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金融信托机构接受委托单位的委托，按指定的对象和用途，代为运用和管理交付的资金称为“委托存款”。委托存款是金融信托资金来源的一种形式，其实质是委托贷款或委托投资的保证金，因而它是与委托贷款或委托投资相对应和相结合的一种存款人，委托人多是为贷而存的，这项资金的支配和运用权限是属于委托者。
委托存款的对象和范围很广，凡需要委托金融信托机构代为发放贷款或投资的单位，均可以向金融信托部门提供委托存款。在我国，目前委托存款主要有财政部门委托基金、科研部门委托基金、企业主管部门委托基金。
金融信托机构在办理委托存款业务时的具体做法是：
1、委托人提出存款要求，并说明存入金额和期限，经金融信托机构经办人员审查其资金来源是否属规定范围。
2、委托人，受托人（金融信托机构）、受益者三方签订委托协议，或者由委托者与受益者两方签订协议。
3、委托人在金融信托机构开立委托存款帐户。
4、委托人将款项划入金融信托机构帐户，或者提交转帐支票通过银行划款，作为委托贷款或委托投资的准备金，信托机构根据委托人意图和要求进行贷款或投资。
5、金融信托机构从款项入帐当日起开始计息。委托人交存金融信托机构的委托存款利率必须按照中国人民银行统一规定的存款利率政策办理；委托存款在未使用前，金融信托机构可以按活期利率计息。
6、委托人到期提取存款，由原收受存款的金融信托机构将款项划回原委托人帐户，或向存户开出转帐支票。
7、存入的委托存款，委托人如果有急用，可以在尚未动用的委托存款金额内支取。
金融信托机构存办理委托存款业务过程中还应坚持原则：委托存款可以一次或分次存入，先存后用；专款专用；金融信托机构受托发放的委托贷款或投资余额不能超过委托者交存的委托存款余额；受托发放的委托贷款或投资的期限，不能超过委托者交存的委托存款的期限；已经发放的委托投资款或贷款尚未收回时，委托人不能从信托机构取回相应的委托存款。
金融信托机构的存款余额如果大于已经发放的委托贷款或投资余额时，对其超过部分，按规定要向中国人民银行交存存款准备金。
（一）存入委托存款
委托人与金融机构签订“委托存款协议书”。金融机构为委托人开立委托存款账户。委托人将委托存款资金存入银行账户。
金融机构向委托人开出一式三联委托存款单其会计分录为：
贷：委托存款 ××委托人户
（二）委托存款计息
金融机构应对未发放委托贷款和进行委托投资前的委托存款计付利息，运用计息余额表按季计息。会计分录为：
借：利息支出
贷:委托存款 ××委托人户
（三）支取委托存款
委托存款随时可以支取，但仅限于委托存款大于委托贷款的部分或者是在委托贷款收回之后。