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政府垂直管理就是指政府部门由上到下，由下到上的管理模式。
垂直管理是我国人民政府管理中的一大特色，而且在行政体制改革中作为中央对地方进行调控的重要手段有不断被强化的趋势。我国目前比较重要的政府职能部门，主要包括履行经济管理和市场监管职能的部门，如海关、工商、税务、烟草、交通、盐业的中央或者省级以下机关多数实行垂直管理。
1998年人民银行撤销省级分行，设立9家大区制分行，此后，银监、证监、保监均参照实行垂直管理，同年，省级以下工商管理机关实行垂直管理。2000年，省以下质量技术监督检验检疫局和药监局都实行垂直管理。2004年，国家统计局各直属调查队改制为派出机构，实行垂直管理。同年，省级下土地部门的土地审批权和人事权实行垂直管理，借以强化中央政府的宏观调控能力。2005年，国家安监总局下面的国家煤监局实行垂直管理，安监局仍然属于属地化管理。
垂直管理和分级管理（属地管理）是相对而言的。与垂直管理相对应的是属地化管理，采用这类管理机制的政府职能部门通常实行地方政府和上级部门的“双重领导”，上级主管部门负责管理业务“事权”，地方政府负责管理“人、财、物”，且纳入同级纪检部门和人大监督。
政府职能部门实行垂直管理，就意味着脱离地方政府管理序列，不受地方政府监督机制约束，直接由省级或者中央主管部门统筹管理“人、财、物、事”。不同部门的垂直管理机制在具体运作过程中，还有很多差别，如部分业务职能局独立出来实行垂直管理，不是全部事务实行垂直管理，垂直管理层延伸到地级市、区县或者乡镇街道。
电子政务的建设模式需要考虑垂直管理对其造成的影响。垂直管理和分级管理孰优孰劣，电子政务不予以置评。但是垂直管理部门业务封闭性运行这个显著的特点，必然对各级政府电子政务建设造成影响，需要加以综合考虑。
实行垂直管理部门共同的特点就是垂直性、相对独立性，业务运行基本上脱离同级政府的行政管理框架，封闭在系统的条条框架内，而且特别强调业务的敏感性和保密性。
垂直管理部门在政府信息化建设方面有四个特点：
第一，垂直管理部门的业务系统建设自成体系，业务系统经常由中央部委或者省级管理部门统一派发，不太鼓励基层部门自行开发共性的业务系统。
第二，区县这个级别的基层垂直管理部门常常充当数据采集的终端，为省级或者中央部委垂直管理部门业务系统提供业务数据保障服务，不过，基层部门可以查询调阅省级或者中央部委业务系统的存档数据和权限内的业务状况。
第三，多数垂直管理部门的业务网络自成体系，还没有通过政府外网或者内网与同级政府部门互联互通，如果要与其他业务关联部门交换数据，常采用新设孤立终端来倒换数据或者网闸摆渡的方法。
第四，多数垂直管理部门属于具有经济管理或者行政执法权的强势部门一类，信息化建设经费相对而言比较充足，尤其是2002年正式确定金关、金卡、金桥、金财、金盾、金审、金保、金农、金质、金宏、金水等12金工程以后，信息化发展势头强劲，核心业务信息化的深度和广度都取得不错的进展。
从垂直部门自身的电子政务建设来看，垂直管理推动了部门信息化进程，有利于推动部门核心业务的全面开展。但是，对于区县或地级市这样的地方政府而言，垂直部门业务系统和网络平台自成独立体系，数据资源集中合留置在省级或者中央部委级业务系统中，地方政府的政务信息资源就日渐空壳化。地方政府依靠电子政务开展行政管理，需要垂直部门提供数据支持，获得垂直部门的业务支撑保障。
为了有效履行法定职责，地方政府也需要全面掌握政府职能部门的信息资源和数据资料，在本级政府属地管理的权限内调用政府职能部门的业务系统，依靠信息化的手段提高地方政府的决策指挥能力和公共服务水平，提升地方政府的基层基础管理能力。虽然垂直管理意味着地方政府和上级政府在事权方面重新划分，但是，政务之间的密切相关性和地方政府的公共管理压力，迫切要求获得垂直部门的信息资源，实现行政相对人公共行政信息在不同政府部门的信息对称，填补政务割裂可能出现的管理漏洞，实现地方的善治。
垂直管理，在电子政务层面对地方政府开放数据资源，完全不影响垂直管理和属地管理的权力配置格局，也不会导致垂直管理部门受制于地方政府，相反，地方政府通过分享垂直管理部门采集的行政相对人的数据，可以提升管理能力和服务水平，而且，地方政府也可以采取灵活的方式向垂直管理部门开放自己掌握的行政相对人的信息资源，帮助垂直管理部门提升宏观调控能力，落实垂直管理的初衷。不同层级政府的的不同级别的法定行政权限，完全可以通过完善电子政务系统的权限分配机制等技术手段和辅助制定相关管理办法来解决。
垂直部门的信息资源也需要为区县或地级市等地方政府提供共享服务。地方政府和垂直管理部门通过垂直数据的共享，可以实现行政相对人信息的信息对称，对于整个政府行政系统都是双赢，对于提高政府的管理能力和服务水平来说都有推动作用。