组织或逾期组织清算组的法律责任
在明确了组织清算组的义务主体后，就应以相关的法律责任的规定来督促义务的履行，没有责任做后盾，权利人的利益仍难以保证。作为义务主体的股东对其逃避清算的行为应承担以下责任：
1．行政责任。我国公司法上规定的责任大多为行政责任，例如第206条“公司在清算期间开展与清算无关的经营活动的，由公司登记机关予以警告，没收违法所得”等等。对于上述股东不履行组织清算组义务的行为，公司法可以规定由公司登记机关对其进行警告并责令改正，如限期内仍未改正可对其处以一定数额罚款。
2．民事责任。行政责任重在督促相对人履行义务，而股东逾期履行上述义务完全有可能已经给债权人利益造成严重损害(譬如公司财产的流失或被他人侵占)，就侵权要件来看，正是由于股东未履行法定清算义务的非法行为，导致了使债权人利益受损(譬如公司财产的流失或被他人侵占)，两者存在因果关系，并且股东对此存在过错。所以股东应对债权人承担损害赔偿责任。
3．刑事责任。如不组织清算的情节特别严重已影响到社会公共利益时，可以规定相应的刑事责任来进行制裁，以对义务主体产生更大的威慑力。
何谓公司的特别清算，我国现有的法律并无定义。学理上通常界定为：在公司自行组织清算出现困难或公司负债有超过资产的嫌疑，存在可能损害债权人利益的情况时，在法院直接干预和债权人参与下进行的清算。这实际上是普通清算发生障碍后的解决之道。
我国公司法上对于普通清算程序规定得较为详细，但对特别清算制度几乎没有规定，《修订案》184条仅规定“逾期不成立清算组的经债权人申请，人民法院组织清算组进行清算。”这意味着存在特别清算的可能性。但法律对于特别清算程序的启动、与普通清算程序的衔接、与破产清算程序的衔接等具体程序均未做规定。因此，有必要增加特别清算制度的专门规定以保护全体债权人利益。
(一)特别清算制度的相关主体
1．组织清算组：与普通清算不同，特别清算由法院介入并负责组织人员成立清算组。
2．债务承担主体：清算中公司和滥用公司独立地位的股东。
基于清算公司的独立人格，如清算公司仍有财产可供支付职工工资、税款、债务等全部所需款项，则仍由清算公司作为债务承担主体；另一方面，当清算公司自身财产不足或没有财产，且股东滥用公司独立人格(如股东虚假出资、随意转移财产等)时，则由公司和股东共同作为债务承担主体，股东对公司债务负无限连带责任。
(二)特别清算程序
1．程序启动的举证责任。概言之，债权人主要应证明以下四方面内容：首先，债权人与公司间存在着合法债权；其次，公司业已解散(依法解散或者自行歇业等)；第三，控股股东未在法定期限内履行组成清算组的义务；第四，债务承担主体中是否包括滥用公司独立人格的股东。由于公司内外部信息不对称，不可能要求债权人详细了解公司内部的一切数据资料，因此债权人只需对股东存在滥用公司人格 的事实初步举证，而不应强求债权人提供与该事实相关的全部具体数据；同时根据法律规定，一人公司的股东应对其没有滥用公司独立人格的事实承担举证责任，因此在一人公司情形下，债权人向法院申请启动特别清算程序后可直接主张股东承担公司债务，而不需证明股东存在滥用人格的事实。
2．股东承担清算公司债务，并不影响其承担其未组织清算组所应承担的行政、民事责任甚至刑事责任，更不影响其承担违反公司法其他规定时所应承担的责任。
3．特别清算程序与破产清算程序的衔接。(1)特别清算程序进行中，当清算组发现公司财产不足以清偿全部债务时，应及时告知人民法院，并由特别清算程序转入破产清算程序；但如发现存在股东滥用公司独立人格的状况时，仍应继续进行特别清算程序，由股东以其财产对公司债务承担无限连带责任。(2)由于特别清算的清算组成员系由法院指定，而破产清算的清算组也由法院指定成立，因此，如果特别清算的清算人称职，在破产清算中应当予以保留。另外，可根据破产清算的需要更换和增加清算组成员。这既符合两种清算的共同特点，也有利于保持清算工作的连续性。