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审计档案管理是指审计部门建立审计档案并进行收集、整理、立卷、保管、利用、编研、统计、鉴定和移交的管理活动。
1．立项性文件材料有：审计通知书；审计工作方案；审计项目委托协议书(授权或委托审计通知书)；单位自查通知书；单位自查报告；被审单位基本情况；上级机关对本项目审计的指示和意见。
2．证明文件性材料有：被审计单位情况表；审计承诺函；审计证据(审计取证，旁证材料)；审计工作底稿；依法做出审计结论的法规目录或摘录；上级机关对本项目问题处理的政策界限。
3．结论性文件材料有：如审计报告，审计报告征求意见函，被审单位对审计报告的书面意见，有关审计项目的请示、报告、批复、批示等文件件材料，审定审计报告的会议纪要，审计意见书，审计决定，被审单位执行审计意见或审计决定情况报告等。
4．其他备查文件材料有：审计回访，新闻报道，项目工作总结或经验介绍。再具体细分还有很多内容，如审计项目按其内容划分的有：财务收支审计业务档案，经济责任审计业务档案，建设工程审计业务档案，专项调查审计业务档案，授权及委托审计业务档案等；从审计档案保管的期限上划分：又分为永久(无期限)保存，长期(时间为16—50年)保存和短期(时间为15年以下)保存。
1.贯彻执行国家档案工作法律、法规，拟定审计档案工作规章制度；
2.做好审计档案收集、整理、保管、利用、编研和统计工作。项目审计完毕，按照档案管理和本办法的有关规定分类整理审计文件材料；
3.定期对审计档案进行移交和处理；
4.建立健全审计档案安全保密制度，加强档案保密工作；
5.开展审计档案工作的检查、总结、培训、研究等活动。
传统档案管理方法即手工操作法是当前审计档案管理的一种主要方法，它要求档案管理部门(人员)必须坚持实行《档案法》所规定的统一标准，收集审计资料要齐全，立卷次序要规范。审计综合人员在收集整理审计档案资料时要认真审核，按照具体审计项目的内容进行筛选归类，如财务收支审计类，经济责任审计类，建设工程审计类等，切忌“一锅煮”和“打捆式”归类。
运用微机管理档案不仅能减轻档案工作人员的劳动强度，提高工作效率，节省存放空间，保护档案原件，还有利于保密和提高档案工作质量。
审计档案的立卷，就是要把审计工作程序中形成的有参考和保存价值的文书资料，进行收集整理、装订成卷，存放在指定位置。这一整套操作程序不仅手续繁杂，尤其过去手工抄写审计档案目录，费时费力，有时还易出错，出了错更改非常困难。实行人工和微机相结合后，档案管理人员只要将应立卷审计档案资料收集拢，实践证明，通过人工和微机相结合处理的审计档案，案卷既整齐规范，查找时一目了然，也为利用者提供了迅速、准确、快捷的查找方式。