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政府采购资金管理主要是指采购资金直接支付，即采购人与供应商签订采购合同后，由财政部门按照合同约定的金额和进度将采购资金直接支付给供应商。
对政府采购资金的管理包括对在代理银行开设资金专用账户的管理以及对政府采购资金运行过程的管理两部分。
政府采购资金要由财政国库管理机构按规定在代理银行开设用于支付政府采购资金的专户。中国人民银行国库部门负责对商业银行办理政府采购资金划拨业务的资格进行认证，财政部门根据采购资金的实际支付情况，对认证合格的商业银行通过招标形式确定政府采购资金划拨业务的代理银行。
政府采购资金的运行过程可以分为政府采购资金预算、政府采购资金的集中、政府采购物资的验收、采购资金的支付以及采购资金的会计核算五个阶段。
政府采购资金预算是预算单位根据财政部门每年制定的《政府采购品目》所规定的范围，结合单位实际业务编制本单位的政府采购预算。
政府采购资金的集中就是对集中采购部分，在财政全额直接拨付的方式下，为了将采购资金统一由财政部门直接支付给供应商，按照规定，将财政性资金和单位自筹资金向政府采购资金专户的汇集储备。
政府采购物资的验收是指在政府采购资金支付之前对政府采购活动的最终成果进行的评检和接收。
采购资金的支付是指采购主体对所采购的货物、工程和服务验收合格后，按照合同规定将政府采购资金支付给供应商。
采购资金的会计核算是指在政府采购资金支付给供应商后，政府与非营利组织会计进行支出报销的会计核算。
一是统一性原则。政府采购是以政府信誉实施的公共采购行为，为确保政府采购信誉和资金及时、足额支付，要将预算内外资金与单位自有资金由不同渠道归集到政府采购管理部门，实行统一核算、统一管理，从源头上控制资金使用权，以确保政府采购资金正常拨付。
二是计划原则。政府采购资金必须按采购预算、采购计划拨款，实行“以收定支，以支定购”。
三是直接拨付原则。在政府采购过程中，财政部门应按政府采购合同规定，将政府采购资金通过代理银行直接拨付给货物供应商和劳务提供者。
一是强化对政府采购资金预算管理。首先，把政府采购作为一个独立的内容纳入财政预算编制范畴，支出项目要细化到政府集中采购目录。以此来作为预算编制的重要依据。其次，预测好政府采购资金的供应能力与采购单位潜在需求，确保采购资金落实的可靠性。再次，地方财政部门应依据国家的有关制度规定。结合本地的实际情况，摸清各单位、各部门的人员、车辆、购置以及财务收支状况等具体情况，研究制定具有一定约束力的各类支出标准、金额和配置范围，保证政府采购资金真正落实到位。
二是强化政府采购资金总量管理。政府采购资金之所以在部门之间比例失调，流失严重，其主要原因是游离于财政监督之外的政府性公共收入为部门所有，总量难于控制，因此，要拓宽政府采购资金来源的渠道和范围，即政府收入全部纳入财政统一管理范畴，实行“总量控制、分类核支”，提高政府采购资金在财政支出中的比重。
三是强化政府采购资金使用管理。为有效地排除采购单位自助支付采购资金、暗箱操作、增加采购成本、提高采购标准、扩大采购范围、滋生腐败的可能，今后，凡属政府采购资金的支出，一律由财政直接支付给供货商，采购单位只需将全年的采购计划申报到财政部门(采购中心)，再通过必要的审批程序，由财政部门下达采购计划，具体采购由政府采购中心组织实施，采购单位只需加强物品的验收和质量关，并办好资金划拨手续，使政府采购资金从财政资金开始一直贯穿于资金的拨付、银行结算、资金直达商品和劳务供应商账户的全过程。
四是强化政府采购资金结算管理。要细化政府采购职能，延伸监督职能，对于招标方式取得的货物、工程以及服务等大额采购，采取分期付款方式的一定要掌握全部资料，完善必备手续，加大事前控管，事后监督的力度，以预留质保金的形式确保政府采购获得质优廉的商品和服务，提高政府采购资金的宏观膨胀效益。