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政府补助收入是指民间非营利组织接受政府拨款或者政府机构给予的补助而取得的收入。而且，民间非营利组织的政府补助收入应当视相关资产提供者对资产的使用是否设置了限制，分为限定性收入和非限定性收入进行核算。与捐赠收入和会费收入一样，政府补助收入也属于非交换交易收入，因此政府补助收入和捐赠收入的会计处理基本上是一致的。民间非营利组织接受政府补助所获得的资产通常为银行存款，应当按照实际收到的金额入账。如果民间非营利组织接受政府补助所获得的资产为非现金资产，其计量与接受捐赠的非现金资产的计量是一致的。
需要注意的是，在实务中，不少政府部门为了支持民间非营利组织的发展，向民间非营利组织提供资金用于某项项目的研究活动，而民间非营利组织则需要将科研成果提交给政府部门，或者政府部门向民间非营利组织按期提供一定的资金支持，而民间非营利组织则需要向政府部门或者公众提供一定的日常服务，这种情况通常被称为购买劳务。如果政府部门所提供的资金与民间非营利组织所提供的研究成果或日常服务是等值或者基本等值的，则此项交易应当属于交换交易的范畴，而不属于会计制度中规定的政府补助收入。
根据《民间非营利组织会计制度》的规定，民间非营利组织应当在满足规定的收入确认条件时确认政府补助收入，其主要账务处理包括：
(1)接受的政府补助，按照应确认的金额，借记“现金”、“银行存款”、“应收账款”等科目，贷记“政府补助收入——非限定性收入”科目或者“政府补助收入——限定性收入”科目。
对于接受的附条件政府补助，如果存在需要偿还全部或者部分政府补助资产或者相应金额的现时义务时(例如因无法满足政府补助所附条件而必须将部分或者全部政府补助款退还给政府补助人时)，按照需要偿还的金额，借记“管理费用”科目，贷记“其他应付款”科目。
(2)如果限定性政府补助收入的限制在确认收入的当期得以解除，则应当将其转为非限定性政府补助收入，借记“政府补助收入——限定性收入”，贷记“政府补助收入——非限定性收入”。
(3)期末，将“政府补助收入”科目的各明细科目的余额分别转入限定性净资产和非限定性净资产，借记“政府补助收入——限定性收入”，贷记“限定性净资产”科目：借记“政府补助收入——非限定性收入”，贷记“非限定性净资产”科目。
例1.2004年6月1日，某市科技局支付给某民办科研机构60万元，并转入该科研机构的银行账户，用于组织其进行某项基础研究，研究成果归该科研机构所有。2004年10月30日，该项基础研究结题，科技局补助的科研经费还剩余1l万元。经科技局批准，剩余的1l万元科研经费由该科研机构自由支配。2004年12月31日，该科研机构“政府补助收入”科目的账面余额为36万元，其中，“限定性收入”明细科目的账面余额是25万元，“非限定性收入”明细科目的账面余额为11万元。该科研机构的会计处理如下：
①2004年6月1日
按照收到的政府补助金额，确认政府补助收入
借：银行存款 600000
贷：政府补助收入——限定性收入 600000
②2004年10月30日
部分限定性政府补助收入的限制在确认收入的当期予以解除，将其转为非限定性政府补助收入
借：政府补助收入——限定性收入 110000
贷：政府补助收入——非限定性收入 110000
③2004年12月3113期末，将“政府补助收入”科目各明细科目的余额分别转入“限定性净资产”和“非限定性净资产”
借：政府补助收入——限定性收入 250000
贷：限定性净资产 250000
借：政府补助收入——非限定性收入 110000
贷：非限定性净资产 110000