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报关员注册即通过报关员资格考试，依法取得报关员资格证书的人员，向报关单位所在地海关申请注册并获得报关员证件的行为。
根据《中华人民共和国海关报关员执业管理办法》的规定，申请报关员注册，应当同时具备下列条件：
首次申请报关员注册的，应当经过在一个报关单位连续3个月的报关业务实习；报关员注册有效期届满之日起连续2年未注册，再次申请报关员注册的，应当经过海关报关业务岗位考核，考核合格的，可以向海关申请报关员注册。
申请人应当到报关单位所在地直属海关提出报关员注册申请。报关单位为报关企业跨关区分支机构的，应当到报关企业跨关区分支机构所在地直属海关提出报关员注册申请。直属海关可以委托隶属海关实施报关员注册。直属海关应当将受理报关员注册的场所予以公告。
首次申请报关员注册的，还应当提交报关单位出具的报关业务实习证明材料。报关员注册有效期届满之日起连续2年未注册再次申请报关员注册的，还应当提交海关报关业务岗位考核合格的证明材料。台湾居民、香港和澳门居民中的中国公民提出申请的，还应当提交“台港澳人员就业证”复印件。
对于申请人的申请不符合法定条件的，海关应当依法作出不准予报关员注册的书面决定。申请人的申请符合法定条件的，海关应当依法作出准予报关员注册的决定，并应当自作出决定之日起10日内向申请人颁发报关员证。可以当场作出决定并颁发报关员证的，海关不再制发受理决定书和准予报关员注册决定书。
报关员证是报关员执业的合法凭证。报关员遗失报关员证的，应当及时向注册地海关书面说明情况，并在报刊声明作废。海关应当自收到情况说明和报刊声明证明之日起20日内予以补发。
1)报关员注册的变更报关员姓名、身份证件号码等身份资料和所在报关单位名称、海关编码发生变更的，报关员应当在变更事实发生之日起的20日内，持报关员资格证书、报关员证和变更证明文件等材料的原件及复印件到注册地海关书面申请变更报关员注册。
对报关员提出的变更报关员注册申请，注册地海关应当按照报关员注册程序进行审核，对符合法定条件的，应当作出准予变更决定，并于作出准予变更决定后的10日内办结变更手续，换发报关员证。可以当场作出变更决定并换发报关员证的，海关不再制发受理决定书、准予变更报关员注册决定书。
2)报关员注册的延续报关员注册有效期为2年。报关员需要延续报关员注册有效期的，应当办理报关员注册延续手续。报关员未办理注册延续手续或者海关未准予报关员注册延续的，自有效期届满之日起，其报关员注册自动终止。
台湾居民、香港和澳门居民中的中国公民办理报关员注册延续手续的，还应当提交台港澳人员就业证复印件。
报关员逾期提出报关员注册延续申请的，海关不予受理。对于报关员证有效期届满后仍然需要从事报关业务的，应当重新向海关申请办理报关员注册。
海关比照报关员注册程序在有效期届满前对报关员的延续申请予以审查，对符合报关员注册条件的，应当依法作出准予延续2年有效期的决定。海关应当在报关员注册有效规届满前作出是否准予延续的决定；逾期未作出决定的，视为准予延续，依法为其办理报关员注册延续手续。
海关可以当场作出决定并换领报关员证的，不再制发受理决定书、准予延续报关员注册决定书。海关对不再具备报关员注册条件的，应当依法作出不予延续的决定，说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
报关员在被海关暂停执业期间有效期届满，需要延续有效期的，应当在有效期届满30日前到海关申请暂缓办理报关员注册延续，并在暂停执业期满后30日内提出延续报关员注册的申请。
报关员更换报关单位的，应当注销原报关员注册，重新申请报关员注册。
报关员遗失《报关员证》的，应当及时向注册地海关提交书面说明，并在报刊声明原《报关证》作废。海关应当自收到情况说明和报刊声明证明之日起20日内予以补发。