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微观物流成本是指发生在企业内部的为实现物流服务功能而支付的各种物流成本费用。
影响微观物流成本的因素包括物流结构、客户服务水平和物流规模三个方面。
首先，单个企业的物流活动作为生产环节的辅助和延伸，受到经营管理水平和市场特点的影响，当企业内部的物流结构因此确定之后，物流成本也就不只是物流部门可以控制的，如过多进货或过多生产造成积压的库存费用，以及紧急运输发货的费用等。
其次，物流是一个人造的开放系统，其本质是一种服务，不同的服务水平将会产生不同的物流成本，二者之间没有绝对的正比关系。
最后，物流成本随着物流规模的变化而变化，主要针对物流配送的半径和物流中心的数量而言，适度的物流规模通常对应着最低的物流成本。
就企业物流成本而言，目前分别采用现有的会计核算体系和作业成本会计体系。
所谓现有的会计核算体系，是指利用现有的财务报表进行物流成本核算。企业的两个主要会计报表是资产负债表和损益表，分别反映的是一个企业在特定时点上的财务状况和一定时期内与企业经营相关的收入及费用成本。在此情况下，体现在现有会计报表中的物流成本属于可视成本开支，即显性成本。然而，在部分学者看来，它只是企业物流成本的一部分，另一类隐性成本，如库存积压降价处理、库存呆滞产品、回程空载、产品损耗、退货、缺货损失等，也应该计入企业物流成本的范畴。
结合中国企业计算物流成本的实践，可以按照现有的会计核算体系来统计物流成本的完备程度，分为三个等级。
第一等级是指物流核算只考虑了企业对外部运输业者所支付的运输费和向公共仓库支付的保管费等传统的物流费用，而不考虑存货持有成本和物流行政管理成本。这反映了国内大多数企业对物流成本的认识层次，对于现代物流成本的核算来说，是远远不够的。
第二等级是在企业物流成本的统计框架内不仅包含了运输费(包括包装费与搬运费)、仓储费(仓库的固定资产折旧、设备折旧)，也包含了直接人工费、利息费用、办公费、低值易耗品的摊销和存货损失等，尽可能地把企业发生的显性成本都涵盖了进去。即使如此，对企业总的人工费、办公费在多大程度上用于物流活动，归人物流成本，仍然存在着一个如何剥离的问题。
第三等级是同时囊括了显性成本和隐性成本在内的企业物流总成本。这对于单个企业的物流管理来说，无疑是极有助益的，它是物流概念向广度和深度的发展趋势在成本领域的反映，但限于一系列操作上的难题，如隐性成本的界定和量化等，在现有的成本核算体系内还难以实现。
作业成本会计体系(Active-Based Costing，ABC)，最早可以追溯到20世纪美国会计大师埃里克·科勒(Eric Kohler)教授。直到1988年，美国学者库伯(Robin Coop-er)和卡普兰(Robert Kaplan)发展了斯坦布斯的思想，提出了以作业为基础的成本计算，并在过去10年中受到广泛的关注。
采用作业成本法核算物流成本是基于如下理论基础，即产品消耗作业，作业消耗资源并导致成本的发生。换言之，作业成本会计体系突破了产品这个界限，把成本核算深入到作业层次，并以作业为单位收集成本，把成本按作业动因分配到产品。
应用作业成本法核算物流成本时，通常会发现核算结果要比基于传统会计体系核算的结果大出许多，这被间接地当做前者优于后者的依据。根据作业成本法核算物流成本的逻辑流程，我们至少可以得出：由于作业成本法是从作业层次人手，按活动分类计成本的，因此它便于企业分析成本结构、找出露物流流程问题，改进管理水平。
尽管作业成本法被认为是确定和控制微观物流成本最有前途的方法，但是它的有效使用有两个先决条件，首先，必须有一套能够控制物流活动过程的预算体系和物流服务绩效管理指标体系相配套；其次，在核算过程中，资源成本分配和作业成本分配环节牵涉到的分配方法和工作量的问题，大多数需要借助于信息技术才能完成。
目前，对于微观物流成本的核算，除了介绍和应用较多的传统成本会计、作业成本会计之外，也有一些学者基于供应链的思想和隐性成本难以度量的考虑，提出了其他物流成本的统计办法。比如基于成本指数的物流成本评价体系，通过模糊分级办法构建评价指标，确定相应的状态指数和指数权值，进而计算出成本指数，或者在分析隐性成本时引入模糊聚类分析法等。它们都是把模糊数学的思想应用到微观物流成本统计的典型例子，具有一定的借鉴意义。